걱정하지 마라. 어떻게든 된다.

[3번째]

3. Anwendung : 2가지 방법

4. Mutation 정의 : 

5. 내용 : Veränderung 사이즈 단위가 다르지요, 

6. Punktmutation : Austausch einer Base

 - Transition : Purin oder Pyrimidin

 - Transversion : 퓨린과 퓨리미딘 

 - Baseninsertion : 

7. Konsequanzen : 

 - konservative Substitution : 바꼈지만 생성되는 단백질은 비슷하거나 같다, chemisch ähnlich

 - nicht konservativ : 

 - Nonsense : 

 - ATG 스타트 코돈 (항상) / TAA, TTA 스탑코돈

 - frameshift : 완전한 프로틴은 생성되지만 그 녀석은 funktionlos. 예를 들어 atgtagccc -> atgtaCccc 이렇게 되면 생성은 되지만 꽝이다.

 - Intron 에 발생 : 인트론은 항상 GT ---- AG 로 구분되는듯. 

 10. spontane M : zytoplasma 라하면 미토콘드리아를 말한다. 

 - Mutationsklasse : 역시 사이즈에 따라. 

 - Reflikationsfehler : imino, Enol 은 매우 레어하다. 

 - Transversion, frameshift...

 - spontane Verletzung : Depunination (아주 흔하다), 

 - oxidative Schädigung : 

15. Mutagenese : 목표는 원하는 특성이 표현형으로 나타나는 변화를 얻는것. 뮤테이션을 사용하는 이유는 원하는 걸 얻는 것도 있지만 어떤 유전자가 원하는 특성에 책임있는지 알기위해 거꾸로 시행하는 경우가 더 많은듯

17. Mechanismen - Basenanalogen 질문 이런 아날로그는 어떻게 알아내는가 그리고 유전될 때 이 형태로도 유전되는가 그리고 딜리찌온이 엄청

 - 여기처럼 하나만 뿅 바뀌는건 거의 불가. 여기서 나온 사례는 여러 뮤턴트 중 원하는 것만 Screening 한 결과 나온 selektierte PF. 선택하고 나면 Rückkreuzung을 통해 다른 표현형을 원래 애들과 맞춰야한다.

 - 예를 들어, 토토메리 현상

25. 메커니즘 - spezifische Fehlpaarung 

 - EMS 나 NG 

28. Interkalationsmittel : 예시는 PCR에서 사용되는 Acr

30. 다른 여러 Mutagenese : 

31. ㅁ커니즘 : Basenzerstörung - physikalisch

 - riesen Deletion 으 ㄹ발생시킨다. 

 - Ionisierung : ROS 가 한역할. 

 - direckte : 더 자주 된다구. 

 - Röntgenstrahlung : fast Neutron 매우 유용함. 질문 엄청 많은 바젠이 박살난다는데 크로모좀, 겐뮤타찌온과 그 구분은 어디일까

 - 단점은 그 결과가 lethal인 경우가 많다는 것. 하지만 Selektion하면 좀 낫겠지요

36. 또다른 Zerstörung: Aflatoxin (프롬 아스퍼길루스)

* 이런 뮤타게네제에서 DNA Reparatur 가 큰 역할한다네요\

* 뮤타게네제 시도전, 우린 결정해야 한다. forward or reverse Genetic일지, 이런 Fragestellung

 * 하플로이드 자멘을 디플로이드로 만드려면? 콜히찐

 * 씨앗 뮤테이션은 목표와 방향이 클라. 다른 조직 예를 들어 잎은? 뮤테이션을 통해 Gewebekultur에서 사용가능

40. Selbstbefruchter 가 더 beliebter, da einfach zu arbeiten 

42. Insertionsmutagenese : Transposon. 이건 대표적인 리버스 제네틱 (tagged locus)

43. T-DNA : agrobakterium. DNA Vektor. 근데 매우 aufwendig. Aufwand ist sehr sehr hoch. 예를 들어 보리는 이걸로 transfomiert 안되려고 난리쳐서 Gewebekultur가 필요하다. 아라비돕시스는 좀 낫지요

 - 이 방법의 장점은 잘 들어갔는지 확인할 때 Primer가 쭉 읽다가 트랜스포존 있는 부분에선 튈 것을 안다. 그렇기에 거기 있는지 erkennbar 하는 장점

44. 틸링 : 이것도 erkennbar 할 때 장점이 있다. 리버스이기에 우린 어떤 진이 있는지 알고 거기에 맞는 제한효소가 있다는 전제. 그렇다면 쪼갰을 때 안쪼개진다? 그러면 뮤턴트가 발생한 것. 그러기 위해 진은 일단 PCR 로 amplikation

* 생어 시퀀싱 과 넥스트 시퀀싱을 구분한다, 목적과 상황에 따라. 넥스트는 전부 다 읽는 거니까 뭐 매직스틱. 생어로 안됐을 때 가능한 시도겠지만 비싸고 뭐

48. chemische Spaltung : 아가겔 (3 Basen 분리), 아그로(1base 분리) 근데 어케 

49. 생어 시퀀싱 설명 : ddNTP, 이거 덕분에 더 합성되지않고 

52. Markierung : 플루오르센스 말하는거지요

55. 카필라씨퀀서 : 우리가 일반적으로 쓰는 아크로아미드 젤을 판으로 쓰는거 대신 Karpillar 안에 아크로아미드가 채워져있음. 거기서 바로 분리해서 씨퀀싱 뿅뿅 54번에 질문 이 Leselänge가 나와있는데 이 크기따라 사실 다 다른 제한효소가 필요한가? 그리고 이렇게 다 쪼개놓으면 크로모좀 어디에 뭐가 있는지 알지?

58. Pyrosequenzierung : 넥스트 씨퀀싱으로 가는 길목에 있는 친구다

 - Prinzip : Beobachtung der Synthese

 - 원리 : 디엔에이가 komplementär 할 때마다 ATP 가 나오고 거기에 Luciferase 가 있음 빛이 빤짝. 이건 그냥 씨퀀싱을 하는 용도로 쓰면 미친 시간이 천년만년걸린다. 그래서 이건 SNP 를 발견하는데 쓰인다. 빤짝빤짝 하다가 피크가 없으면 범인 검거- SNP

61. NGS : 넥스트제너레이션. 실제 완전 디테일 설명은 회사가 갖고있어서 모른다고. 아래 설명은 Roche 454. 이건 이제 별로 안쓴단다 오래되고 그래서

 - Prinzip : Pyrosequenzierung

 - 원리 : 각 효소는 어디가 잘리는지 정확히 알고있다는 전제. ATTA 에서 AT 사이를 자른다 치면, A/TAA -- TTA/A 요렇게 다 잘리겠지. 62에서 초록, 블라우 로 표시된 부분. -> 이렇게 짜리면 그 잘린부분에 인댁스를 붙이고 그 마킹용 프라이머로 표식된다 그리고 게노튭 1, 2 이렇게 dokumentiert되어 DNA 비블리오텍에 저장 -> 이 마크된 스튝은 63에 나오는 이멀젼에 한 타일만 딱 분리된다! 쩐다. -> 비드가 각 이멀젼마다 정확히 같은 107개씩 쇽 들어감 -> 퓨로씨퀀싱 -> 빛을 측정

66. NGS -- Illumina : 이건 요새 많이 쓰는거다. 

 - 디엔에이 칩과 microarray 와 원리가 비슷하다. 

 - 70. 신호를 강화하기 위해 여러번 휴브리디제이션 - 디네쳐레이션 한다. 

 - 100개의 Leselänge 로 쪼개면, 일단 제한효소는엄청 häufig 하게 자를 것이고, 그리고 40M 만큼 쪼개서 시퀀싱 자료를 얻으면 비오슈타티스틱 적으로 모든 바젠이 시퀀싱 됐다는 걸 알 수 ㅣㅇㅆ다고 한다. 

 - 약점 중 하나 : repetitive DNA 구간은 말그대로 같은게 계속 이어지는 곳인데, 이 방법으로 하면 이 레페티티브가 어디서 발생했는지 솔직히 모를 수도 있다. 그럼 뭐 pech

82. 이온 토렌트 

83. ABI-Solid : 아재도 정보가 별로 없다고. 대충, 우리가 아는 프라이머로 반복해서 시도하여 그 반응의 쌓인 밀도에 따라 읽어내는 녀석인듯. 

84. Helicos : 일루미나와 아주 비슷하다. 

85. PacBio : realänge 30000 Basen! 즉, repepetive DNA 를 읽어낼 수도 있다. 이거외에 또 읽기 힘든 구간은 Cen

* Centromier : 너무 단단히 묶여있어서 씨퀀싱을 위해 접근하기 어렵다!

87. Nanopores : 이것도 extreme lange Fragmente 읽을 수 있는데! 비싸고, anfällig 하고 

 

 

 

- 수업은 2월 5일까지.

- 시험은mündlich oder schriftlich 인데 3월 말, 4월 말

 - 복습 : Markeranalyse를 위한 첫번째 단계는? DNA Isolierung (Bakterien, Hafen oder tierlisches, pflanzliches Gewebe 주로 junges Blattmaterial 로부터 시작한다) -> Zellwand를 기계적, 화학적으로 aufgeschlossen -> Rohextrakt -> Extraktionspuffer 추가 (65°) : 이 단계에서 각각의 단계마다 목적이 다르다 SDS, CTAB 등 -> PHenolextraktion : zur Abtrennung von Proteinen und Lipiden -> Ausfälling der Nukleinsäuren 이렇게 DNA를 Lösung 형태로 추출한다.

 - 복습 :  위의 단계는 보다시피 aufwendig. 그래서 여러개를 한큐에 할 수 있는게 Roboter (Extranktionsroboter BioSpirint 96 Qiagen) - Hochdurchsatz, gleichbleibende DNA-Qualität, DNA는 frei von Protein, Kontaminierung (깔끔하다 이말이지)

 - 복습 : BioSprint 96 과정 - 얼린걸 Metallbällchen 과 함께 mechanisch homogenisiert -> 간건 Lyse Puffer 에 가라앉힌다 -> MagAttract 서스펜슨? -> 마그네틱 Kügelchen이랑 갈아버리는데 자석인 이유는 negativ Ladung DNA를 + 자석으로 확 땡겨서 다른 단백질들과 분리하기 위해서임. 단백질, DNAse 등은 Salz 랑 같이 섞어서 이미 Denaturiert -> 

 - 복습 : manuel 과 로보터의 차이 - 로보터는 많은 샘플을 homogenische Qualität으로 빠르게 얻는다. 하지만 샘플당 DNA Inhalt 는 manuel 이 훨씬 높다.

 

- entscheidend : signifikant

- Reibungskraft : friction force, 마찰력

- Schmier : 

 

[2번째]

1. Markertechniken : 어떤 종류의 마커 기술이 있나요

 - RFLP : 1980년 개발. Restriction Fragment Length Polymorphism. DNA 를 여러 쉬니트로 끊어서 비교한 다음 같으면 놔두고 아님 더 쪼개서 반복.

 - RFLP Ablauf : DNA Isolation -> Restriktionsverdau -> Gel-Elektrophorese -> Southern-Hybridisierung (-Blot) -> Sonde

 1) Restriktionsenzyme : 1960년 즈음 개발된듯. 박테리아의 Schutzmechanismus vor artfremder DNA (Viren) 의 일환으로 다른 Phagen-DNA 를 자르는 효소. 유전 공학 (편집과 규명) 의 단초를 마련한 발견 중 하나. 특징은 spezifische Erkennungssequenzen (같은 부분을 쪼갠다) : 4-8 Basenpaare 를 끊음. 이게 길수록 더 특이적이고 seltner 하게 절단한다. 이 차이가 어떤 상황에서 우리가 어떤 제한 효소를 써야할지 구분케한다.

 - 5 Typen: 타입2가 bekannteste. 타입 1 과 타입 2의 차이는 구체적으로? 타입1은 특정 구간 (z.B AGCT) 을 erkennbar하다. 하지만 절단은 반드시 이 구간을 끊는게 아니라 랜덤하게 절단한다. 반면, 타입2는 Erkennungsteil (z.B 마찬가지로 AGCT) 를 인식한 다음 반드시 정해진 구간을 절단한다. 당연히 타입1은 이젠 안쓰겠지요. 타입3는 인식한 곳을 자르진 않고 다른 곳을 자르는데 (예를 들어 nach 100 Basenpaar vom Erkennungsteil) 반드시 이 곳을 자른다. 그 말은 타입 2, 3 은 결과가 reproduzierbar. 

https://terms.naver.com/entry.nhn?docId=1174460&cid=40942&categoryId=32822

 - Nomenklatur : EcoRI - 맨앞은 Gattung, 

 2) Restriktionsverdau : 요지는 제한효소로 쪼개서 프레그멘테로 만든 뒤 Polymorphism, 즉 다른 애들과 조금 달라서 표지로 쓸 수 있는 구간을 detektierbar. DNA + Enzym + Salze 한 후 Inkubation하는데 Enterobakterien은 meist bei 37° 에서 하지만 Sma1 (25°), Taq1 (65°) 같은 Ausnahme도 있다. 그리고 마지막엔 효소 Inaktivierung 하기 위해 EDTA넣는데 그 효과는 아래.

생화학이나 분자생물학에서는 DNA나 단백질에 관련된 실험을 할 때, 시료가 효소로 인하여 손상되는 것을 막기 위해 효소가 필요로 하는 금속 이온을 제거할 목적으로 EDTA를 사용한다.

 3) Gel-Elektrophorese

 - Agarose : hochreines Polymer. Rotalgen에서 얻어진건데 특정 온도 하에서 Vernetzung 해서 Poren을 만든다. 1975년 부터 개발된 꽤 오래된 기술이며 (lange etavilierte Technik) 이 Kondensation 에 따라 Poren이 작아진다. 

 - Agarose-Gelelektrophorese : Reibungskraft 로 인해 DNA Größe에 따라 분리된다. Auswertung은 염색시켜 그 빛을 읽어냄으로서 quantitative Messung이 가능하다. Farbstoff는 Ethidiumbromid (센시티브는 적당한데 toxisch. 더 안전한 건 아무래도 비싸다) 

 4) southern-Hybridisierung : 

 

* Hybridisierung, Hybridization : Hydrosis 를 위한 그 섞는 것과 다르다. DNA, RNA를 검출하기위해 komplementäre Sequenzen인 Sonden을 붙여서 측정하는 과정을 말한다. 이 Sonde는 radioaktiv oder chemisch markiert 되어있다. 이 Sonde는 최상의 경우 그 다음 페이지의 Pillen 사례처럼 확연하게 구분가능해야하고 

 - co-dominante Sonde : 이걸 이용하면 잡종이 잘되어 Heterozygote 인지 Homo인지 알 수 있게 함. 좋다 이말이야. 

2. Ursachen eines RFLP (- Polymorphismus) : 크게 3가지 가능성. 

 - Polymorpismus 자체는 뮤턴트, Genduplikation 등 다양한 원인이 있다. 우리가 말하고자 하는건 이 차이 (Polymorphismus)가 RFLP 를 통해 어떻게 지표로서 구분되는지 그 해석의 가능성을 말한다.

 - 첫번째는 원하는 구간을 잘 절단. 2개로 절단되었고 그 토막은 Gel-Elektrophoresis를 통해 크기에 따라 나눠진다. 두번째는 같은 DNA-Basenpaar 인데 중간의 Erkennungsteil 에 뮤턴트가 발생한 경우다. 그럼 이 도막은 큼지막하게 한줄로 잘릴 것이며 젤 결과는 첫번째 사례보다 훨씬 위쪽에 분리된다고. 마지막은 첫번째의 첫째 도막에 Genduplikation으로 인해 조금 길어지고 하지만 Erkennungsteil은 안잘려서 2 도막으로 분리되는 것. 겔에서는 2도막인데 첫번째 도막은 첫번째 사례보다 더 위쪽에 위치하겠지, Dupliziert 된 만큼 Basenpaar 길어졌을 테니까!

 - 이 3가지 사례는 서로 다른 지역에서 온 같은 종의 경우를 생각해볼 수 있다. 하나는 유럽, 하나는 아프리카, 나머진 남아메리카에서 왔으면 Erkennungsteil은 같을 정도로 비슷하지만 각자 다른 Evolution을 겪어서 조금씩 다르겠지요 -> Polymorphismus 의 발달.

