걱정하지 마라. 어떻게든 된다.

 1. pragmatic : pragmatisch, 실용적인

 - In design science research, or constructive research, as opposed to explanatory science research, academic research objectives are of a more pragmatic nature.

 2. explicit : explizit, ausdrücklich, 명백한, 확실한, 

 3. iteration : Wiederholung, (계산 등) 반복?

 4. explanatory : erklärend, begründend, 설명하기 위한, 이유를 밝히는(?)

 - explanatory science like natural science, sociology

 5. rigor : Strenge, Härte, 엄격함, 근엄함, 준엄

 - research rigor

 6. instantiation : Instanziierung, Exemplifizierung 예시화

 - DSR artifacts can broadly include: models, methods, constructs, instantiations and design theories.

 7. e.g 는 예를 들자면, i.e 는 다시 말해서 (Umschreibung)

 1. 정치 선거 영화 추천

https://blog.naver.com/cine_play/221909795177

2. 2019 신작 미드 컬렉션 왓챠 선정

https://watcha.com/ko-KR/decks/TUY6wm7sKHZN

3. 아는 사람은 아는 명작 다큐

https://www.dogdrip.net/249570456

4. 로튼토마토 선정 2018 영화 top 100

https://blog.naver.com/zjvl851/221428695107

4. 해외매체 선정, 꼭 봐야하는 2000년대 최고의 영화 TOP 100

https://blog.naver.com/zjvl851/221415264675

5. 해외매체 선정, 21세기 최고의 서스펜스 스릴러 영화 BEST 10

https://blog.naver.com/zjvl851/221409782680

6. 로튼토마토 지수 99프로 클럽

https://blog.naver.com/c106507/221609891712

7. 페친분들이 강추한 넷플릭스 추천작 정리

https://outstanding.kr/discussion/?action=readpost&post_id=444081

8. 한국 영화가 두 편인나? 로튼토마토 지수 99프로 영화들

한국 영화가 두 편이나? 로튼 토마토 지수 99% 영화들 : 네이버 포스트

9. 만화 추천 - 재미있게 보고 있는 작품들

https://brunch.co.kr/@chinppo/114

10. 영화 추천 - 넷플릭스 등

https://extmovie.com/bestboard/56105743

 - 유전자의 물리적 거리와 유전적 거리의 correlation을 나타내는 equation은 없나? 만약 없다면, 이는 meiosis 중 같이 유전되는 횟수를 측정하는 cM의 정의 특정상 물리적 거리처럼 칼같은 측정이 힘들기 때문인가?

출처 : 

https://www.youtube.com/watch?v=FvHRio1yyhQ

https://en.wikipedia.org/wiki/Dideoxynucleotide

https://www.ibric.org/myboard/read.php?Board=exp_qna&id=527203&ksr=1&FindText=sanger%20sequencing

https://www.ibric.org/myboard/read.php?Board=exp_qna&id=48822&ksr=1&FindText=sanger%20sequencing

[Sanger DNA Sequencing]

 1. Amplifying DNA : 이 단계에서 이미 target DNA 가 cut 된 상태인가?

 - 보통 plasmid vector 에 실은 상태에서 배양함으로써 증폭.

https://www.youtube.com/watch?v=ONGdehkB8jU

 2. Denaturation by heat until single stranded DNA

 - 이게 Templet strand

 3. Primer 가 5 end의 dNTP(deoxy Nucleoside TriPhosphate)를 붙일 site에 달라붙는다. complement하게.

 4.  the primed DNA는 dispersed equally among four reaction vessels. 

 5. 4개의 Vessel 에 DNA Polymerase 추가

 6. 4종류의 dNTP 추가

 7. chain termination : one type of ddNTP(Dideoxy-)를 each vessel 에 추가 : 디데옥시NTP는 hydroxyl gruoup 이 3' 에 부족 (OH 대신 H 붙어있음). 그래서 합성이 여기서 멈춰진다.

 - 여기에 Fluorescence tag 

 8. Gel-electrophoresis with polyacrylamid Gel : 사이즈에 따라 가벼운 순으로 + 극에 가깝게 정렬

 - Phosphate 의 O- 차이 덕에 정렬가능

 9. 결과 : A, T, G, C 각 Vessel 별 길이에 따라 나눠진 Gel Electrophoresis. 이걸 길이에 따라 정렬하고 베슬 별 Nucleotide 를 배열하면!! -> 원하던 시퀀스 순서(5' - 3') 대로 get

 * Sanger sequencing 에서 읽어낼 수 있는 base pair length는 무엇에 제한되는가? DNA Polymerase 수명으로 인한 PCR cycle 한계, gel-electrophoresis 의 resolution문제?

 * 최초 프라이머는 어떻게 디자인되는가? 생어에서 random primer는 쓸 수 없다! 왜냐면 여러군데서 polymerization이 시작되면 ddNTP 에 의한 구분이 유명무실해지기 때문. 

 - 보통 plasmid vector 등에 미지의 DNA 단편을 클로닝한 뒤 알고있는 영역 (Vector) 의 sequence 로 만들어진 Primer를 이용해 이 미지의 DNA를 시퀀싱. 

 - 그 외 Alternative : Pyrosequencing, 

[NGS Next Generation Sequencing]

그런데 ‘왜 30년의 헌신을 헌신짝처럼 버렸느냐’는 물음에 그는 “한 종교 한 집단 안에서 어떤 자리를 차지하기 위해 출가한 것이 아니다. 더 이상 특별한 위치나 신분으로 보호받고 싶지 않았다”고 답했다. 

책에는 ‘나는 구도자였을까, 송담 스님의 추종자에 불과했을까’, 환속의 동기가 얼핏 엿보이는 대목이 있다. ‘성인이 된 후로 줄곧 엉뚱한 곳을 들여다보고 잘못된 기준과 관점에 연연해왔다는 것을. 더 나은 무언가가 되려고 노력하다가 아무것도 아닌 게 되어버렸다. 땅 속에서 금을 찾다가 결국 그 땅을 놓쳐버린 꼴이다.’

그럼에도 그는 여전히 스승에 대한 믿음과 참선의 중요성을 간과하지 않았다. 

“명성이나 권력은 마약과 같고, 세상에 마약을 거부하는 유전자 같은 것은 없어요. 어떤 사람이든 충분히 오래 즐기면 중독되고 말아요. 여성과 돈, 권력에 깊이 빠지면 중독될 수 밖에 없지요”

그의 말대로 참선의 궁극적인 목적은 파괴적인 습관, 즉 중독으로부터 벗어나 자유로워지는 것이다.

0. Embryo rescue

출처 : https://www.lifeasible.com/custom-solutions/plant/plant-breeding/embryo-rescue/

 - 매숙배 배양이라고 하는듯 : in vitro culture technique used to assist in the development of an immature or weak embryo into a viable plant.  used for producing interspecific and intergeneric hybrids, as well as progenies of incompatible crosses which lead to embryo abortion

 - 종간 또는 세대가 다른 하이브리드, 그리고 incompatible cross 에 한해 Embryo abortion이 일어나는걸 우회하는 기술. in vitro, 즉 시험관 내에서 미성숙된 녀석을 배양. 

 - 기존 씨앗에서는 배가 생성되지 못할 걸 적절한 medium에서 fertil plant로 자라날 수 있도록 하는 기술

1. Transformation with bacteria

출처 : 다인바이오 주식회사 홈피

http://www.dynebio.co.kr/yc/bbs/board.php?bo_table=data1&wr_id=16&sst=wr_hit&sod=desc&sop=and&page=1

 -  Bacterial transformation

bacteria로 외부 DNA를 도입하는 과정. E. coli transformation.

E. coli는 linear 또는 circular DNA를 받아들일 수 있는데 일반적으로 두 가지 방법이 있다. host cell로 들어간 DNA는 ampicillin 내성 유전자 (beta lactamase를 coding하는 유전자)가 포함된 plasmid를 사용하여 ampicillin이 포함된 배지에서 선발하여 확인한다.

즉, 집어넣을 DNA는 우선 제한효소 등으로 쪼갠다음 그걸 옮겨줄 플라스미드에 싣는 것. 싣는 방법은 아래와 같이 쇼크를 줘서 세균이 타겟 DNA를 세포막 내로 집어넣게 하는 것. 