3. Polymorphe Marker können dominant oder co-dominant sein : co-dominant는 dominant, rezessiv 의 힘이 비슷해서 같이 있는 경우 둘 다 발현된다. 혈액형 중 AB 형, 멍멍이 털색깔이 부모 섞인 색깔인거 같은거.

4. Vor- und Nachteile : 단점은 시간이랑 노동력을 갈아넣어야되고 상대적으로 DNA가 많이 필요하다. 즉, schwierige Automatisierbarkeit, 그리고 마커 읽는 과정때문에 nicht-radioaktive System에서는 시행하기 어렵

5. 그담 시간은 PCR-basierende Markertechniken

[다음 시간]

1. PCR

- 항상 Zyklus 단위로 진행된다. 주요 요소는 Mastermix (코펙터인 마그네슘 등), 온도 등

 - Marker 를 다룰때 : 리버스 게네틱. 우린 어디를 끊어야될지 알고 있는 상황이므로 (SNP) 그에 맞는 프라이머를 갖고 있다.

 - Denaturierung (여기서 kange Kette 가 두갈래로 확 갈라짐)- Anlagerung (Annealing) - Enlongation (Extension, 여기서 만들어진게 다시 1번에 사용된다)

 - 59. 3번째 사이클부터 사실상 우리가 원하는 Fragment 가 얻어진다. 우리가 얻고자 하는 부분만 특정 프라이머를 통해 얻어낸다. 다른 전체 Kette도 사이클에따라 늘어나지만 프라이머에 의해 복사되는 건 아니기에 원하는 dNA 만 빠른 속도로 더 많이 얻어진다. - 저 스페인 그룹에서 만든 영상이 좋았음

 - 60. 왼쪽의 프레그멘트 수는 우리가 원하는 이상적인 상황에 가깝다

62. Ausgangs-DNA : 기본적으론 이미 Isolisiert 된 상태. 일단은 너무 높은 EDTA 가 있음 안된다, 

 - 문제점 중요! : Repetitive Sequenz : Bindung der Primer verindern, GC-Reische Sequenze : 3-fache Wasserstoffbrückebindung 너무 stabil해서 분리가 ㄴ잘 안되는 듯.

64. Thermostabile DNA-Polymerase  : 핵심 요소

 - Taq-Polymerase : 열에 잘 견디는 Thermus aquaticus 에서 얻어진 DNA-Polymerase. 즉 그 태그랑은 상관이 없다.

 - Pfu-Polymerase : aus Pyrococcus furiosus, 이것도 Thermostabil, mit Korrekturlesefunktion (komplitär 하지 않으면 프레그먼트를 다시 체크하고 수리하는 기능인듯. 어째서?)

66. PCR-Primer : Sense(forward 5-3), Antisense (reverse)

 - Bindungspezifität : 15-40 Nukleotide, Formeln에 연관된 요소는 

 - 67. 최상의 프라이머 조건? gleiche SchmelzT, ansgewogener GC- und AT-Gehalt (디네츄레이션이 너무 오래 안걸리기 위해서 등), Sequenz nur einmal im Ausgangsmaterial?, keine Komplimentäre Sequenz (프라이머안에 ATATATAT 이런 komplimentär 하는 부분이 있으면, 지들끼리 붙어서 Hairpin 이 되거나 Dimere 될 수 도 있으니까), rein (keine Kontamination mit Fremd DNA), 

 - Primer 디자인을 위한 소프트웨어가 있단다

69. dNTP, MG2+ : dNTP 는 재료. 항상 im Überfluss 하게 존재해야한다, synthetisierende Produkt가 얼마나 길든 간에!

70. Überprüfung der PCR im Agarosegel : unspezifisch 했거나, Farbstoff 넣는거 까뭇거나, DNA 농도, 

72. Parameter für die Optimiereung einer PCR 

 - T, ..

74. notwendige Kontrollen für PCR : 3가지 콘트롤이 있다. negativ (아무것도 없는거), positiv (Ziel DNA가 들어있는 상황), Wiederholung, 

* 예전에 할레 캄푸스에서 다른 곳에 있던 렙을 여기로 옮겼다. 같은 기구에 같은 조건이었는데도 예전 메뉴얼로 했을 때 제대로 작동안했다고. 뭐 물때문일수도 있고 여튼 그래서 다시 메뉴얼을 작성해야했다고.

75. Markertechniken : RFLP

 - STS : PCR 기반. Sequence Tagged Site

 - 2가지 식물을 비교한다. 이처럼 헤테로 구분에 사용가능

77. STS Marker : heutzutage in PFforschung unbedeutend, 1989

 - 씨퀀스 정보가 필요하고(왼쪽, 오른쪽 뭘 읽을지 알아야되니까), Polymorphigrad가 낮고, Längenunterschiede im Gel 구분하기 힘들어! - 그래서 다른 알고 있는 마커들의 정보를 기반으로 이놈들 간 Kopplung을 비교할 때 쓸 수 있다네. 

 - 장점은 co-dominant(양쪽 영향을 다 받은것도 나타낼 수 있다), gut reproduzierbar, nur wenig DNA wird nenötigt (이건 모든 PCR기반 기술의 Gemeinsamkeit)

78. SSR : Simple Sequence Repeat : Mikrosatelliten, 1989, 꽤 오래된 기술

 - Hintergrund : 반복해서 나타나는 Sequence(Tandem repeat, Strand slippage??) 구간의 존재가 아이디어의 시초. DNA Replikation 에 의해 발생하는 오류를 늘이거나 줄이거나??? 여튼 남미의 식물은 이 구간이 20개, 유럽은 10개 이런식으로 진화적 배경을 예상할 수 있는 단서가 된다. Punktmutation 보다 훨씬 높은 가능성으로 Mutationsrate 를 가진 구간. 

 - Hintergrund 80 - Minisatelliten : RFLP처럼 어떤 변화가 생겨서 PCR 에서 계속 합성이 안되는듯. 

 - 81. Polyacro amid Gel : 아래에서 보이듯 Basenlänge가 같다! 그래서 기존의 Agarosegel은 안되고 더 섬세하게 구분가능한 겔이 낫다.

 - 83. Beispiel - Kopplung einer Krankheit mit SSR Marker : jeweils selben Primer 사용해서 조사한다! 그 덕에 M´´ 딱 발견

 - 85. Kartierung eines Mikrosatelliten in einer Gersten F1-PP : 여기서 보듯, 비교되는 건 2 Allele (A, a) 이다. 막 전체 씨퀀스를 다 발라서 뜯어보고 그런 개념은 아니다. 그 덕에 

* 98프로의 Wildgerste 는 Wintergerste. 즉, Sommergerste는 다소 특이한 녀석

 - 86. Entwicklung von SSR-Markern : 발견된 SSR 정보를 어떻게 DNA bibliothek 에 넣고 그걸 기반으로 이 녀석에 맞는 PCR Primer를 만들까 에 대한 과정이다.

 - 88. 장단점 : 역시 씨퀀스 정보가 필요, 프라이머 만들기 빡시고 분석을 위한 Bande가 많지않다. 장점은 좀 더 많은데, 특히 hoher Polymorphiegrad(뮤턴트가 더 많으니까??)!, 

 

 - E.Coli 가 디엔에이 폴리머라제로 사용되는 이유?

 - 지금까지 씨퀀스는 이론만 꾸준히 다루는데 차라리 실제 씨퀀스 예시를 먼저 보여주면서 이래서 이런 메토데가 적용됐다는 식의 접근이 훨 직관적일 것 같다. 

 

[SNP?]

1. Pyrosequencing : 비싸서 지금은 안 쓴다는 듯.

 - 6 Schritten : PCR해서 PCR Platte 생성 – 이걸 씨퀀싱플라테에 옮김 – Denaturierung der DNA

 - Annealing – 씨퀀싱 – 평가

 1) PCR : 비오틴으로 표지된다

 2) PCR Platte zur Sequenzierungsplatte : 아가로제같은 Streptavidin으로 이 DNA를 immobilisieren 하는데 이 녀석은 비오딘과 매우 높은 Affinität을 가진다. 그런다음 VPT (VacuumPrepTool) 로 이 ㅈ녀석들 포집 (이게 꽤 멋진 아이디어라카는데)

 3) Denaturierung der DNA : 디네쳐레이션 뢰중을 넣어서 이 도펠 슈트랭에를 한줄로 쪼갠다. 그리고 이 과정에서 비오틴 달고있지 않은 부분은 entfernt된다. 

 - Vorbereitung : 엔자임, dNTP (A,C,G,T)

https://m.blog.naver.com/PostView.nhn?blogId=gamble0726&logNo=140065580826&proxyReferer=https%3A%2F%2Fwww.google.com%2F

 - Enzyme : E coli DNA Pol 1, Saccharomyces cerevisiae ATP sulfurylase, Luciferase, Apyrase(liguid phase pyrosequencing 가능케함)?, 

 - 구체적 과정 : einzelnes dNTP (예를들어 A) 를 넣으면 목표 시퀀스에 따라 만들어지겠지. 그다음 다른 dNTP넣고 하면서 SNP 관찰. DNA-Polymerase는 여기서 이 dNTP가 디엔에스 슈트랭 만드는데 도움!, pyrophosphat (PPi, 이녀석이 있으면 Sulfurylase의 존재와 함께 APS 와 결합해서 ATP를 만드는 역할. 이 ATP는 루시퍼라제에서 빛을 내는데 에너지로 쓰임) - 이걸로 피크를 확인해서 측정

 - wie lange dauert : 96개 샘플이 한번에 처리되는게 아니라 nacheinander abgearbeitet되서 시간은 좀 걸린다 이말이야. 4.1 s * 10 bp Sequenz * 96 Proben = 66min 

 - Temperatur : 이상적으론 Raumtemperatur. Tag Polymerase (opt bei 72도) 를 사용안하고 Luciferase 는 28도 이상에선 instabil 이고 해서 룸템퍼레쳐

 - Detektion : 호모와 헤테로 구분은 어떤 시퀀스가 가 아니고 이 씨퀀스의 시그널 크기를 비교해서 알아낸다.

 - Probleme : 아래 보이듯 기기에 Residue 가 남아서 지저분하게 낮은 피크들이 쌓이는걸 Hintergrund 문제라 하는듯, 그리고 비오틴은 비싸다 이말이야

 - Apyrase : unutilized dNTP를 계속 분해하는 녀석이다. 즉, 백그라운드 노이즈 레벨을 줄이는 역할을 한다. 다른 nucleotide-degrading enzyme과 비교했을 때 뭐 좀 더 안정적이라는 듯

 - 보여준 Biotage의 영상이 아주 설명이 잘되있다우

2. Real-time PCR basierende Detektion (am Bsp. von TaqMan 택맨) : 

 - Voraussetzung : einzelsträngige DNA Probe mit Reporter, Quencher, 

3. Detektion von SNPs mittels KASP : 다른 시스템들은 hohe Durchsatz (한번에 1000개 이상 sNP 분석 등) 을 가지면 일반 실험실에서 못쓸 정도의 가격대이지만 이 KASP 는 상대적으로 싸면서 Durchsatz도 나쁘지 않아 일반 실험실에서도 사용가능하다. 

 - 왜 이게 그렇게 toll? : bei heterozygoten können beide Primer binden, 시그널을 발생하는 단계가 2번인듯. Denaturierung될 때 한번, 그리고 다시 komplimentär 할 때 또 한번. 

 - Auswertung des Fluoreszenzsignal : 여기서 연두색이 heterozygote라고. 둘 다 적당히 존재해서 

 - 이것도 비디오가 좋다. 이것도 비디오 좋다! LGC 에서 제공하는 10분짜리 영상.

 

 

 

 

 

 - 피드백 : 수업 중 히스토리, 프락시스, 다른 분야와의 차이, 의미 언급이 아주 좋았다. 테오리와 프락시스 차이는 그냥 읽어서 알기 힘든것, 내 요청은 회사 또는 가터스레벤 등 실제 기관에서 이 이론을 배경으로 하고있는 예시르 ㄹ단편적으로 제시된다면 훨씬 좋았을 듯. 길고 긴 수식을 따라가다보면 당췌 이걸 왜 하고있는지 멍해질때가 있더라고. 

https://www.opencollege.kr/stories/363

 - Jochen Reif 어쩌고 : 5포닥, 5닥, 나머지는 뭐 석사 등등

 메일은 reif@ipk-gatersleben.de 로 보낼것

 - quantitative Genetik을 기반으로 하는 수업. - QG 필기 편집할 것

 - 수업의 목적은 QG을 기반으로 Züchtung 의 현재, 근미래를 다루는 거인듯. 교짱의 팀에 수학자 2이 있는데 QG 를 갖고 다루는 이 필드에서 이들의 역할은 어마무시하게 중요하다고

 - 시험은 mündlich : 완전 암기할 필욘 없고 원하는 Kapitel 을 고르고 거기에 답하는 형태. 나중에 더 설명해줄거임  

 - 교수 말로는 아그라 요즈음 너무 biologisieren 되었다고. 

 - 이 양반한테 인턴 물어볼 필요 있을 듯

 - 정리 : Polyploidisierung, QG, Population, 

 - 질문의 스타일 : 답은 안어려운데 질문을 이해하기가 어렵다. 그래서 각 계산식이 어떻게 흘러갈 지, 왜 이렇게 되는지, 뭐땜에 그런지를 짧고 굵게 갖고있을 필요가 있다. 질문이 꽤 길고 빙글빙글. 답은 보통 이런거다. 뭐가 헤테로쮸고트, 왜? 에피슈타지, 이걸 더해야되나 곱해야되나 이런식. 

 

[1번째]

2. 수업 올가니지어룽

 - 프락티쿰은 아마 März일 것 같고, 시험도 프락티쿰 마지막에 할 듯. 

 - 추천 책 : falconer and mackay : introduction to Quantitative genetics : Wricke and Weber quantitative genetics and selection in Plant breeding(좀 어려운데 완전 , lynch and walsh Genetics and anlysis of quantitative traits

 - 질문 : schulthess@ipk-gatersleben.de

 - 마스터나 회사 인턴쉽 für Züchtung 제공해줄 수 있다고!

3. Four breeding categories : 이 분류는 사실상 교육용 pädagogisch 의미로 사용된다고 보면 된다고. 왜냐면 밀을 예로 들자면, 회사는 Hybrid 로 밀, Rogen을 개량하기도 하고 뭐 그렇기 때문!

 1) Linien : 

 2) population : offene Bestäubung vermehren에 유리

 3) 하이브리드와 파퓰레이션 쥬히퉁의 차이는 하이브리드에서는 Bestäubung이 컨트롤된다는 것! 

 4) 감자지요 : züchterische Material을 얻기 위함이지요

4. clonal varieties : 요리처럼 생각해라고.

 1) Zutaten : genetische Ressoucen. 여기선 유성생식을 이용해 감자 둘을 섞었다 치자

 2) 발생한 botanische Samen 을 획득 : N1 (Nachkommen), 보통 Gewächshaus

 3) Knolen으로 발생, 여기서 Selektion을 시작 : 이유는 감자는 보통 Knolen으로 재배하기 때문. 

 4) A clones  - 꾸준히 Selektion

 5) 최종적으로 약 40개 정도 클론 선택 - 이걸 갖고 새 품종이 될지 어떨지 결정

5. Linienzüchtung : 2가지. 기본적으론 비슷. 차이는 früh Selektion 의 유무. 

 1) Stammbau (Pedigree) : Phase1 에서 각 씨앗은 사실상 한 Reihe 의 Familie가 된다. 장점은 어떤 세대든 간에 그 종자가 F2의 어느 종자로부터 시작됐는지 (= 어떤 부모가 어떤 Eigenschaft갖는지) 를 알 기 쉽다. 

 2) Ramsch (Bulk) : 장점은 이 방법은 Selbstung 식물에 좋은데 Homozygotie를 가질 가능성이 높아져서 Stabilität der Sorten 이 좋다. 단점은 Pedigree와 달리 Selektion이 3 Generationen 적다. 

6. Plants cross Pollinating mit Hop : fremdbestäubung

7. Mais : monoecious, dikline. 이걸 protandry 라칸다.

8. Roggen : gametophytische Selbstinkompatibilität

9. Hardy Weinberg Equilibrium : sehr starke Annahme von quantitativer Genetik

 - 간만에 유도과정 한번 해볼 것. 

 - Annahme (Voraussetzung?) : 가능한한 큰 Population (그래야 모든 알렐이 렌덤 메이팅 가능성 높아짐), keine Migration, keine Mutation, keine Selektion, 

 - 문제 : Züchtung에서는 사실상 nicht erfolgt -> Züchter는 best 인 녀석들을 mating 시키고 나머진 버리니까. Random mating 이 이뤄질 리가 만무

10. Mass selektion nach Blütung 

 1) 일단 한 Population이 존재 : 특정 조건은 없고 유일한 건 frei Bestäubung

 2) 또 다른 조건 : Pollen은 여튼 이 PP안에서 오는 것

 3) 결과 : Selektion을 통해 genetische Variabilität niedrig -> 동시에 특정 Eigenschaft의 Mittelwert가 richtung을 갖고 변화 (verschoben)

11. Half-sib selektion (독일서 개발) : 2번째 단계에서 각 종자로 부터 Parzellen을 이룬 녀석은 서로간에, 또는 내부에서 다같이 Bestäubung - 골라진 녀석은 2가지 목적으로 사용됨.

12. Halb-sib selection in mais (미국?) : 앞의 방법 단점이 뭐 씨앗이 nicht gelargert 되는건데 그걸 극복한다는데...??

13. Hybrid Breeding in Maize : 앞의 방법은 Mais의 경우 요새는 작은 회사에서는 시도될 듯. 지금은 큰 회사들은 대부분이 Hybridzüchtung으로 doppel Haploid 사용

 - 전제 : Züchter가 어떤 Maissorten 이 서로 kreuzen 되어야 할 지 알고 있다.

 - 과정 2개의 heterotische Gruppe (서로 miteinander kreuzen und Heterosis를 이뤄낼 수 있는 것) (1. mütterlich : Zahnmais, 2. väter : Hartmaid) . 질문 : 

 - Züchter는 바로 Inzuchtlinie 를 가지 않는다 : 빨리 병이 든다 등의 이유땜에. 여기선 doppel Haploid 를 만들기위해. 

 - 이 과정은 요새는 안할거다. zu aufwendig, 그래서 이건 컴퓨터로만 하는듯 . 이론적 테스트를 위해 

 - GCA (Allgemeine Kombinationseignung)

 - SCA (Spezifische ...)

13. Hybrid Breeding of two-way crosses : 각각의 pop.1, 2는 GCA 에 따라 특정 Eigenschaft가 선택된다. 대를 이어서. 이걸 서로 다른 PP 에서 발생. 

 - 특정 시점에서 SCA 까지 추구. 

 - 이 방법이 요새 통용되는 Hybridzüchtung methode

 - Basis PP 는 최종 마테리알의 엘턴들이다. 

 - SCA로 전환하는 건 Züchter의 관점이다. 여기서 설명된건, GCA 가 기존의 제품들보다 높은 GCA를 가지면 아마 그때부터 SCA로 전환한다는 것. 일리가 있는 전략이다. 

 - heterotische PP 는 사실상 최선의 경우 가능하다. (의무가 아니란 으미) Mais는 이 그룹이 잘 만들어진 케이스고 그래서 Heterosis 성공률이 매우 높다. Weizen, Roggen은 그렇지 않은 경우. 이건 Sterilitätsform 에 큰 영향을 받느다.

14. Outline of the lecture - Selection in plant breeding

 - 우리의 수업은 이 이 식을 기준으로 진행된다 : R = i h Q(g)

15. 이 아재 생각엔 모든 Merkmale가 quantitativ인거 같다네 ㅋ

16. genotypische Werte: 파스칼의 삼각형을 따른다? 

 - 더많은 유전자가 관여될 수록, 정규분포를 따른다 = quantitative 

17. Decomposition of the phenotypic value 

 - 앞에 언급된 요소 말고는 전부 Fehler

19. example : 이 숫자는 nicht genotypische Faktor?

P = u + G + E + G*E -> G*E = P - (u+G+E)

P = 5.9 (Stanford, K468) - (3.8+ -0.5 +0.2) = 2.4 순

Xs = 4.0 -> 4 - 3.8 = 0.2 

Xk = 3.3 -> 3.3 - 3.8 = - 0.5

u = 3.8

 - +, - 의미 : Leistung. 근데 G 가 높아도 E 랑 섞으면 그지같을 수도 있다. 즉, 각각의 값은 절대적인 값이기보다 현재 측정한 이 상황에만 통용되는 값이다. 

20. Replicated field trials across years and locations : RCBD

 1) 유전형 in 지역, 기간, 횟수

 2) R = i * h * Qg -> 여기서 Züchter는 Züchtung시작 전 Qg를 가능한 최대화 하려고 노력한다.

  - i : worauf wir selektieren wollen, 

  - i 와 Qg 의 관계를 제대로 바라볼 필요 있다. 

21. operative Heritabilität (see Strube) : 0.9-0.95 정도면 거의 최상급이란다.

 - Heritabilität을 다루는 이유 : Phänotyp, Genotyp의 Zusammenhang 을 알기 위함.

29. Kovarianz (w) : x, g

30. replicated field trials : 

31. Heritabilität 은 Schätzung 이지만 gültig nur in bestimmten Ort, bestimmten Moment, 

 - H ist ein Bild.

32. Variance components in Weizen : BSA 로부터 자료를 받아서 분석한 결과 중 하나. 

 - Interaktion zwischen G - J - O spielt signifikante Rolle

 - G : 이거의 크기를 아는 것이 주요 목적이엇다.

 - Error : Wiederholung, Ort, years 과의 관련을 말한다. 

34. Definition der Stabilität : 얼마나 Leistung이 예상 모델과 차이가 없는가. 이걸 Index화 한 것이 Stability variance

35. Genotype und Sabilität  

 - dynamic yeald stability : 

 - static : 

* yield stability 잘 이해가 안ㄱ나다...

 

 

[Values and means]

1. Dominanz-Klasse 와 additive Theorie 다루는 중 : d 의 관계에 따라 partiell, vollständig, über-Dominanz 관계가 형성된다. 

 2. plant height : Rht-B Gen이 Weizen Höhe 연관된 유전자

 - 여기서 이 3개 유전자를 대상으로 Hybrid Züchtung을 한다면 어떤걸 골라야할까? 

3. Leaf rust Resistent (Braun-Rost) : Höhe와 달리 - 값이 resistent 이다

 - 한 PP 가 나을까 아님 여러 PP? : 여러 PP에서 hybrid 하는게 낫지요. hybrid 는 서로 다른 entfernte PP 끼리 섞는것

 - 여러 Gene가 있는경우? : 문제는 유전자들이 한 크로모좀에 있거나 하는 경우. 그래서 이럴땐 다른애들을 다른 PP에 몰아넣고 섞는다

4. Tester 선정의 문제? 어렵다. 어떤게 관점인가여...

 - 여기서 볼 것은 starker oder schwacher Tester 어느게 우리에게 더 유용할까 이다.

 - was ist idealer Tester : 일반적으로 좋은 테스터의 조건은 Kornertrag. 그러나 이들은 보통 매우 stark 하기 때문에 현재 농업의 딜레마를 그대로 갖고 잇다. 즉, Resistenz - Weizen의 경우를 말한다. 근데 왜 테스터의 이 강도가 문제가 되는가?

 * 현실에는 Überdominanz 는 거의 없다! 토마토에 1개정도. 이 경우 Heterozygote가 최강이지요.

5. Epistasie : QG에 있어 kräftiges Thema. 유전자간의 Interaktion을 말함요

 - QG에서 유의할 점 : 개개의 사례를 1대1로 다루지 않는다. 언제나 statistische Mittelwerte 가 관심사

 - Z : Zeiligkeit

6. Epistasis - 2 Loci model : 이렇게 4 Klasse에서 에피슈타지 를 berücksichtigen muss

 * 현실에서 더 많은 수천개의 Interaktion을 다루는 법 : 실제로 더 복잡하고 도라이지. 대충 현실에서 다루는 방향을 보면 통계적 영향력은 Dominanz > additiv > ... 뭐 이런식으로 될 것이다. 이렇게 나래비를 나누다보면 결국 Hauptursache에 집중하게 되고 그러면 덜 중요해보이는 인터락찌온 같은건 뒤로 밀린다고.

[2번째]

 - 복습 : 여러 Loci 연관될때 핵심 요소는 Effekt간 multiplizieren 해야한다는 것

 - R-squred = 0.8966 의 뜻은 우리의 이 모델이 현실의 데이터를 89프로 정확도로 설명할 수 있다는 의미다

 - 여기서 additiv 와 Epistasie 고려했을 때 둘의 결과를 R² 로 비교하면 에피슈타지 발생했을 땐 1이다. 즉, 완벽하게 설명해준다는 이말이다. 하지만 어디티브 이펙트로도 꽤 높은 값을 받았다. 이런 관점으로 인해 QTL에서 에피슈타지는 자주 고려되지 않는다.. 고 설명하는 듯 하다. 

 - 이 부분을 잘 설명하려면 우리는 유전자 간의 Interaktion을 좀 더 깊게 봐야한다. 

 - 맨위의 값인 인터셉트는 포풀레이션 평균을 의미. 에피슈타지 2 로치 모델 표를 보고 최종적으로 우리는 검산할 수 있다.

 - 헤테로시스 : 2가지 있다. 미텔 또는 베터 페어런트. 근데 QTL에서는 베터 페어런트는 약간 예외로 생각하는 듯. 헤테로시스의 설은 여러가지있다. 각 상황에따라 맞고 틀림이 다르다. 하나는 도미넌트 도미넌트. 근데 이건 웨버도미넌쯔에선 유효한 설명이지만 파찌엘 도미넌쯔에선 설명이 안된다. 즉, 위버 도미넌쯔 휴포테제에서는 한 로찌로도 설명가능. 그냥 도미넌쯔 휴포테제에서는 2개 이상의 로찌가 있을 수 있다. 그런 경우 양 부모가 각각 유리한 로찌를 나눠있다고 하고 동시에 나흐타일한 로찌도 갖고있을 때 섞으면 베스트만 가진 자손. 즉 헤테로시스 가진 자손. 3번째 가설은 에피슈타지! 이걸 예전엔 에피슈타지라 켓고 지금은 에피게네틱. 

 - 헤테로시스의 효과는 F1 - (P1+P2) 로 나타난ㄴ다

 - d1 + d2 - aa 12  + dd12 : 이 결과는 Befruchtsystem 과 큰 영향을 준다. 예를들어 프렘트의 경우엔 (바이쩬?) d1, d2  이 중요한 펙터. 반면, 젤브스트의 경우는 aa12, dd12 가 중요한 펙터였다 이말이야. 이거 2017 네이쳐에 실렸으며 라이스와 마이스의 이런 큰 차이는 굉장히 erstaunlich 

 - F1-F2 = 1/2 D1 + 1/2 D2 + 3/4 dd 우리의 가정 (도미넌트 이펙트만 존재, 헤테로시스는 Heterozygote로 존재, 즉 nachgebaut되면 Hälfte der Heterozygote 잃어버림) 이 맞다면 라이스퉁도 정확히 반이 되어야 한다. 근데 만약 그렇지않다?? 그 말인즉슨 dd, 즉 Epistasie 가 작용했을 거란 추정을 할 수 있다. 

 - Exercise : Heterosis for loci linked in repulsion : 로치가 코플룽되었나 안되었나에 따라 헤테로시스 값 중 하나 부호가 다르다 이말이야

 - Point of reference : Bezuchspinkt. 저 커브는 어떤 의미지..?

 - Average effect of a gene : 한 알렐의 가치를 하디바인베엌 포풀라지온으 ㅣ미텔붸어트 내에서 메겨보는 것. 한 알렐만 보기위해 그 한녀석의 frequency * Leistung 한거에서 하디 바인베어그 미텔 라이스퉁을 뺀다이말이야. GCA, SCA 구하는거랑 비슷허다. 

 - 그래프에서 p 가 적을 수록 전체 라이스퉁이 올라가는 건, 생각해볼 것

 - Breeding Value : 우리가 볼 건 genotypische Werte, Phänotypische Werte, Zuchtwert 의 차이는 알고 있어야 한다. 왜 하디 바인베엌은 Populationszüchtung에서 큰 역할을 하지 않는가?? 친구한테 물어볼 것. 으으아. 

 - bredding value versus genotypic value : 우리가 티어쮸히터였다면 게노타입2 을 테잌. 왜냐면 스펌을 사고 파니까. 식물은 반대다. 게노타입1을 가져가겠지. 게노타입은 포텐셜이고 Zuchtwert는 다음세대에 미칠 영향력

 - Zerlegung에 여러 타입이 있다 : 피셔, A und D, für genotypische Wert

 - Dominanz Deviation : u 미텔붸어트, a1 알렐1 의 영향, a2 알렐2의 영향, 이걸로 델타를 구한다. G(A1A1) 는 genotypische Werte nach 피셔의 Zerlegung, 즉 G)(A1A1) 는 그냥 a (그냥 아디티브 이펙트). 식물 그 자체의 유전형의 힘 분류를 의미. 브리딩 벨류는 알렐 하나의 힘

 

[3번째]

 

* introduction to 쿠반티타티베 게네틱 초록색 책 falconer mackay 에 이 average effect of gene substitution 식에 대한 설명이 아주 상세하게 잘 되어있다고. 

 - Decomposition of genotypic value : 더 많은 알렐이 관여하겠지만 예전에 말했던 것 처럼 wesentlich 한 알렐만 다룬다. 또는 biallel시스템을 다룬다. 아래 나오는 X1, X2가 다른 알렐 있을 때 상황. 여기서 두번째 알렐 값 왜 엑스랑 곱하는거지?

 - 그래픽 설명 : 리그래션 했을 때 실제 나타나는 파란 점의 이탈한 형태는 도미넌스 데비에이션과 다를 바가 없다. 

 - Definition of effects : i,j,k,l 각 두개씩 2개의 로찌를 의미. 

 - 디컴포지션 인 하이브리드 포풀레이션 : 알파, 델타의 영향 auf Hybridisierung. 목표는 부모 세대의 미텔붸어트가 아니라 HybridPP 의 mitellwert. 여기의 식 전개는 Gedanke Experiment 의 일환으로 따라갈 것. 질문 왜 이 실험의 유전형 표현은 내가 아는 하이브리드 AB 한 헤테로쮸고트를 생성하는 것도 다른가? - 내가 알고 있는 잡종은 이 경우, A1, A2 가 각자 PP 에서 Inzuchtlinie 로 완저 ㄴ고정된 익스트림한 경우를 의미한다. 

Umformulierung 을 통해 알 수 있는 것은 x가 헤테로시스의 힘을 나타낼 수 있는 수치라는 것. 익스가 0.5 일 때 최대의 효과?

* DoppelHaploid 테크닉 in Roggen 은 완전 꿈같은 얘기라카네. SI, 유전자 크기 등의 원인으로 인해. 되면 이렇게 하이브리드 포풀레이션 할 때 압ㄷ적으로 한 알렐만 고정할 수 있으니까. 마이스는 DH 테크닉이 개발된듯. 

 - Decomposition계속 : 알파1' = p''a (이 경우, Geber의 F는 p´ 이므로 전적으로 발생확률은 상대의 확률, 즉 p´´ 또는 q´´ 에 달려있다)  + q´´d - u . Umformulierung 은 x 를 항상 집어넣고 시작하면 된다. ´, ´´ 이 슈트리히를 단순 p, 또는 q 로 전환하기 위해! x = p´ - p´´ / 2 또는 q´ - q´´ / 2 . 이거는 시험에 안중요합니다. 이 실험에서 주목할 점은, 한 알렐의 평균적 힘은 그 알렐의 Frequenz 외 다른 알렐 빈도에 의해 결정된다는 것!. 특히 p´ 의 경우라면 알파1' = q´(a-(p´´ - q´´)d) 이므로 q´의 영향이 크다.