Bacterial transformation (CaCl2법, Heat-Shock method)

Electroporation

플라스미드에 제대로 실렸는지 확인하려면 마커가 필요한데 보통 antibiotic 마커를 이용. 플라스미드가 항생제 내성을 가진 유전자가 실린 애라서 우리 타겟 DNA 와 멀쩡하게 incuvating됐으면 항생제 처리에서 살아남는 걸로 잘 됐구나 하게 안다고. 

 - 식물로 외부 DNA의 형질전환 방법 : 고전적 방법은 Protoplast fusion

- 일시적인 형질전환(transient)

1) Agrobacterium-mediated transformation

2) Osmotic shock

Ex) polyethylene glycol (PEG)를 이용, 세포벽을 제거한 원형질체(protoplast)에 외부 DNA를 형질전환할 경우 사용

   Stable 형질전환: 염색체 DNA에 삽입된 세포의 새로운 개체로 증식

   형질전환 식물

식물 형질전환의 단계 : 즉, 타겟 DNA는 쪼개서 세균 플라스미드에 싣는다. 그리고 세균 증식해서 타겟을 왕 늘린다. 늘렸음 이걸 쪼개서 타겟 DNA만 빼내고 이걸 앞과 같이 T Plasmid에 싣는다. 즉, 앞서 세균은 원하는 DNA를 늘리는 PCR 같은 과정이다. 아그로 박테리아는 vir gene 과 T-DNA 이 두개가 주요 요소인데 vir은 1) T-DNA의 절단 2) single-strand로 이동 3) 식물 세포내에서 double strand로 복제 4) 식물 염색체 DNA에 삽입 하고 T-DNA는 우리가 원하는 DNA를 싣고 있는 부분이다. 옮겨진 T-DNA는 식물내 염색체에서 랜덤 site에 삽입된다!

- E. coli에서 binary vector를 증식해서 얻음

- 목적 유전자를 binary vector에 construction

- E. coli에 재조한 binary vector를 형질전환하여 증폭

- 증폭된 재조합 DNA를 분리하여 agrobacterium에 다시 형질전환

- 목적 유전자를 포함하고 있는 T-DNA부분은 식물의 염색체에 삽입됨.

- 외부 유전자가 도입된 cell을 증식하여 형질전환된 식물을 얻음

유전자 조작 및 식물 형질전환 도구로써의 Agrobacterium tumefaciens

- vir gene과 T-DNA 부분을 나누어서 plasmid로 조작이 가능함

- T-DNA가 식물 염색체로 옮겨지는데 LB(left border)와 RB(right border)

식물세포로 T-DNA의 전달

- T-DNA의 이동은 상처난 식물 부위에 Agrobacterium이 감염될 경우 일어남

- vir gene 산물의 역할

1) T-DNA의 절단 2) single-strand로 이동 3) 식물 세포내에서 double strand로 복제 4) 식물 염색체 DNA에 삽입

- T-DNA는 식물 염색체 DNA의 random site에 삽입됨.

식물 protoplast에 PEG법에 의한 외부 유전자 형질전환 및 발현

목적 유전자와 GEP fusion construct 제조 à E. coli를 통해 재조합 binary vector 다량 확보 à cellulase 처리를 통한 식물 protoplast 제조 à protoplast + construct à PEG 처리 à 형광현미경 또는 confocal microscope를 이용한 발현 여부 확인

2. Plasmid rescue

출처 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19377999

The pBluescript-containing RescueMu transposon can be readily recovered by a procedure called plasmid rescue

Plasmid rescue is a technique for recovering bacterial plasmids from transgenic eukaryotic genomic DNA

Ampicillin or carbenicillin was used for RescueMu transgene recovery.

Plasmid rescue is a technique for recovering bacterial plasmids from transgenic eukaryotic genomic DNA. Total maize DNA was first digested with restriction enzyme(s), ligated, and then transformed into E. coli cells. Colonies were recovered under selection against the antibiotic marker(s) in the transgene vector.

The flanking genomic sequences at RescueMu insertion sites were simultaneously captured and then sequenced using RescueMu-readout primers

출처 : https://link.springer.com/article/10.1007/BF02668346

T-DNA를 통해 트랜스폼된 식물은 이제 외부의 타겟 유전자를 갖고있다. 식물 내에서 잘 붙어있는지 어떤지 감염다음에는 간접적으로 밖에 모르겠지. 해당 유전자에 해당하는 treatment를 동반한 실험을 통해 확인이 되면 이제 이 유전자를 다시 isolation해야지! 확실해진거니까. 이 플라스미드 레스큐는 이렇게 들어간 유전자를 다시 분리하는 기술이다.