 - 여기서, 델타는 Dominanz Abweichung인데 델타 11 은 p´p´ 의 도미넌츠 또는 헤테로시스 빠워를 나타낸다. = a-u-알파1´ - 알파1´´

 - 그래픽 : 그아아 어렵.

 - Decomposition of the genotypic value in inbreed PP : 인쭈흐트코에피찌엔트 관련. 파퓰레이션의 정의는 어떤 Bezuchspunkt에서, 특정 제너레이션에서 이 둘은 unverwandt 하다고 정의되는 시점. 

 - Inbreeding coefficient F : 정의는 같은 알렐구성이 넘겨질 가능성. 인데스 3 은 gemeinsame Vorfahren을 의미. n을 세는 것은 위의 엘턴에서 둘다 전달되는지 그어보면 알 수 있다. 엄청 복잡한 저 표는 일반적으로 tierische Züchtung 을 보통 의미한다. 이 설명의 중요한 전제는 알렐 전달될 Wahrscheinlichkeit 가 1/2 이라는 것! 이건 브리딩에서 셀렉션을 해야하는 Züchter 관점에서 달성될 수 없는 전제다. 

 - regular systems of inbreeding : 아따 복잡허다.

 - genotype frequencies expressed .. : 인브리딩의 가능성을 염두에 둔 Mittelwert 계산이다!

 - PP mean in an inbred PP : 

 - Epistasis : H 까지만 고려하면 F와의 관계는 리니얼. F² 는 도미넌스 도미넌스 관계가 존재할 때 (=에피슈타지) 관계가 리니얼하지 않을 것. 그래서 70년도에 마커 뭐 이런거 없이 단지 이걸로 에피슈타지의 유무를 판단하 ㄹ수 있는 이론을 끌어냄. 다만, 이런 과정은 말하자면 uralt. 유전자 잘 모를 70,80년대 만들어진거라 이런 원칙들이 지금도 유용하고 유효하다고 보긴 힘들다는 듯.

* 교수는 마이스 주로 다뤘기에 이 Inzuchtlinie 는 매우 낮설었다고 함. 그래서 이 과정을 이해하기 매우 어려웠다고. 이 과정을 DH 로 치환해서 생각해보니까 수업 준비하기 훨 나았다고.  

* 쭈흐트붸어트, 인쭈흐트리니에, 하디바인베어그, 벨류 등을 다음 시간까지 숙지할 것.

[한주 띵갔다]

 

 - Dominanzabweichung 과 Dominance deviation?

[그다음]

 - Varianz der HybridPP  : 식을 보면 상대 PP의 프리퀀쯔도 고려하고 있음을 알 수 있다. 16페이지임. 여기서 뮤 알파는 각 유전자형의 델타값 곱하기 frequency 한거를 다 더하는것. 결과는 0이다. 그래서 델타 i 를 고려할때 뮤는 다 날려줘도 된다는 결론인듯?

 - S.16 : 델타²알파 = 4 *(p´p´´q´q´´)*d²(q´q´´+p´´q´+p´q´´+p´p´´) 이걸 내는게 결론이었다. 원래 식은 여기서 u 뮤를 빼는건데 뮤는 결론적으로 0이었음

 - 알파는 브리딩벨류, 델타는 게노튜피쉐 벨류 (Dominance deviation)

 17. 앞선 공식의 목적은 뭘까? 이 디자인은 실제 필드에서 보면 GCA와 브리딩벨류가 비슷하게 나온다? 우측하단 델타의 도미넌쯔압바이훙을 보면, 각 F가 0.5 일때 best Power가 나온다는 이론적 배경을 얻을 수 있다고. 이 결론은 

 - 19. Hybrid Züchtung은 마이스에서 시작했다. 과거 그 시점에 목적은 서로 가장 훌륭한 P를 가진 PP를 만들어보는것이었다. 플린트는 콜럼부스, 켈터에 버틴다. 스팁스톡은 미국에서, 그래서 콘티낸탈 기후에 익숙해서 켈터 못버틴다. 그런 관점에서 오른쪽 컨셉이 유효할까? 를 테스트해봤다고 (컴퓨터 시뮬레이션). 오른쪽을 설명해보면 서로의 포퓰레이션은 서로를 궁극적으로 섞어서는 안된다. 여튼, 폴슈탠디히, 웨버도미난쯔에서는 그냥 이대로 가면된다. 하지만 파찌엘 도미넌쯔에서는?? 왼쪽과 오른쪽 경쟁 결과 오른쪽이 더 성공적이었? 

* 탑크로스 nursery : 에프, 엠 포퓰레이션을 최대화하려고

 - 20. 이게 뭐에대한 이유라는데...... 앞의 두 컨셉 중 어떤게 더 유리한지 경험적 관찰에서 온 생각과 이론적 배경의 설명을 2007 이 논문에서 다뤘는듯.

 

 - Coefficient of fraternity : Brüderlichkeit, 

 - Covariance :

 - 이 파트는 다시 복습안하면 답이 없다. 

 

[Resemblance between relatives Ähnlichkeit]

22. 각 라인은 엄마는 같고 아빠는 다 다른 Nachkommen 라인. 

23. 위의 프락시스를 기반으로 이론적 모델을 만들어본다. 일단은 환경적 요인은 전혀 고려되지 않았으며 유전적 요소만 리니어 모델로 고려됨. 근데 와 이해하기가 엄청엄청 힘들다. 

25. 이걸 통해 같은 조상, 부모가 비교하는 애들 간에 있는지 알아보기 위한것? 요는 유전자가 어디서 누군가로부터 왔는지를 보기 위한거인듯, Abstandkoeffizient

26. Vollgeschwester는 같은 부모아래서 나온것, Halbgeschwester는 부모 중 하나만 공유하는 것, 

27. coefficient of fraternity : 

31. 이 둘의 코바리안쯔 알파, 델타갖고 여차저차 

- 아래 genetic covariance : 알파알파, 알파델타, 델타델타는 에피슈타지를 고려한 경우를 말한다! 

* 친척간 엔리히카이트를 뭘 위해 알아야하는가? 우리가 관찰한 실험을 quantitativ genetisch 하게 해석하기 위해선 지금 우리가 보고있는 녀석이 밭에서 다른 애들과 어떤 관계인지를, 그 혈연관계를 알아야 해석이 가능하다?

37. 시험에 중요한건 이런 페이지의 Prinzip : 왜 이런 공식이 이따구로 생겼능가

39. Variance component : 여기 나와있는 릴레이션쉽을 기반으로 Erwartungswert 를 계산할 수 있다. 그럼 이걸 기반으로 필드에서 발견한 녀석들 간 관계를 예상해볼 수 있다.

40. 필드의 성과가 알파덕분인지 델타덕분이지 이 양쪽의 예시로부터 차이가 나올 수 있다. 하나는 할프집, 다른건 풀게쉬베스터. 와 엄청 어렵다 따라가기가 힘들다..

 - 오른쪽은 마이스의 경우 더 유리할테지, 에어바르퉁을 얻었다는게 제일 큰 성과인 것 같은데... 여튼 따라가기 힘듬

45. genetic variance in different selfing generations : 전형적인 리니엔 쮸히퉁. 오른쪽의 S0, S1은 리니엔쮸히퉁에서 자주 쓰이는 Nomenklatur이다. 

46. 이것도 오래된 쮸히퉁 프로그람 : 왜 F2 에서 F 는 0이지? 와 진짜 하드코어하다. 

 - 결론은 더 늦은 세대의 리니엔 쮸히퉁에서 selektieren할 수 록 더 높은 바리안쯔가 확보된다는 것. 

47. F2.3 의미는 F2의 3번째 람쉬 파쩰렌을 의미한다. 

49. 저게 내 F 5 7 이라고 하면, 5세대전에 같은 부모로부터 왔고 거기서 2번 셀프스퉁한 리니에 쮸히퉁 파쩰렌이란것. 

 - F3라면 3/2를 

51. 이 오른쪽 그림의 의미 : 왜 Selbstbefruchter에서 Hybridzüchtung에 어려운지에 대한 이유. 

52. 위에서 다뤘던거 하디바인베엌 안에서 예시 : ????? 첫번째 시나리오에는 분제가 없는데 시나리오 2에는 작은 펠러가 있다고. 알렐 F 가 0.5 가 아닌 경우, 오른쪽 RIL 의 F는 다시 0.5가 된다고?

 

[프락티쿰 첫날]

1. Field design 이 분야의 많은 용어들이 아직도 정확한 동의를 얻진 않았다고. 파쩰레, Widerholung 등. 그리고 박사의 의견으로는 한번 디자인하고 나면 결과가 나온 뒤 리스크가 크기에 데이터를 어떻게 가공하냐의, 약간 쿤스트의 영역에 있는 것 같기도 하다고. 즉, 뭐가 나오든 잘 가공해야한다는 듯. 

2. 많은 돈이 있거나 충분한 Samen이 있으면 replicated trials가 가능하지만, 아닌 경우가 많겠지요.

3. Field designs for plant breeding trials : 

 - unrelicated trials : Local control with chek plots (쭈라슝 받은 종 등으로 스텐다드), Moving grid (Gleitende Adjustierung)

 - Replicated : 

4. unreplicated 적용 arear : 씨앗이 아주 한정되어있고, 

5. Local control with check plots : 3개마다 한개의 스탠다드 (알고있는 Genotyp) 을 심는다. 그리고 3개의 스탠다드 아웃풋으로 조정한다. 최종적으론 이렇게 얻은 x´ 값 중 베스트인 녀석을 Selektion. 이 방법에 한해 keine perfekte Lösung!, 

 -

 - Standard 수에 따라 다름 : 한개면 병, 영양, 기후 등에 한큐에 실험의 토대가 흔들릴 수 있다. 유일한 스탠다드가 영향을 다 받아서. 더 많은 스탠다드를 이용하면 stability 늘어나겠지만 테스트할 케파 줄어들고 당연히 비쌈. 최소 2개 이상의 스탠다드를 쓰는걸 추천

 - possible adjustment 다양 : 네이버링 스탠다드도 가능, weighted 네이버링 등

 - 장점은 스탠다드와의 비주얼 comparison. 

 - Alternative는 

* 모든 쮸히퉁 플란은 Feldbedingung 에 절대적으로 좌우된다! 즉, 그래서 베스트 메토데는 없다고도 할 수 있다고.

* 파쩰렌이 einzelne 플란쩬보다 나은 점은 결과값이 환경 영향을 덜 받는다 추정할 수 있다는 것.

6. Moving grids : 네이버링 플롯의 평균으로 adjust. 스탠다드는 없다 이말이야. 

 - 유의점 : Randomization. Korrigierung을 할 때 같은 Familie 끼리 해버리면 안되겠지여. 근데 logistic 땜에 그냥 한큐에 쏟아버리는 경우도 있다고...

 - optimal grid size : 3-4 plots on each side + top und bottom plots (yield). 이것도 종마다, 목적마다 다르다구.

 - PBIB 랑 비교해볼만 하다고.

7. 정리 unreplicated : 이건 early stage of breeding program 임. 

8. replicated trials : Large number of entries (늦은 스테이지에 걸맞), 여러해와 여러 Location이 필요하다. 그리고 Genotype이 주요 펙터. 고려대상

9. Completely randomized design CRD : 

* Entrie : 종류, Replication : 반복, 

10. Randomized complete block desingn RCBD : CRD 와 가장 (또는 유일한 ) 차이는 한 블록안이 식물들은 동일한 Behandlung을 받는걸 전제되어야 한다는 것!

11. Augmented designs (Partially repli

[세번째 날 - 유승]

1. Decomposition of response가 필요한 이유 : 유전되는 것은 오직 지노타입. 에러는 유전되지 않기에 이것을 구분해야 브리딩 이펙트를 온전히 가져갈 수 있다

2. 2가지 estimation - post and pre estimation

3. Breeding의 목적 2가지

 - to reduce genotypic diversity

 - divided fraction (특정 환경에서만 유별난 유전형) 을 

4. 트리티칼레 쮸히퉁의 전략 : 130개 중 80개는 지노타입, 50개는 인브리드

 - selction differential : Mean of selected - mean (베스트 10프로만 셀렉션한다)

5. selection response and selction differential : mean value of nest generation from selected 는 mean 퍼포먼스는 최초 선별때보다 적다. 이 차이가 셀렉션 리스폰스

 - 디퍼련셜과 리스폰스의 ratio : operative heritability. 계산에서 평균은 그전 녀석의 전체고 g, 는그 다음세대

6. operative h² : 리그레션의 슬로프가 헤리타빌리티가 된다. 

 - 그리고 correation 은 h (헤리타빌리티에 루트)

 - 이를 통해 얻을 수 있는 브리딩 전략 2가지 : selection differential의 mean을 늘리거나 h² 를 늘리거나!

* 생각보다 설명이 쉽다? R 리스폰스 = h² 곱 S (디퍼런셜 = 셀렉티드 - 민)

7. post-test estimation : 

8. pre-test estimation : 이 시점에선 어떤 목표로 선별할 지, 그리고 시그마g, 시그마e 를 알고있다.

 - 이 측정의 목표 : 전후 차이가 예상한것과 얼마나 다를까? expected selection differential

 - 넥스트 제너레이션 : 새로운 PP 와 섞으면 새로운 g 겠지만 이 경우 backcrossing 하거나 selfing이면 차이는 크지 않다고 가정한다. 

 - 과정 : 1. unit 단위를 없애고 normal distribution assumption으로 가공 (뮤 = 0),

2. threshold 를 고민 (어떤 퍼센트로 다시 선별할 것이며 이 경우 어느정도 퍼포먼스일까)

* 예전엔 환경영향, 마스킹 이펙트를 제외했지만 이제는 제외하지 않고 그대로 같이 안고 간다!

9. 파퓰레이션 standardized는 전제가 infinite 한 경우. 하지만 그럴 일 없으니 다시 변형해준다. 이미 논문으로 이 차이는 출판되었다. 즉,

* 브리딩 컴패니에서는 selection intensities 표를 통해 infinite와 finite의 차이가 적은 경우를 취한다. 그래서 100 - 50 개의 PP 수를 보통 목표한다.  

10. Optimum allocation of resources : 

 - breeders equation : 알파는 작을수록 i(a) 는 커진다. 하지만 활용가능한 리소스가 적어진다. 시그마 피는 diversity 로 이해해야 한다. 이건 샘플 수가 많을 수록 늘어날 수 있다. 하지만 한편으론 에러가 늘어날 수도 있다

11. narrow heritability : 분자가 additive effect 만 고려한다. 

12. 다시, 브리더의 equation 상 R을 올리는 전략은 어떻게 이해햐야 할까?

 - h2 를 올린다! : masking effect를 줄인다 = 적은 수의 year, localation 을 피함

 - i(N,G) 를 올린다?

13. variance component로 보면, yield는 환경에 어마무시하게 영향을 받는다. 반면, height는 생각보다 적게 받는다.

* 브리딩 컴페니는 replication은 2, 3개를 넘어가는 상황을 거의 안쓴다! 그 이유는 operative h² 에 있다! h² = Vg / Vp 이며 이걸 늘리는 쪽으로 L,Q,R을 allocation해야한다. Replication은 근데 늘려봤자 오직 Error 의 분모만 늘려 줄이는 효과만 가져다 준다. 즉, L,Q 를 늘리는 편이 Vp 를 작게 만들어 h²를 늘릴 수 있다

* 그럼에도 replication을 하는 이유는 현실적으로 한번만 반복하면 비교할 대상이 없기에 튀는 값을 검증할, 가려낼 가능성이 없기때문.

* 목적 구분이 필요하다. 종자 허가용 그리고 maximizing of response to selection. 전자의 경우 마냥 많이 돌리면 된다. 이 때의 장점은 더 정확한 genotypic V 를 얻을거다. 이게 필요한 이유는 정부의 종자 evaluation은 굉장히 많은 종자를 테스트하기 때문.

* 제한된 자원으로 response를 늘리는 전략 : 단순히 breeder equation으로 유추가 힘들다. 이미 얻어진 Variances 와 resource allocation 을 통해 계산을 해봐야 알 수 있다. 단순히 h² 가 가장 높거나 S 가 가장 높다고 반드시 response가 맥시멈이 아닐 수도 있다. 동시에, 현실적 실험 설계를 위해 Replication 도 고려해야 한다.

14. factors determining response to selection : 중요! in der Prüfung

 - 시그마 g : trait, base PP 에 depend on

 - 시그마 p : depend on L, Q, R

 - i(N,G) : nonlinear increase!! 수가 많고 적게 셀렉션하면 좋겠지만 자원의 문제이며 무조건 많다고 좋은게 아니기에 논리니어 인크리즈!

 

* 여기서 놀라운 점 : 같은 자원 (L,R,C) 으로도 디자인과 분배를 다르게 한 것 만으로 response to selection 이 꽤 바뀐다. 아주 신기하다...

 

 - 1월 7일 수업 하나만 놓칠듯 (1월 21일까지 총 7개)

 - Zweikeimblättrige KulturPF : 

 - 시험 : 필기, 10개 + 3개 추가질문, 

 - 프락티쿰 : 실험한다, 온실 밀 관찰, 표현형관찰 Phänotypisierung - Weizenähren, Markeranalyse - 440개체 중 2개 마커 관찰, mRNA, in-situ Hybridisierung. 프로토콜은 간단히 쓸 듯.

 

[erste Vorlesung]

 - 교짱 : Dr.Thorsten Schnurbusch von IPK. 최근 교수됨. 감자, 랍스 등 Getreide

 - Praktikum : 10-14, 17-21, 24-28.02 셋 중 택 일 (12.11 까지). 프락티쿰 금욜 오전에 90min Klausur 있다. 최소 3명부터 가능하고 

2. Geschichte : 히포크라테스, 아리스토텔레스,

 - PFanatomie : Nehemia Grew, 식물세포 발견자 Entdecker

 - Marcello Malpighi : 식물해부학, 비교생리학

 - Zelltheorie : Matthias jacob Schleiden (세포이론), Theodor Schwann (Embryologie)

 - Genetik : Mendel, Willhem L.Johannsen (Genotyp, Phänotyp)

 5. Evolution der PF : Mono-, Dicots 로 일단 구분

 6. Unterschiede : 디코튤은 뿌리가 크게 뻗고 주변에 나아가는 형태, 모노는 상대적으로 unstrukturell

 - monocot : 잎이 그냥 파라렐. 씨는 

 - dicot : 스켈레톤이 있는 편. 씨앗은 카리옵져, 씨앗 차이는 나중에 다시 볼 것이다

7. Phylogenie der KulturPF : 

8. Modellorganismen : E-coli, Hefe, A.t, Laubmoos (Algen ähnliches), C.elegans (Fadenwurm)

 - höhere PF 조건 : Lebensperiode, kleines diploides Genom, bekannte Genom, zahlreicher Mutanten verfügbar, 

 - GefäßPF 조건 : kultivierbar..

9. Zweikeimblättrige KulturPF : 플로이드 짤을 볼 것

 - 감자 : komplett Heterozykote, 즉 Heterosis 극대화. 하지만 클론이기에 Heterozygotgrad 를 유지하며 기를 수 있다

 - Sojabohne : 문제는 이녀석 KurztagPF, 

 - Zuckerrübe : Kältereize 필요, Blüenbauen 은 in der Regel nie (?)

10. phylogenei wichtige : 쿨투어플렌쩬은 대부분 디코튤. 모노코튤 쿨투어는 상대적으로 moderner entwicklt (Gräser)

11. Phylogenie der Gräser : relativ neu. Gräser 가 인류에겐 최고다 이말이야

13. Gräser der Tropen : 하나하나 Genom bekannt

 - Mais : 상대적으로 다른애에 비해 큰 Genomgröße, 

 - Mutanten verfügbar : klassischer Mutanten (페노튜피쉬 뮤탄트, 알려진 것. 표현형이 알려진 뮤턴트) 또 다른 건 뮤턴트인데 틸링같은걸로 의도적으로 만들었는데 누가 어떤 유전자형을 등록하면 그게 새로운 뮤턴트. 즉, 사람들이 아직 안써먹으면 뮤턴트 없다는거나 마찬가지

14. gemäßigter Zonen : 

 - Brachpodium distachyon : 아라비돕시스 같은 애란다, 

 - Weizen : 

15. Speed Breeding : beschleunigen Wachstum, IPK에서도 해봤다고. 콘이 약간 얇고 쪼그라들었다고 schrümpftlich. 그럼에도 signifikante Bedeutung. 

16. phylogenetische Herkünfte des heutigen Weizens : Triticeae

17. das Konzept der Kolinearität : Polyploidisierung 과 연관된 테마? Codon 중 단지 Exon만 해당된다!

 - 앞의 Triticea 로 설명한다ㅏ.

 -  Verwandtschaftsgrad

 - Homöologe : 밀의 A, B, D 각각은 호뭬올로기 관계

 - Orthologe : 같은 Vorfahren

 - Paraloge : Genduplikation 의 결과 예를 들면. A - A´ 

https://terms.naver.com/entry.nhn?docId=125349&cid=43658&categoryId=43658

18. Genom-Kolinearität : 엑손을 의미한다구

19. Genom-Kolinearität zwischen Weizen und Reis : 붉은 부분은 높은 콜리네아리텟을 보여준다는 걸 알 수 있다

23. Das Pan-Genom : 의미는 일단 mehr als ein Genom

 - Summe aller Gene aller Individuen

 - Kern-Genom : 503 개 인쭈흐트리니에 옥수수 중 완전 겹치는 건 오직 20프로.

 - entbehrliche Gene : 이미 사리진 유전자도 포함하는 듯. 위 사례에서 80프로. 생각보다 너무 이게 많았다 이말이야

 - synthetische Biologie와 관련있는 분야. 어느정도의 유전자가 그 생물을 생물로서 유지하기 위한 최소한인가?

24. das Gen-Konzept : 

25. Mechanismen der Genduplikation : 온갖 가능성들 젱장

26. Entdeckung der jumping genes : 바바라 맥클린톡

27. jumping genes : 정크 진의 Variation이 엄청 많은 이유는 역시 식물은 뮤턴트 가능성을 많이 가져야 살아남을 수 있기 때문인듯

28. Mutationen lassen Gene evolvieren : Sequenz가 어떻게 변화하는가

29. Mechanismen der Genevolition : 이기적 유전자

 - 엄청많다...

 - F. Neofunktionalisierung : 

30. Fluß biologischer Information : 

31. Vom Gen zum Protein : 여기서부턴 상대적으로 기초

33. Regulation eukaryotischer Genexpression : Transkriptionsfaktor, 

34. Transkriptionsfaktoren : 아무 중요하다 이말이야 

 - unterschiedliche DNA-Bindungsdomänen : 크게 3개 있다고.

 - leucine 은 알파 아미노산의 한 종류

36. Erfindung der Landwirtschaft : menschlich말고도 Ameisen 이런거.

 - aktiv Kultivierung zur Begrasung, 

 - 아마, 밀, 쌀처럼 흔히 자연에 널린 애들을 기르기 위한게 아니었다고 생각. 오히려 자연에 wenig vorkommen 하는 종을 기르기 위해 인공적으로 시작했다고 생각. z.B) Linsen. 집 앞에서 좀 기르고 하면 훨씬 나은 Nährwert 가질 수 있을 거라고.즉, Getreide-PF 이 시작이 아니라 다른 종류의 식물이 아닐까 한다고.

39. Domestikation von KulturPF : lange komplizierte Prozess

41. Domestikation verläuft stufenweise : Domestizierung의 시작 (좀 멀쩡하고 먹기 쉬운 애들로 골라 길러진다) -> 새로운 다양한 종자 -> kultivierter Formen 다양한 환경, 지역에 적합한 애들 -> 방향성을 가진 PF-Züchtung

42. Domestikationsmerkmale von KulturPF : 

43. fühe Domestikationsmerkmale : 콘 크기, 형태, Spindelbrüchigkeit - 이게 아마 가장 중요한 요소일 듯. 우리는 더 강하게 붙어있는게ㅔ 필요하다. Wildgerste는 너무 쉽게 leicht fällt

 - Samen und Frucht 차이 : Endosperm und Ka? 같이 있으면 Frucht라네??

44. erste Gene für Spindelbrüchigkeit in Geste : Udda Lundqvist 이 분이 40-60년대 수많은 보리 뮤턴트 만드셨고 아직도 쓰인다고. 일명 보리 레전드. 

 - btr 무타찌온 하나만 있어도 Spindelbrüchtigkeit 가 약해진다 -> 더 강하게 붙어있는다

47. erste Gene für Spindelbrüchigkeit (brittle rachis) : btr1 oder btr2 Mutation 은 대략 만년전 발생한 것 같다고. 

48. parallele Domestikation / Selektion bei Korn- / Samenabwurf : Sorghum, Mais, Reis에서의 낟알이 떨어지는 메커니즘. Spindelbrüchigkeit는 상대적으로 특이한 경우다

49.  Grundsätzlicher Aufbau eines Ährchens bei Gräsern : 

50. Domestikation von Mais : TGA1 von Lysin(K) zu Asparagin (N) 이게 핵심적 역할

51. Domestikation von freidreschender Gerste : hulled and - Naked Caryosis 껍질이 훌렁훌렁

52. Dinkel은 좀 다른 케이스

53. Bespelzter Dinkel : einzige Ausnahme

 - q Gen : Q 만 있어도 dominante. 

54. Dinkel- eine Kreuzung aus Brotweizen und Emmer

55. Auswuchfestigkeit (Dormanz) bei Getreide : 이것도 아주 중요하다 이말이야

 - Auswuchs 라 하면 Samenruhe 가 깨지는 것을 말한다. 날씨 등의 요인으로 Keimung이 가능한 형태가 되는 것.

 - Samenruhe 를 말한다. eine WildPFmerkmal

 - https://terms.naver.com/entry.nhn?docId=5646750&cid=62861&categoryId=62861

56. erste Allele für Auswuchfestigkeit (Dormanz) - Dormanz zu vermeiden

 - Qsd1 kodiert für eine Alanin-Aminotransferase - 2016 일본에서 연구

57. Weizen-Allele des Qsd1-Gens - 역시 위와 같은 일본 연구팀

58. andere Gene für Dormanz 

59. 마지막 : 어떤 애들이 중요했나요 뭐 이런거.

 

* Primordium development in plantsPlants produce both leaf and flower primordia cells at the shoot apical meristem (SAM). Primordium development in plants is critical to the proper positioning and development of plant organs and cells.

 - infloreszenz

 - 

 

[zweite]

 - Domestikationsmerkmal 을 다룬 이유 : 아마 이 사례들이 Entwicklungsgenetik의 목적에 제일 부합하는 모범사례

 - 복습 : btr1,btr2, sh1, tga1, nud, Q, tg 각 어떤 Merkmale 에 해당하는 Gene인가 - Spindelbrüchigkeit등

 - 복습 : 우리와 KulturPF 의 관계는 상호의존적이다. 우리는 당연한거고 식물은 이미 Merkmal 이 Kultur에 고정된 경우 Spindelbruch를 위해 인간의 도움이 필요하다. 즉, 인간이 없음 이녀석들 Fortpflanzung 안될걸

 

1. Zweizeiligkeit bei Gerste : Zeiligkeit 의 으미는 Anzahl der Körnerreihen pro Ähre

 - 보리는 양쪽이 동일하게 나는 것 같아도 사실은 번갈아 나는 형태. 

 - Zweizeiligkeit : pro Spindelstufe 3개의 Blütchen이 달려있으나 중간것만 fertil하고 둘은 steril. 이건 전형적은 Braugerste. niedrig Protein 이지만 인간 영양을 위해. 그리고 아무래도 하나만 있는 편이 동일한 퀄리티로 가공하기 쉽다.

 - Sechzeiligkeit : vrs1 뮤턴트를 이용해 저 Steril 꽃 2개도 fertil하게 만듦 -> 3다 알이 생긴다. 이건 프로틴이 많아서 Schweinfutter로 쓰인다. 

 - Vrs1 als mRNA: Primordien 은 식물의 기관(Blatt, Blüte, Wurzel) 이 형성되는 조직을 말함. 이 녀석을 중심으로 Embryo-Ähren을 보면 Lateralblütchen (옆에 붙은 작은 꽃) 의 Fertilität 과 연관. 

 - 디테일 : Lateralblütchen 이 verzögert -> 꽃 내에 Fruchtknoten 이 형성되지 못함 / Anthere는 3다 형성되어있다 비록 발달이 늦었더라도!

2. Evolution von Vrs1 : Hox2, Hox1

 - Hox2, Vrs1 단백질의 구조는 아주 비슷하지만 Expression 위치는 꽤 다르다. 

 - Proteininteraktion : Zip 은 프로틴과 프로틴을 붙여주는 아인가보다. 각각의 프로틴은 TF에 붙어서 억제? 아래 B 설이 더 현실적이라는데 둘이 같은 Tf 를 두고 경쟁한다는 것. 기본적으로 둘은 매우 비슷하므로.

3. Vrs1.t (Deficiens) Allel : Vrs1 에서 몇몇 Allel이 바뀌면 이렇게 양쪽 Blütchen형성은 압도적으로 억제 (전자현미경에서 확인가능) 되고 Zentral Korn의 Protein이 더 커진다. umgenutzt werden이라고 말하네

 - 두개 이름이 다른 애는 아마 앞이나 뒤에 AS다른 부분이 있을거라고. 

 - UK, Schortland 에서 Def2 는 zugelassen 되어서 굉장히 성공적이었다고

 - 이 Kreis의 크기는 클수록 오른쪽 위의 종들과 Haplotype 의 공통점이 크다고. 중간의 15.2는 엔세스트랄. 거기서 Vrs1.b3 SNP 가 이제 처음 쓰임새있게 뻗어져나왔다고. 또 여기서 봐야할 것은 엔쎄스터로부터 unabhängig한 상태로 Sechszeilige 가 생겨났다는 것이다. 그런 진화적 배경은 우린 오직 spekulierbar = nicht beweisbar. 한 설은 야생종으로 부터 6줄 생겨났는데 이게 더 무거워서 땅에 더 가까이 많이 낟알을 떨어뜨렸다고

https://terms.naver.com/entry.nhn?docId=5141387&cid=60266&categoryId=60266

4. GNI-A1 Lokus : 2019년 punbliziert. Weizen VRS1 ㅇㅣ다. VRS1 의 Ontologe grain number increase 1

 - hohe Blütschenfertilität bei Weizen : Durum에 있어서 이 뮤턴트 (T 로 나타나있는 SNP) 가 셀렉되어 유독 두룸이 낟알 수가 많다고. 

 - GNI1 -RNAi 를 통해 Hexaploid 의 A, B, D Genom 모두의 GNI1 을 억제. Rachilla 가 길어지면서 다른 낟알도 달릴 수 있었다 이말이야

 - GNI1 Allel in 210 hexaploid : 이 Allel이 Züchtung에 알려지고 적용된 이후 추이. 필드에서 10-30프로 Ertrag 향상을 가져왔다!! 즉, Kornzahl pro Ähre 는 sehr wichtige Ertragskomponente. 근데, TKG 에 있어서는 차이가 없다! (에어트락에는 당연히 유리하다 이말이야)

 - 메커니즘 : VRS1 과 같이 negative Regulator für Lateralentwicklung. localisiert in apikalen Blütchen + Rachilla. Ähre끝 부분에서 주로 작동해서 꽃 absterben 하는 대신 주변의 아래 Korn은 발달시키게. 

5. Blattphänotypen Vrs1 : 잎에 있어서 Vrs1 유무에 따라 차이가 난다구!

 - Vrs1 뮤턴트 (6zeilige) 는 잎도 더 넓다. Blattader (vein, 잎맥?) 도 훨씬 능ㄹ어났음을 볼 수 있다

 - 결론 : Vrs1 은 Ähre 뿐만 아니라 식물의 Blattmeristem 에도 negative Regulator 로써 작용함을 알 수 있다.