방법은 트랜스폼된 식물 DNA를 제한효소로 쪼갠다음 특정 항생제 (ampicillin) 에 내성가진 E-Coli 에 집어넣어 뿔린다고. 질문 : 쪼갠 녀석은 확실함????

왜 이짓을 하냐면 그래야 origin of replication을 다시 얻어내서 isolation에 쓸 수 있으니까. 이걸 plasmid with flanking sequence라는데 T DNA가 달라붙게 만드는 식물의 좌우 시퀀스를 보함해서 인듯. 이렇게 다시 떼어냈으면 클로닝을 통해 확실하게 원하는 plant gene 을 분리할 수 있다!!

The plasmids with flanking sequences can then serve as a starting point for cloning plant sequences that share homology to the DNA at the point of T-DNA insertion. -> 왜 homology라고 하는지? 정확히 그 부분이 추출되는 것 아닌가?

[3번째]

3. Anwendung : 2가지 방법

4. Mutation 정의 : 

5. 내용 : Veränderung 사이즈 단위가 다르지요, 

6. Punktmutation : Austausch einer Base

 - Transition : Purin oder Pyrimidin

 - Transversion : 퓨린과 퓨리미딘 

 - Baseninsertion : 

7. Konsequanzen : 

 - konservative Substitution : 바꼈지만 생성되는 단백질은 비슷하거나 같다, chemisch ähnlich

 - nicht konservativ : 

 - Nonsense : 

 - ATG 스타트 코돈 (항상) / TAA, TTA 스탑코돈

 - frameshift : 완전한 프로틴은 생성되지만 그 녀석은 funktionlos. 예를 들어 atgtagccc -> atgtaCccc 이렇게 되면 생성은 되지만 꽝이다.

 - Intron 에 발생 : 인트론은 항상 GT ---- AG 로 구분되는듯. 

 10. spontane M : zytoplasma 라하면 미토콘드리아를 말한다. 

 - Mutationsklasse : 역시 사이즈에 따라. 

 - Reflikationsfehler : imino, Enol 은 매우 레어하다. 

 - Transversion, frameshift...

 - spontane Verletzung : Depunination (아주 흔하다), 

 - oxidative Schädigung : 

15. Mutagenese : 목표는 원하는 특성이 표현형으로 나타나는 변화를 얻는것. 뮤테이션을 사용하는 이유는 원하는 걸 얻는 것도 있지만 어떤 유전자가 원하는 특성에 책임있는지 알기위해 거꾸로 시행하는 경우가 더 많은듯

17. Mechanismen - Basenanalogen 질문 이런 아날로그는 어떻게 알아내는가 그리고 유전될 때 이 형태로도 유전되는가 그리고 딜리찌온이 엄청

 - 여기처럼 하나만 뿅 바뀌는건 거의 불가. 여기서 나온 사례는 여러 뮤턴트 중 원하는 것만 Screening 한 결과 나온 selektierte PF. 선택하고 나면 Rückkreuzung을 통해 다른 표현형을 원래 애들과 맞춰야한다.

 - 예를 들어, 토토메리 현상

25. 메커니즘 - spezifische Fehlpaarung 

 - EMS 나 NG 

28. Interkalationsmittel : 예시는 PCR에서 사용되는 Acr

30. 다른 여러 Mutagenese : 

31. ㅁ커니즘 : Basenzerstörung - physikalisch

 - riesen Deletion 으 ㄹ발생시킨다. 

 - Ionisierung : ROS 가 한역할. 

 - direckte : 더 자주 된다구. 