6. Übergangsformen zwischen zwei- und sechszeiliger Gerste : 확정적인 뮤턴트 외 quantitative Genetik과 연관있을 법한 여러 Variation이 natürlich vorhanden

 - int-c Allele : wichtig für Fertilität und Ertrag

 - int-c.b Allel 은 Fertilität 줄인다, c.a 는 Fertilität 올리고.

7. Lebensphasen : 2가지 - vegetativ (Spross Apikal Meristem) + reproduktiv 

 - A.t : 2개의 reproduktive Meristem 갖는다. 메리스템은 크게 1) apikale Primärmeristeme (SAM, WAM), 2) nichtapikale Sekundärmeristeme (Cambium, ...)

 - Meristem : Stammzell이란 말이지. 여기 나온 식물 구조 볼만함. Primordien 은 앞으로 특정 기관으로 형성될 meristem 위의 특정 bereich 를 의미.

8. 어떻게 IM (infloreszenz-Meristems) 가 Blütenbildung으로 전환될까? 

 - 크게 2가지 Faktoren / Signale 로 나뉜다.

 1) Exogenen : Tageslänge (Photoperiod), andauernder Kältereiz, T, Licht

 2) Endogenen : GA, Zuckerstoffe, autonome Blütinduktion

* Tageslänge  설명할때 왜 유럽선 쌀이나 콩이 까다로운지 다시 언급함 (2번 언급됨). 기본적으론 Langtags 녀석은 여기선 힘드니까 neutral 한 sorten이 필요하다 인듯. 근데 밀도 장일인데?

 - Flowering Locus T (FT) : Ausgangspunkt.

* 예전에 다뤘던 것과 같은 Photoperiode Mechanisemen 인데 너무 각각의 단계마다 실험적 증거를 보여주느라 한번에 내용을 인식하기 어렵다. nicht gut organisiert. 좀 더 개괄적인 내용을 먼저 소개할 필요가 있는듯. 다만 최신 논문 (3년 내) 자료를 사용한다는 것과 Domestikationsmerkmal 과 같은 성공적인 Muster를 중심으로 발달에 주요한 Gene 를 다룬다는 건 수긍하게 되는 구조. 

 - miRNA 172 : FT 조지는데 주요한 역할

 - Meristemsonen mit Genexpressionen im teilungsaktiven IM : 

9. Umweltbedingte Faktoren der Blühregulation in Getreide : VRN, 

 - Apex (끄트머리) 에서 SAM -> IM 전환을 확인할 수 있다

10. Regulation der Blühinduktion in Getreide (gem. Breiten) Vernalisationsgen - VRN1 이 양반들이 처음 분리.

 - Eam 종류의 역할 : Blühinduktion unabhängig von Ppd (Photoperiod). 즉, 이녀석들로 인해 낮과 밤에 일정하게 Ppd 영향을 주기적으로 준다. 하지만 뮤턴트로 꺼지면 매번 일정하게 준다.

 - Blühzeitregulation in Gerste über Tageslänge : ppd 뮤턴트(ppd-H1 insensitive Allel) 는 보다시피 꽃피는 타이밍이 달라진다. 우야등등 이런 변화를 적용하려면 어데서 키울지가 중요하다. 왜냐면, 아무리 해가 길고 따끈한 곳이라도 너무 빨리 RM 으로 전환되면 Biomasse 가 적은 상태에서 만들어야되기 때문.  

 - 이런 연유로, 모든 Sommergerste in mittel Europa 는 ppd-H1 Allel 을 갖고있다.

 - 아래 표에서 왼쪽 푸른색과 오른쪽 연두색의 Gene를 적절히 조합해야 각 지역에 맞는 식물을 골라서 기를 수 있다. 그 예시로 이 Anpassung이 없이는 스칸디나비아에서 보리 키우는건 무리였을 것이다.

 - Hexaploide Weizen은 Ppd-D1, B1, A1 각각 페어마다 하나씩 Ppd gene 갖고있다. 

 - Norman Borlaug 의 Dwarf wheat 는 단순히 키만 작은게 아니라 neutral Photoperiode 도 갖고 있었다.

 

 - 다음 수업 : 어떤 Meristem 의 gene 이 Entwicklung에 주요한 역할을 하는지, 식물 발달에 관해 얘기할 거임. 

 

 - 

[그다음 수업]

1. Was ist Entwicklung : KulturPF 은 좀 복잡한 관계로 모델 플란쩬으로 한번 훓어보고자 한다.

 - Tabak, At

 - 중요한 Phasen : Gametophytenentwicklung, Embryogenese (둘다 nicht sichtbar), Keimung, Blütenbildung

 - Entwicklung 은 기본적으로 Morphogenese 형태 변화

 1) Differenzierung(특정 기관 분화), 2) Morphogenese(형태 이룸), 3) Wachstum (양적 증가)

 - Entwicklung의 Grundlage 는 Zellwachstum (1. Zellvermehrung oder Teilung, 2. Zellvergrößerung - 이건 Regulation의 관점에서 식물의 세포벽과 연관해 wichtige Aspekt)

2. Entwicklung - Differenzierung : das Verschiedenenwerden

 - Ursachen : 1. chemisch, elektirisch, mechanisch (호르몬 등), 2. Gene und Genexpression, 3. zur Musterbildung - 그 스스로도 구조적 원인이라 치는 듯 (engl. patterning), 4. über Zell-Zell Kontakte (Erkennung der Bakterien), 5. Positionsinformation und - interpretation (시그널이 잎에서 뿌리로 가고 이런거)

 - Definition - Morphogen : Signalmoleküle (Hormon, Protein)을 의미. 기본 원칙은, 농도차에 의해 모든 분화가능성을 가진 세포 내 Schwelle 도달에 따라 다른 구조로 변화

* on, off 수준의 Schwelle 를 가진 메커니즘은 없을까? 

 - 세포분화는 Resultat differenzieller Genexpression 

 - 모든 Zelldifferenzierung bzw. Determination 은 PFzellen에선 reversibel (Totipotenz) : 그걸 이용한게 in-vitro kultur.  이 의의는 벌써 분화한 세포도 Zygote로 돌릴 수 있다는 것 (진짜??)

* 잘은 모르는데 이걸 이용하면 화공처럼 우수한 품종을 대량으로 클론처럼 만들 수 있다는 거 아님? 꼭 감자아니라도?

 - Zellteilung 구분 : Perikline, Antikline (위아래, 좌우)

 - 동물과 식물 차이 : 식물은 postorganese 즉, 다 크고도 추가적 기관형성이 가능. 사람은 안대여 간을 하나 더 만들 순 없다. (자연적으론, 그리고 아직은)

 -  Sproß- und Wurzelapikalmeristem : SAM. WAM. 뿌리, Sproß 경계 구분은 Auxin 농도 구배에 따라 결정된다 (구분이 시작된다). 

3. SAM : 여기서 뭐가 일어날까? SCN을 중심으로 분화되면서 양측으로 분화된 세포양이 늘어난다. 그러면 중앙의 SCN은 위로 솟아오를 것. WUS, CLV3, HEC1 은 이 과정을 보여주는 대표적 예시 (각자 프로틴). 그리고 Wus-CLV3 는 영향을 주고 네거티브하게 다시 피드백이 간다. 그당므 그림의 HD-ZIP 는 TF. 하나 중요한 건 Sproß에서는 Auxin이 Zelldifferenzierung induziert, 

 - SAM Hormon 메커니즘 : 옥신과 씨토키닌 의 역할 및 분포를 잘 보자꾸. 

 - CLV-WUS 메커니즘은 아라비돕시스에서 잘 연구되었고 모델이 있는데, 이게 Reis, Mais 에서는 전혀 다르다. KulturPF에서 호몰로그를 관찰해봤는데 달랐다고. 하지만 염두에 둬야될 게 식물이 Apikale Dominanz를 이뤄가는 방법이 아라비돕시스 형태만 있는게 아니란 것을 신경쓰자

 - Mais 에서 보는 SAM 책임자 유전자 : FEA3 뮤턴트는 보다시피 위로 가기보다 옆으로 퍼진다. B73, W22는 inzuchtlinie고 그걸 하이브리드 해서 Heterosis 이끌어낸 fea3 는 훨 많은 körner

 - Fasciation (Fasziation) : 기관이 breite 하게 커지는 Mutant. Ursache - kormonelle Umsteuerung meristematischer Zellen, Mutationen, Befall oder Umwelteinflüsse (Wuchsregulatoren) 질문 Gallen 도 그럼 이거?

 - Cell Fate Map : 싱기방기

 - Cell fate map in At : positionsabhängig SAM 세포의 운명은 시작 시점에서 어느 위치에 있냐에 결정된다. 여기 나타난 숫자 그대로 분화된다. 그렇기 때문에 위치 결정적이라 말하 룻 있다. 

 - fate map über Zelllinien und Chimäre : 여기 나타난 점 뮤턴트는 그 뮤턴트가 후에 딸세포로 전달되고 하면서 궁극적으로 이렇게 그 영역은 전부 뮤턴트의 영향이 발생한다. 아마 이런 발견은 자연적으로 봤던 걸 방사능 노출 같은걸로 실험해서 밝혀낸 다음 아하! 했을 거라는 듯. 

 - Stammzellenerhaltung, Zellteilung, Differenzierung und Organanlage : 

 

 - Homeobox 유전자 : 

 - Eudicot und zweikeimblättrige 의 차이

 - C3, C4 식물 차이 및 기후변화에 관해 장단

 

4. Organanlage, Boundaryformation und Phyllotaxis (잎차례, 잎이 달리는 순서) 

 - Organbegrenzungsbereich : 바운더리. 이 바운더리의 존재로 인해 (Grundvoraussetzung) 식물은 nicht zur Verwechselung kommen , 성장할 기관의 위치를 자리잡게 된다. 그림에 보이듯, 플라스모디움이 이 그렌쩨 사이에 발생하여 추후 잎 이란 기관으로 분화, 생장

 - Homeobox TF Mais KNPTTED-1 : spezifiziert Sprossmeristeme 이거 2000년 초반 발견. 제일 왼쪽은 mRNA expression 위치, 오른쪽 그림은 프로틴. 

 - mRNA in situ Hybridisierungssignal : 바운더리 유전자 AtLAS (lateral Suppresor) 관찰. 

* 흥미롭다! 이 구분을 통해 뭐가 생겨날지 결정되는 것 처럼 보임.

 - Formation eines Grenzbereichs : 바운더리의 중요성이다 이말이야. 바운더리는 굉장히 langsame Wachstum 으로 gekennzeichnet. 이 구간의 Merkmal이라 할 수 있다

 - Hormon- und Genregulation von 바운더리 formation : CUC외 다른 유전자, 호르몬의 농도구배가 ab 한다는 걸 알 수 있다.

 - wichtige Gene für Boundary : 여기 이것저것

 - Phyllotaxis : Grundanordnungen der Blätter oder Blütenstände am Spross : 

* goldene Schnitt 황금비 : P0, P1 플라스모디움 간의 Winkel 은 항상 137.5도 (베르누이) 를 이룬다! 단순히 아라비돕시스 뿐만 아니라 자연꼐 온갖 것에서 다 발견. 원인은 아직 모른다?

5. Blattentwicklung : 우린 과학자니까 구체적으로 잎을 알아야 된다고...

 - 옥신이 Entwicklung에 관여 안하는 곳을 찾기가 힘들다고.

 - Etablierung der Blattspreitenpolarität : 잎 oberseite / unterseite 의 구분을 자아내는 것. 잎이 제대로 성장하기 전, 아주 이른 스테이지에서 부터 Adaxial, Abaxial 로 위 아래 의 구분이 생긴다. 그 다음엔 여기 보이듯 온갖 요소가 위 아래 다르게 영향을 미친다

 - Erhalt der Blattspreitenpolarität durch Erkennung eines Schwellenwertes für mobile miRNA Gradienten : 2017 논문에서 WT 과 달리 tasiARF 를 Umsteuerung 하니까 잎의 ober, unterseite 구분인 Polarität이 깨졌음을 발견. 

 - Vaskularisierung (Gefäßbildung) : 잎 내의 베스큘러 시스템을 갖추는 데 Auxin 이 주요 역할. organ은 스스로 Gefäßsystem 을 bilden 해야하지만 동시에 Stamm과 연결될 Hauptgefäß와도 연결이 되어야 한다. 옥신이 이런 과정에 주요 관여한다.  

 - Prokambium : 향후 Phloem, Xylem 으로 발달할 원초 베스큘러 슈탐쩰. 

 - Adulte Blattformen 쌍떡, 외떡잎식물 비교 : c Mais는 다른 쌍떡잎과 달리 au 구조 가진다. 

 - Grasblätter : 대로 보이는 Blattscheide, 와 멀쩡한 잎으로 보이는 Blattspreite 둘 다 합쳐서 Blattorgan. Blattscheide를 보면 안쪽이 jung, 바깥이 올드한 잎대. 그리고 노란부분은 세포가 많아지는거고 초록색 부분은 세포 크기가 늘어나는 것

 - zweikeimblättrige 에서 다양한 잎 분화 모델 : CUC2는 바운더리 유전자이고 이게 분화되는 곳 = Zellverteilung 아주 낮다. 이런 바운더리 포메이션의 특정적 -> 다양한 잎 형태

 - Anastomose : Querverbindungen zwischen Blattadern (leaf vein, 잎맥)

 - Spaltöffnungen (Stomata) : Gasaustausch (CO2, O2) 가 일어나는 곳, Stomata 닫힘은 K+ 이온이 증가해서 물이 들어오면서 이뤄진다. 

 - 스토마타 형성 : 시작은 protodermal cell. Meristemoid 단계에서 symetric 한 구분이 이뤄지는데 이게 핵심 보인트. 꽤 잘 밝혀진 klarer linialer Weg

 - Stomata bei Gräsern : 앞의 많은 예시들과 달리 4개의 Schließzellen로 이뤄진다. 관여하는 TF 는 아라비돕시스와 유사. 

 - Photosynthetischaktives Organ : C3, C4 차이 깔끔하게 정리한 그림. C4 는 C3 로부터 발생했다! C4는 hell trocken에 많이 발견되고, C3 는 schattig feucht 한 열대 에서 많이 발견. C4 는 hohe CO2 Aufnahme 를 위해 hohe T 필요하다. 

 - Entwicklung der C4-Kranzanatomie bei Mais : C4 에서 발견되는  구조.

 - C4 Rice : 빌 앤 멜린다 게이츠 재단서 후원 하에 진행중. 독일은 뒤셀도르프에서 3, 4개 그룹이 참여중이라는 듯.

 * 책 추천 :plant transcription factors - gonzalez 2016, 박사하려면 아마 필요할 거라네. 

 

 

 - Achselmeristem : 

 - Premodium 은 잎의 전구체인듯

 - Überexpression : 정확히 다른 expression과 구분

 - Halmen : 

[Phytomer- Konzept]

1. Sproßaufbau über Phytomere : Phytomer는 Grundmodul für Sproßentwicklung. Intermodium, Knoten, Blatt, Achselmeristem 으로 이루어진 성장 파트를 말한다. 

 - Infloreszenzmeristem : 초록 링은 Blattmeristem, 노란색은 Achselmeristem이다. 이 아으젤메리스템이 후에 Ähre로 성장할 가능성을 가지고 이 단계에서 Blattmeristem은 이 단계에서 성장이 unterdrückt.

 - in Gräser : 중앙하단의 단위가 기본적은 Phytomer. 아래는 Bud (Knospe) 와 뿌리 성장 가능성이 있고, 위로는 잎. 오른쪽 그림을 보면 Knoten (node) 를 기분으로 퓨토머 1, 2 의 구분이가능핟. 즉, 한 크노튼은 2개의 퓨토머 단위가 합쳐서 이뤄진다. 왼쪽 상단을 보면, vegetative / reproduktiv 타입의 퓨토머 차이가 그려져있다ㅏ. Collar 는 Ähre가 달릴 수 있는 basis 라고 생각하면 됨 콜라는 써프레쓰드 플랏플랏츠. 한 Ährchenmeristem 이 한 Ähre 위치에 존재. 한개씩.  

 - in Gräser : Phytomer 컨셉에 따라 각 기관이 퓨토머로 부터 어떻게 entstanden하는지 그려져있다. Lemma 는 잎이 달리는 기본 위치. 오른쪽 Weizen을 보면 왼쪽 보리와 다르게 여러 꽃이 한 Spindelstufe에서 발생 

 - im Gräser : Seminalwurzel - 뿌리가 자란다 , Nodalwurzel - 여기선 Knoten 이 자란다. 핵심 그레저에서 뻗어나온 Bestockungstrieb은 Achselmeristem에서 유래된 것. 

* Samen 안에서 사실 이미 4-5 Blätter의 가능성을 가진 Plasmodium이 있다. 그 말은 이미 거기서부터 Phytomer의 존재를 생각할 수 있다는 것. 그리고 여기서 Seminalwurzel이 생기겠지. 하지만 그 위에서 생기는 Phytomer는 전부 Nodalwurzel 을 생성. 

2. Hormonelle Steuerung während der Sprossentwicklung : Auxin (IAA), Cytokinine (CK). Strigolaktone (SL). 옥신은 Pin Protein (옥신 트랜스포터) 를 통해 Phloem으로 이동, CK und SL은 Xylem 으로 이동. 옥신은 Apikal-Meristem에서 생성되고 CK, SL츤 Wurzel에서 생성된다. 

 - SL : Antiverzweigungshormon

 - Regulation der Großentwicklung : MAX1,3,4 는 SL Biosynthesegene 이고 MAX2 는 시그널 - Root가 WT라도 shoot 가 max2 뮤턴트면 안됨!. 실험의 오른쪽 끝을 보면 뿌리는 WT, Sproß는 mutant인걸 붙여서 길러보니 WT처럼 멀쩡하게 자랐다고!!

 - Apikale Dominanz ist durch lokale Zuckergehalte im AxM reguliert : 당이 많이 쌓인것 자체가 Apikale Dominanz brechen 을 위한 시그널이다. 

 - Lateral surpressor in At und ;onoculm 1 in Reis : 서로 orthologe

 - 옥수수의 Domestikationsmerkmal 중 하나 : Reduktion der Seitentriebe - tb1 Gene (TF aus der TCP-Familie). 그다음 페이지 TE - 62kb어쩌고 보면 cis-regulatorische Region. 어떻게 오른쪽 그림에서 이 구간을 찾았지?

 - tin1 을 보면 Standfestigkeit와 연관있다고 : UTR 과 관련된 녀석이다. 결론적이로 이게 다른 Gene의 Expression에 영향을 준다. UTR은 자주나오네. 

 - Auxin - CK - TB1 - GT1 의 메커니즘이 최근의 모델. CK는 Wurzel에서 생성된 다음 TB1에 작용하지만 그다음에 이게 뭐 분해될지 어떨지는 모른다고. 이 작용도 아마 indirekt일거라고. 

3. Internodverlängerung - und verkürzung 

 - Schossen : Verlängerung der Halminternodien. 마지막 Internodium은 Ähre전의 노드이며 peduncle 라 불린다. 각 Phytomer의 윗부분이 늘어나는 Meristem - 파란색으로 표시됨

 - Internodienentwicklung 의 Musterbildung은 아직 정확히 아주 정확히 밝혀지진 않았다! 관련 질문은wie , wann bilden sich die Zonen, 어떤 유전자가 Zonenidentität, 어떻게 Wachstumgsphase 에서 reguliert? 그리고 모든 Internodien이 gleich한가!

 - Norman Borlaug : 작은 일본산 밀과 큼직 노말 밀을 제대로 섞기위해, 거진 15년간 Züchtung을 진행했다. 거진 30 Zyklen 을 반복한 것.

 - Halmlänge beim Weizen : REDUCED HEIGHT (RHT1)-Gen. 이 유전자는 GA과 연관있으며 DELLA-Proteine 가 GA 의 Repressoren로 작동. 델라 Mutant는 dominant 한데, 

 - SEMI-DWARF1 (SD1) beim Reis : 아까거랑 하는 짓거리가 좀 비슷허네.

 - BRASSINOSTEROID-INSENSITIVE1 (BRI1) der Gerste : 밀, 또는 쌀의 orthologie von RHT1, Della 를 뮤턴트해도 똑같이 positiv결과 안나왔다. 

4. Blütenentwicklung

- At hat zwei reproduktive Meristem :  IM und BM. 여기 그림 At 꽃 구조 설명으로 아주 (독어, 영어) 좋다!

 - FM-Initiation über Auxin in Spiralanordnung : 예전에 말했던 Goldene Schritt. 이 그림 본 적있다.

 - Blütenentwicklung bei Arabidopsis unterscheidet zwei Hauptphasen : floral primordium 이 생기고 그다음 floral organ이 발생하고. 

 - At 의 구간 별 FM, IM  구분 및 deren codierte Genen : 아라비돕시스 답게 무지하게 많이 연구됨. 

 - Fruchtknoten은 가장 최후에 differenziert되는  Stammzell 구간. 

 - ABC Modell : homöotische Gene (Homöosis : Transformation der Organidentität) - Expression am in verschiedenen Kombination führt zu Veränderungen in der normalen Entwicklung.

Umwandlung einer Körperstruktur in eine andere (homonome) Struktur, die sonst im Tier weiter anterior (anteriore Transformation, ö vgl. Abb. ) oder weiter posterior liegt (posteriore Transformation)

출처 : https://www.spektrum.de/lexikon/biologie/homoeose/32461

 - ABC Gene는 사실 E Gene 인 Sepalate Gene의 도움이 필요하다!! 나중에 알려진 듯. 

 - ABCDE Modell : D Klasse gene 는 nur für Ovulenentwicklung

5. Makroentwicklungsstadien bei Getreide - BBCH (Zadoks?) 

 - Makrostadien 은 BBCH (Zadoks) Skala 로 식물다나 나누어진 구분 기준이 있다. 말그대로 마크로 슈타디엔. 

 - 그림으로 나타낸 예시가 한무더기. 이런 형태를 보이면 얼추 그 슈타디엔에 있다고 생각할 수 있는거임. 

6.  Blütenstandarchitektur : KulturPF마다 가지각색  꽃대 형태가 있다. 옥수수, 벼, sorghum, 등등

 - Evolution의 과정에 따라 Ur-Form이 Ähre (잎대에 딱 붙어서 Spike달리는것), Rispe (약간 체리처럼?) 이런 형태로 분화됐다고 생각. 

 - Konzept der wechselnden Meristemidentitäten : 이거 언제 한번 나올 줄 알았다. At는 꽤 단순한 형태, 다른 Hauptgetreide는 아따 난리도 아님. 

 

[그다음시간]

4. Konzept der wechselnden Meristemidentitäten : Gräser는 At에 비해 Meristem이 좀 더 복잡다.

 - VM : vertical shoot meristem, IM : Inflorence (reproductive), FM : Floral

 - BM : Branch Meristem, Verzweigung하는거

 - SM : 이건 Gräser에만 있는 특수한 경우

 - Weizen : Sonderheit가 있는데 FM 가 한 Ähre안에 여러개 생기는것. 이게 다른 애들에 비해 높은 Ertrag의 비결

5. Blütenstand

6. Weizenerträge & Kornzahl in DT : 밀은 높은 dicht 를 갖고 길러지는데 이런 환경에서 더 높은 Ertrag을 위해 더 꽃을 많이 피우는건 결코 쉽지않다. 

 - TKG 와 Kornzahl은 보다시피 negative Assoziation! : 각자와 Ertrag의 관계를 보면 TKG는 Ertrag에 Kornzahl에 비해 큰 영향을 주지 않는다. 과거 100년 전의 밀과 지금의 밀 TKG를 비교하면 큰 차이가 없다! 그래서 Züchter는 중간정도 크기의 콘을 유지하면서 더 많은 콘짤을 추구하게 된다. 아주 중요한 포인트

7. drei reproduktive Meristem : IM, SM, FM

 - 각각의 Ähre는 서로 다른 Entwicklungsstadien에 놓여있다. 

8. Lebenszyklus : 

 - collar initiation 에서 Terminal spikelet 에 도달하면 여기서 Anzahl der Ährechen이 결정된다. 

9. Weizen . Infloreszenenentwicklung : 터미널 스파이클렛에 도달하면 더이상 스파이크 Meristem생성이 안된다

10. vegetativer Apex : 잎이 생기는 부위가 오른쪽 그림서 보인다.

12. double ridge (DR) : IM은 항상 apical 에 위치한다. 

 - Blütenbildung은 사실상 modifizierte Blätterbildung 과 다름없다.

14. Lemma primordium (LP) : 

15. Terminal spikelet (TS) : 꽤 중요해보이는구마

 - 그다음 검은 사진에서 숫자를 볼 수 있다. 제일 위가 융하고 아래가 오래되서 Entwicklungsgradient라고 칭할 수 있다. 

 - 매번 스타디엔을 설명하는 그림은 앞에서 보이듯 중간 부분만 보여준다. 그 이유는, 그 중간부분이 실제 성장하는 메인파트이기 때문이다. 

17. späte Reproduktive Phase 

 - GA 에서도 앞의 다른 Entwicklungsstadien처럼 내부에 성장ㅇ의 Gradient가 있다.

 - Tipping (TP) : 이 단계에서 스파이크의 끄트머리가 구체화된다. 또렷. 그래서 티핑. 

  - Blütchenprimordia Arest & Abort : 위에 있는 녀석들은 완전히 성숙치못하고 WA, GA 처럼 멈춰서 결국 komplett absterben한다.

* 왜 다 성숙도 못할 꽃들을 더 만들까? 아마, 일단 밀은 하이브리드 종이고 이렇게 꽃을 더 많이 만들고 그 과정에 몇개는 버려라 이런 프로그램은 WT가 예전에 확보한 매우 konservative Gene의 영향이 아닐까 싶다. 

* TS의 지연은 아무래도 타게스렝에, 포토페리오데에 달려있는 것 같다. 굉장히 Langtag하거나 이렇게 인공적 조건을 조성해주면 좀 더 긴 Ähre를 유도할 수 있다. 아직 분자적 증거는 없고 또한 Ts를 완전히 상실한 자연적 뮤턴트는 아무래도 만들어지기 힘든 것 같다고

 * 이 사실이 시사하는 바는 큰데, 에피게네틱에서 발견한 floral mechanismen의 적용에도 불구하고 결국 매달리는 Ähre는 초기 TS에 달려있다는 것. 

 

20. Ährenwachstumsphasen : YA에서 이미 길이는 최대에 도달, 그리고는 옆으로 막 퍼진다.

21. Ärchen und Blütenfertilität

22. Weizenertragspotenzial und Blütchen-Abort

23. Kornansatzmuster : 오른쪽 4번은 아무래도 moderne Sorte.

24. Blütchen-Abort limitiert Ertrag in Weizen : 하모요!

 - fertile한 꽃만 남기거나 아니거나 (경쟁이 있다는 의미) 결국 Kornzahl에는 영향이 없었다 이말이야

25. Setentriebreduktion verzögert... : 

 - 여기서 봐야될 건 GA - YA에서 또는 YA - TP 에서 꽃의 숫자 자체가 확 줄어드는 Abort로 넘어가는 구간. 

 - 만약 Huapttrieb만 남기고 다른거 다 조지면, Blütchenabort가 확연히 지연된다. 

 - 그럼에도... Kornzahl에는 전후 변화가 없다... 힝

26. Blütchen-Abort limitiert Ertrag in Weizen : 이게 핵심 메시지

 - 콘짤은 상관없지만, 분명히 Biomass는 detillered가 훨씬 높다는 것.

28. manuelle Seitentriebreduktion erhöht die Anzahl fertiler Blütchen am Haupttrieb durch verringerte Konkurrenz

29. erhöhte Blütchen-Fertilität : 

30. Genotyp 중 퍼틸리텟 높고 그런 애들 관찰 : 7개까지 맺히는 녀석도 있다고

31. QTL auf Chr 2A : GNI2, 1

35. mRNA in situ con GNI1 in Einkornweizen : GNI1 유전자가 Blütchen pramodium 구간에서 발현됨이 발견된다ㅏ. 

36. GNI1 가 꺼지면 WT에서처럼 4개의 꽃 대신 6개의 꽃이 달린다구. 

38. GNI1 알렐을 통해 콘 에어트락 확 늘렸다고. 10-30%

 - ohne Auswirkung auf TKG!

 - 동시에 Biomasse 증가에도 영향을 줫다.

 - spike number는 그럼에도 거진 차이가 없었다구. 

39. 또한 거지같은 토양, 지역에서도 높은 Ertrag을 유지했다고. 

40. 대부분의 T.durum 종들은 이미 95프로 GNI 유전자를 갖고 있었다고

 - GNI1 은 아마 Domestikationsgen

41. 정리 : GNI1 ist ein Weizenhomolog von Vrs1 in Gerste

 - Vrs1 : WT는 양쪽 꽃을 absterben,. 뮤턴트는 살려서... 이거 Gerste

42. Blütchen-Abort in Weizen : 15 Ähren * 10 Blütchen - 완전 이상적인 상황. 맥시멈!!

 - 이 경우, tkg 45g, 40 t/ha!! 독일에서는 엄청 잘 자라는 곳에선 10-11t/ha

 - 좀 현실적인 상황: 15 Ähren * 2.5 Blütchen -> 37 Blütchen/Ähre. 이러면 대충 10t/ha 이거 조차도 위의 독일 상황처럼 엄청 이상적인 상황

 - 만약 쪼금만이라도 더 개선되서 3.0blütchen만 되어도! 12t/ha!

43. Ärchenanzahl - Weizen

44. Beeinflussung der Ährchenanzahl durch Blühzeitpunkt oder Mutationen

 - 추가 Ährchen은 위에 안달리고 여기 표시되듯 아래에 달린다

* 아마, 성장이 gradient로 이뤄지기 때문이리라. 요지는, 그래디언트로 이뤄지는건 무언가의 농도, 트랜스포트가 주요펙터임을 시사

* Veredelung을 이용할 순 없으려나? 양 끝단을 연결시키면 순환을 이뤄서 더 만들수 없으려나. 또는 중력이 없는 상황에서 입체적으로 식물을 기르기 위한 디자인이 될 수 도. 

 - 미라클 위트 : 몇안되는 TS 뮤턴트를 이ㅜ러낸 경우. 

45. 분더바이쩬의 비교!

 - 딴건 거의 다 퐈지티브했으며 TKW 는 15프로 적었지만, 뭐 이건 그렇게 Ertrag 에 주요하진 않다!

46. 유전자 찾으려고 Gerste Homolog 랑 비교해봄

 - Com2

 - 디플로이드랑 헥사플로이드 간 뮤턴트의 퍼틸리티 문제 발생 상황이 달랐다! 이게 시사하는 바는 Polyploidisierung이 퍼틸리텟에 특정 역할을 하지 않을 까 하는것. 

 - Verzweigung과 Fertilität 의 연관관계를 유전자 단위에서 관찰

47. Sequenzieren von Weizenmutanten : Wunderweizen의 Verzweigung & Fertilität을 책임지는 유전자를 찾기위함

48. Phänotypen in F7 derived RILs : 왜 7세대냐 했냐면 이러고 나니 온갖 미친 페노튭이 생겼기 때문. 

 - 그 이유는 몰까? 다른 유전자가 있거나, modifier 가 있거나 그리고 나는 이해가 잘 안가거나

 - 그 이유가 이 뮤턴트 bh t 는 rezessiv Mutnat - A1 (크로모좀 2A) 이었는데 B1 에서도 비슷한 bh t  즉 도 다른 크로모좀 B2 에 있는 알렐도 찾았다!

* 7세대나 했던 이유 : 우선은 Homozygote만들기 위한것. 하지만 여러 표현형이 나왔다는 건 실패했으며 동시에 다른 알렐이 들어있다는 것. 하지만 이럴거면 분명이 좀 더 초기 세대에서 실패가 자명해졌을 것 같은데 왜 굳이 7세대를 끌고갔는지는 모르겟다.  

 - aa 가 bb보다 훨씬 강한 효과를 가진다는 것을.

49. Mendelization of the miracle wheat allele : 찾은 미라클을 륙크로이쭝을 통해 여러 세대를 거쳐 궁극적으로 NIL 더 많은 Verzweigung 가진 녀석을 얻어냈다.

 - 왜 도너처럼 미친듯이 안달릴까? 다른 유전자가 있기보다 이들을 repressor하는 유전자의 존재를 시사할지도. 