 - Röntgenstrahlung : fast Neutron 매우 유용함. 질문 엄청 많은 바젠이 박살난다는데 크로모좀, 겐뮤타찌온과 그 구분은 어디일까

 - 단점은 그 결과가 lethal인 경우가 많다는 것. 하지만 Selektion하면 좀 낫겠지요

36. 또다른 Zerstörung: Aflatoxin (프롬 아스퍼길루스)

* 이런 뮤타게네제에서 DNA Reparatur 가 큰 역할한다네요\

* 뮤타게네제 시도전, 우린 결정해야 한다. forward or reverse Genetic일지, 이런 Fragestellung

 * 하플로이드 자멘을 디플로이드로 만드려면? 콜히찐

 * 씨앗 뮤테이션은 목표와 방향이 클라. 다른 조직 예를 들어 잎은? 뮤테이션을 통해 Gewebekultur에서 사용가능

40. Selbstbefruchter 가 더 beliebter, da einfach zu arbeiten 

42. Insertionsmutagenese : Transposon. 이건 대표적인 리버스 제네틱 (tagged locus)

43. T-DNA : agrobakterium. DNA Vektor. 근데 매우 aufwendig. Aufwand ist sehr sehr hoch. 예를 들어 보리는 이걸로 transfomiert 안되려고 난리쳐서 Gewebekultur가 필요하다. 아라비돕시스는 좀 낫지요

 - 이 방법의 장점은 잘 들어갔는지 확인할 때 Primer가 쭉 읽다가 트랜스포존 있는 부분에선 튈 것을 안다. 그렇기에 거기 있는지 erkennbar 하는 장점

44. 틸링 : 이것도 erkennbar 할 때 장점이 있다. 리버스이기에 우린 어떤 진이 있는지 알고 거기에 맞는 제한효소가 있다는 전제. 그렇다면 쪼갰을 때 안쪼개진다? 그러면 뮤턴트가 발생한 것. 그러기 위해 진은 일단 PCR 로 amplikation

* 생어 시퀀싱 과 넥스트 시퀀싱을 구분한다, 목적과 상황에 따라. 넥스트는 전부 다 읽는 거니까 뭐 매직스틱. 생어로 안됐을 때 가능한 시도겠지만 비싸고 뭐

48. chemische Spaltung : 아가겔 (3 Basen 분리), 아그로(1base 분리) 근데 어케 

49. 생어 시퀀싱 설명 : ddNTP, 이거 덕분에 더 합성되지않고 

52. Markierung : 플루오르센스 말하는거지요

55. 카필라씨퀀서 : 우리가 일반적으로 쓰는 아크로아미드 젤을 판으로 쓰는거 대신 Karpillar 안에 아크로아미드가 채워져있음. 거기서 바로 분리해서 씨퀀싱 뿅뿅 54번에 질문 이 Leselänge가 나와있는데 이 크기따라 사실 다 다른 제한효소가 필요한가? 그리고 이렇게 다 쪼개놓으면 크로모좀 어디에 뭐가 있는지 알지?

58. Pyrosequenzierung : 넥스트 씨퀀싱으로 가는 길목에 있는 친구다

 - Prinzip : Beobachtung der Synthese

 - 원리 : 디엔에이가 komplementär 할 때마다 ATP 가 나오고 거기에 Luciferase 가 있음 빛이 빤짝. 이건 그냥 씨퀀싱을 하는 용도로 쓰면 미친 시간이 천년만년걸린다. 그래서 이건 SNP 를 발견하는데 쓰인다. 빤짝빤짝 하다가 피크가 없으면 범인 검거- SNP

61. NGS : 넥스트제너레이션. 실제 완전 디테일 설명은 회사가 갖고있어서 모른다고. 아래 설명은 Roche 454. 이건 이제 별로 안쓴단다 오래되고 그래서

 - Prinzip : Pyrosequenzierung

 - 원리 : 각 효소는 어디가 잘리는지 정확히 알고있다는 전제. ATTA 에서 AT 사이를 자른다 치면, A/TAA -- TTA/A 요렇게 다 잘리겠지. 62에서 초록, 블라우 로 표시된 부분. -> 이렇게 짜리면 그 잘린부분에 인댁스를 붙이고 그 마킹용 프라이머로 표식된다 그리고 게노튭 1, 2 이렇게 dokumentiert되어 DNA 비블리오텍에 저장 -> 이 마크된 스튝은 63에 나오는 이멀젼에 한 타일만 딱 분리된다! 쩐다. -> 비드가 각 이멀젼마다 정확히 같은 107개씩 쇽 들어감 -> 퓨로씨퀀싱 -> 빛을 측정

66. NGS -- Illumina : 이건 요새 많이 쓰는거다. 

 - 디엔에이 칩과 microarray 와 원리가 비슷하다. 

 - 70. 신호를 강화하기 위해 여러번 휴브리디제이션 - 디네쳐레이션 한다. 

 - 100개의 Leselänge 로 쪼개면, 일단 제한효소는엄청 häufig 하게 자를 것이고, 그리고 40M 만큼 쪼개서 시퀀싱 자료를 얻으면 비오슈타티스틱 적으로 모든 바젠이 시퀀싱 됐다는 걸 알 수 ㅣㅇㅆ다고 한다. 

 - 약점 중 하나 : repetitive DNA 구간은 말그대로 같은게 계속 이어지는 곳인데, 이 방법으로 하면 이 레페티티브가 어디서 발생했는지 솔직히 모를 수도 있다. 그럼 뭐 pech

82. 이온 토렌트 

83. ABI-Solid : 아재도 정보가 별로 없다고. 대충, 우리가 아는 프라이머로 반복해서 시도하여 그 반응의 쌓인 밀도에 따라 읽어내는 녀석인듯. 

84. Helicos : 일루미나와 아주 비슷하다. 

85. PacBio : realänge 30000 Basen! 즉, repepetive DNA 를 읽어낼 수도 있다. 이거외에 또 읽기 힘든 구간은 Cen

* Centromier : 너무 단단히 묶여있어서 씨퀀싱을 위해 접근하기 어렵다!

87. Nanopores : 이것도 extreme lange Fragmente 읽을 수 있는데! 비싸고, anfällig 하고 

출처 

https://news.v.daum.net/v/20191103115201975?d=y

중국 연구진은 레이저 빔을 이용해 정교하게 통제할 수 있는 초미니 가스 거품 로봇을 만들어냈다.

거품은 레이저로 인해 발생한 매우 높은 온도에서 만들어진다. 연구진이 현미경을 통해 바라보면서 레이저 빔을 조작하면 거품 로봇이 이에 따라 움직이게 된다.

수 마이크로미터(㎛) 크기에 불과한 이 거품 로봇은 물이 풍부한 환경 속에서 인공 조직 편집이나 배아 조작 등 여러 목적으로 활용될 수 있다.

출처 : + Epigenentic 강의

https://www.youtube.com/watch?v=R2jrIA_tjbs

 - 생물마다 갖고있는 크로모좀 set수는 다르다. 2세트를 갖고있으면 2n, Diploid (크로모좀 수는 4개), 3세트면 Triploid이렇게. 

 - 이 크로모좀 셋 수가 늘어나는 걸 Polyploidization이라고 하는데 크게 2과정

Allopolyploidy 가능성 5가지 

 - Autopolyploidi : 2개 이상의 크로모좀셋, 그들의 부모는 같은 종

1. genome doubling : spontaneous genome duplication 아니면 unreduced 2n gametes fusion. 근데 이건 가능성이 낮을 듯.
2. fusion of unreduced gamete with a normally reduced gametes -> Autotriploid -> 만약 이 트리플로이드가 normal viable triploid eggs 만들 수 있음 introgression을 통해 tetraploid 만든다  

 - Allopolyploidy : 다른 종의 부모로 부터. 

1. 멀쩡한 애들끼리 섞이고 그게 genome doubling (테트라)
2. 하나가 genome duplication 되서 정상이랑 섞이고 거기서 노말이랑 되면 테트라, 그대로 또 duplication 되면 hexa
3. 둘다 더블링(테트라인 녀석 2) 그대로 섞여서 테트라
4. A 랑 비슷한데 차이는 unreduced gamete fusion or somatic genome duplication in hybrid zygote
5. allotetra 와 보통녀석의 unreduced gametes 끼리 만남

 - 아래 그림처럼 됐을 때 왼쪽 아래 F1가 아주 노멀한 종간 교배 결과물. 라이거같은거. 2n = 5 이므로 even number가 아니기에 그다음 자손 생산을 하기 위한 Gamet 은 멀쩡하기 힘들다. 즉, 보통 steril

 - 이게 번식가능한 케이스가 그 아래 서술된 amphidiploid (혹은 Allotetraploid, an interspecific hybrid having a complete diploid chromosome set from each parent form). 유전자 뻥튀기 덕에 2n = 10 even number가 되어 fertil한 개체가 되는 것. Wassermelon 을 예로 드네 여기선.