 

그다음 수업 : Mais, REis 등 다른 종에서 Meristen 과 Ärechnentwicklung in Gerste 를 다룰거임! 

 

 - 교짱은 비오팜에서 프락티쿰하다가 좋아서 농학 공부. 석사로 랍스 genetische Identifikaiton (Vererbung 테스트) 했는데 결과는 영 아니었다고. 그러다가 비오테히놀로기 히비하다가 관심생겨서 레지스텐쯔가고 공부 방향으로는 농장에서 일을 하기가 힘들고 또 내 농장이 있어야하는데 그렇진 못해서 현실적 타협을 했다고. 

 - 오늘의 명언 : alle Morphologie hat Grund

 

[아마 마지막 시간]

1. 여러 메리스템 - Reis

 - Kurztag PF. Rachilla가 밀 이런거에 비해 매우 unterdrückt

 - Branch und Spikelet : 핑크가 스카이클메리스템. 초록색이 브랜치(Verzweigung) 메리스템.

 - APO1-D1 : reproduktive Meristem 단계에서 지연시키는 듯. 

2. Mais : Auxin이 난리도 아니여. 옥신과 Blütenmeristem 의 관계가 이 뒤를 위한 기본

 - 옥수수는 맨 위에 수꽃, 그 아래 암꽃이 피나보다.

 - Tassel은 그 시작점의 Branch Meristem덕분에 수꽃이 여러갈래로 자라는 것임.

 - Blütchenentwicklung und Geschlechtdifferenzierung : 보면 알겠지만, 옥수수는 초기에 둘 다 양쪽 성을 다 가질 가능성이 있는 상태인데 그게 시간지나면서 abort 되면서 성 분화가 한 개체내에서 발생.

 - RAMOSA gene : 뮤턴트. Verzweigungsmeristem이 단순히 꽃 뿐만아니라 Korn에도 영향을 미친다.

* 이런 곧은 와일드 타입의 형성에 가설 중 하나는 농업환경과 Beschattung. 좁은 곳에 밀집 Anbau하면서 에너지를 더 효율적으로 해야된다. tassel에서 Pollen만드는 것도 어ㅁ청난 에너지. 이 에너지를 콘에 쓸 수도 있겠지. 그리고 어차피 eng하니까 폴랜이 엄청 많을 필요도 없다. 

3. Gerste : 왜 한개, 3개 이렇게 나는데 zweizeilig, sechszeilig? 앞뒤로 자라니까 2배되서 각각 2줄 6줄이 된다.

 - Zeiligkeitsmutanten : Entwicklungsgradient 와 관련있다! vrs2, vrs3 을 비교하면 그라디엔트가 반대로 작용. 그리고 하나 더 알건 이 모든 유전자들은 negative Regulator (WT에서는 Sterilität 을 일으키는거지)

* 2 줄 보리는 Brauprozess 에 유리? 6줄에 비해 더 호모게니텟하다?

 - Korngrösse : 초록색이 메인콘, 파란색이 레터럴. 빨간색은 더 달린 녀석 (6줄 이상)

 - Zeiligkeit 의 보리에서 중요성 : Kornzahl (2,6), 그리고 컴비네이션 뮤턴트가 보여주듯 Korngroß

 - spike development vrs4 : 사진을 보면 determiniert 되지않고 계속 연장되어 자라남을 알 수 있다. 

 - ZmRAMOSA2 가 Vrs4 : 아따 결국 찾았네요

 - 그러고 나면 이제 구체적으로 조직 어디에서 이 유전자가 발생하나 : 

 - Vrs4 가 Vrs1 를 regulieren 한다, upstream으로. 

4. Grain number : 제일 아래는 각 단계마다 발달하는 agronomische Eigenschaft

5. Gerste - Ähfferenzierungsphase : 2번째 단계에서 Entwicklungsgradient발생. 

 - Mikrostadien 을 커비 스케일 책에서 확인할 수 있다 : 우리 프락티쿰에서 할 것. 

* 밀의 특징은 저 3 mound 가 발견된다는 

 - Waddingtion scale : 이것도 Mikrostadien 스케일. 1-10까지 있으며 보다시피 매우 fein하게 분류가능. keine Hexerei!

 - 커비와의 차이를 보자면, white anthere stage 를 웨딩턴은 이렇게 구분하지만 커비는 그냥 한 스테이지로 퉁친다.

* 시험에서 각 구조 기억하는게 중요.

6. VRS2 : 마지막 보리 뮤턴트. GA 와 연관. 아마 목적이 중간 부분이 다른 부분보다 Ähre가 빨리 꽃이 달리도록 하는 목적으로 활처럼 농도가 퍼지는 듯. 

 - positiver Regulator der Auxinbiosynthese

 

[Wurzelentwicklung und -achitektur]

1. Rhizosphäre : unmittelbar durch eine lebende Wurzel beeinflussten Raum im Boden

 - 매일 사람이 소비하는 영양은 3.5톤 정도의 흙에 있는 미네랄을 소비

 - Makro / mikro 미네랄의 기준 : 보통 Mangel이 발생하지 않는 최저 Schwelle를 의미

2. 뿌리는 verborgene Hälfte der Pflanzen 이다. 거의 똑같이 반을 차지하는 경우가 많은듯

3. 모든 Gräser = monokotyl ( Hauptwurzel 이 메인으로 발달하고 Lateral 은 좀 적게, 이 둘이 메인딜러)

 - dikotyl : Hypokotyl 에서 Crown Root, Brace root 가 영양 흡수 메인 딜러. Allorhizo - 겉으로 보면 모든 뿌리가 CR 로 같은 것처럼 보인다고. 

* Phytomer : 모든 Phytomer는 아래 RAM 갖고 있는데 이게 Veredelung이 가능한 이유 중 하나. 여기서 CR 이 쇽쇽 나올 수 있다고. 

 - At : Wurzelhaube 가 겔에서 기르면 안나올 수도. 

4. Wurzelhaar : 매우 강하게 성장한 하나의 세포다!! 즉, vaskulares System 없고 단지 영양 흡수, 전달 등에 관여한다고.

5. Zell typ-spezifische At Marker Linien : 뿌리에서 구역마다 특정 Promoter가 작동하는 구역이 나눠져있다고. 즉, 이 마커로 뿌리의 지역을 구분할 수 있다

 - Konforkal Mikroskopie (단백질 염색해서 관찰) 또는 Durchflusszytometire (FACS, 

6. 식물 seitenwurzel 이 자라려면 Epidermis 세포벽을 무너뜨려야 되는데 세포벽 녹이기 위한 효소를 만들어내면서 왜 본인의 세포벽은 안녹을까?

 - junge Wurzel 은 메틸화되어있다! 그래서 Säure 에 안녹는다고.

 - 세포벽은 Zucker 로 카르복실, 에틸화되어 있다구. Ca2+ 가 들어오면 라둥가진 벽 분자들을 더 강하고 잡아서 딴딴해진다고.

7. Funktion der Wurzel : Halt, Wasseraufnehme, Nährstoffaufnahme + Speicher, Kohlenstoff-Pumpen (이걸 내서 주변 미생물을 모집, 주변 영양을 흡수가능하게), Wachstumsregulation und Entgiftung + Sensing (땅의 온도는 상대적으로 Spross보다 안정적이기에 이걸 기반으로 감지)

8. 뿌리성장을 결정하는 요소 2가지 : Genotyp + Standort

 - 온도와 어린 뿌리 : 어린 시절에는 땅의 온도가 뿌리 성장에 제대로 영향미침. 즉, 빛 외에 주변 식물과 맞춰줘야 하는 펙터로써 온도를 변수로 고려해야 한다는 것. 

 - 식물을 땅에 심을 때 다져주는 거 : 눌렀나 안눌렀나가 향후 식물 자라는 데 장기적 영향

 - 질소부족과 뿌리성장 : 

  - 뿌리 성장은 lokal System : 지엽적으로 Reaktion

9. 여기의 목표 : 여러 환경에 optimal하게 반응하는 Wurzelsystem 을 찾거나 만드는 것 (Züchtung)s

 - 

 - Phänotypisierung : 살아있는거 옆에 그대로 파서 관찰. Feldbediungung. sehr aufwendig. 그래서 hydroponisches System으로 물에다 길러서 관찰. 물론 이건 자연적인 환경과는 거리가 멀다구. 또 다른건 Löschpapier-system 이라고 종이에다 기르는거. 제일 쩌는건 Computertomograpie 라고. 

* 브롬 Bor 는 세포벽 구성에 핵심 요소인데 이게 부족하면 뿌리 Differenzierung 이 잘 안된다. 그리고 Bor 는 ungeladene 라서 물에 녹아야 흡수 가능한데 Bor가 있어도 trockenheit 때문에 Bormangel이 발생할 수 있다. 예를 들어 Raps 처럼!

 

 - 매우 열정적이고 실험 페노타이핑 등에서 효율을 추구한다. 특히 공학적 적용을 고민한다면 Gene 보다 Function에 집중해야 한다는 메시지가 매우 인상적이었다, 

[ molecular bases of Apomixis in Hypericum perforatum - Johanniskraut]

1. 6 Faktor : active compounds (보통 이게 apomitic한지 모른다고), diversity, Development (Apomixis), Transcriptomics, Genomics, Metabolomics

2. 식량과 관련된 현상황 : Yield 증가는 꾸준히 발생했지만 현재 한계점에 도달한 듯 보인다. 

3. Apomixis : asexual reproduction through seed 장점이 뚜렷한 반면, Not in major crops!

 - Progenies are clones of the mother, instant fixation of superior phenotypes (heterosis)

 - 특정 교수들 말론 쌀에 적용하면 처음 5년만에 800밀리언 예상한다고 

 4. Apotechnology : unreduced gametes, parthenogenetic Ebryo formation, active Endosperm

 5. Gemetophyte, Sporophyte, 

6. sexual female Gametophyte Development :  

 - MegasporoGenesis : archesporial cell -> Megaspores -> functional Megaspore

 - Megagametogenesis : Antipodal (3n, 아직 역할을 잘 모른다고!), Central Cell (2n), Egg cell (n)

 - polygonum : ?

7. What about APOMIXIS : 종류는 sporophytic APO (Citrus 에서 발견, 완전 골때림. 그냥 체세포가 씨앗이된다고?), gametophytic APO (Hypericum)

 - 과정은 앞에말한 3가지 조건.

 - Drews and Koltunow, 2011 : 이들의 논문이 아마 무성생식 식물을 가장 잘 설명한 것 같다고

 - Diplospory 의 특징 중 하나 : Megasporogenesis (피메일 가메토) 반들어지는 중 옥타플로이드 되고 개판인데 보통은 이러면 레탈인데 씨트러스는 이걸 허용해서 자란다고

 - aposporous initial : Hieracium 이 그 예시. mitosis 로 만들어지고 mitosis  로 각 1개의 가멧토가 만들어지는데 미토시스로 만들어진 건 사라진다고. 

8. Hypericum perforatum : 여러 의학적 효과

 - Genotype에 따라 3가지 가능성 : 섹슈얼, 아포믹스, 둘 다 (마치 렌덤하게 Ratio하는 듯)

 - 섹슈얼은 디플로이드 또는 헥사플로이드, 아포믹스는 테트라

9. Addressing apomixix : 크게 5가지 방향

 - Happy locus, Development (morphology) : 이 두가지가 주요하게 역할한다고. 

 - Development (transcriptomics), Genomics (genome sequencing), Genomics (GBS)

10. Hypotheses of Apomixis Hypericum : sexucal ancestors -> Hybridization -> Genome collision -> expres. tip regulators disrupted -> dev. functions disrupted -> Apomixis (emergency procedure 아마!)

 - 앞서 설명한 hyragium 에서 아포포러스 설명한 생식세포와 아포믹스 세포 경쟁이 존재하지 않고 단지 아포믹스만 발생. 

11. 최종단계까지 가더라고 씨앗이 fertility를 가질 가능성은 섹슈얼보다 낮다. 즉 Abortion 이 높다 !

12. 이녀석의 aposporows 에는 meiosis 1 만 있고 meisis2 는 없다. 그 다음에는 Mitosis, 

13. 파괴없이 아포믹스 스크리닝 : Flow Cytometric Seed Screen (FCSS) : 이 방법을 볼땐 ploidy ration 를 확인하는게 핵심. Embryo:endosperm 이 1:1.5 이면 보통 섹슈얼, 

 * Polycomb, PRC2 이 FCSS 에 주요한 유전자임.

14. probable epigenetic : IBM1 (H3k9 demetylation)

15. Genotyping by Sequence : 전부 씨퀀싱해서 지노타입 잡는건 너무 비싸니까 숏컷. 

* 아포믹스 구루 : Elvira Hörandl, Koltunow, Grossniklaus, Sharbel (이페카에 있음)

 

 

 

 

 

 

 - 최신 연구 동향? 리뷰 논문을 통해 우선 파악하는 것이 스스로 읽어가는 것 보다 시작지점에서는 aktuelles Thema 확인에 유용하다고. 

 

1. 1인칭 쓰지 말 것 : ich 로 시작하는 경우는 가급적 자제

2. 레퍼런스의 목적 : Plagiat (Plagiarism) 이 아님을 확실히 하는 것 외에.

 - 학부 / 석사 논문의 경우 내가 얼마나 알고 있는지를 (읽었는지를) 보여주는 지표의 역할

 - 세미나의 경우 레퍼런스 흐름을 통해 내 논리가 어떻게 organisiert 한가

 - 레퍼런스를 통해 내가 전개해 갈 논지, 방법론을 단단히 할 수 있음 

3. 레퍼런스 정리 : 저널마다 조금씩 다르기 때문에 Mandeley 같은 프로그램을 사용한다고함

 - 프로그램이 있어도 프로그램에 최초 입력은 결국 손이 안갈 수가 없다.

 - 말미 레퍼런스는 성-이름 z.B Hong Gildong, Kim Mimi.

 - 근데 1저자 다음부터는 그냥 이름-성 순으로 쓴다.

 - 각주 (페이지 마다 아래에 짧게 다는 레퍼런스) 를 쓰는 경우 여기는 이름-성 z.B Gildong Hong

 - 3명 이상 저장일 때는 e tal 로 퉁친다고

 - 구글 스콜라에서 긁을 땐 " " Zeichen 누르면 클립보드로 ㄱㄱ

3. 주석 정리는 일단 글을 쓰고 나중에 한번에 몰아 하는 것을 추천 : 취향나름일 듯

4. 제일 처음 쓸 때는 만델레이 기능을 쓰지 말고 워드에서 직접 해보는 것을 추천

5. 웹페이지 인용

http://edu.copykiller.com/edu-source/faq/?mod=document&uid=156

 

[출처/인용] 웹페이지 인용/출처표기는 어떻게 해야 하나요?

인터넷 자료/웹페이지를 이용하였을 때에는 URL과 접속 날짜를 정확하게 표기해야 합니다. 인터넷 자료/웹페이지들은 수시로 삭제 또는 변경될 수 있기 때문에 연구자가 접속해서 자료를 획득한 날짜와 해당 URL을 표기함으로써 연구윤리 위반을 의심 받지 않을 수 있기 때문입니다.아래 자료를 참고하여 작성하는 문서에 알맞게 표기하면 됩니다.   Chicago style   1. 각주  ① 한글 주번호) "웹페이지명," 사이트명,####년 ##월 ##일 수정, #

edu.copykiller.com

 

 

Why Demethylation or modification is imfortant for gene expression?

because, they regulate condence of Chromatin and it affects expression

같은 기능을 하지만 식물간 이름이 다른 gene이 있을 수 있는데 이유는 연구분야가 생각보다 독립적이라서?

 

[1] 뉴클레오좀 = 디엔에이 + 히스톤

19. DNA 는 nucleosome에 packed. 147 base pairs. 단위고 이거 덕분에 디엔에이가 그렇게 콤팩트하게 있을 수 있다고

24. Histone variants : CenH3 이게 Centromere 에 accumulated, 이게 중요 in der Prüfung. 어떤 단백질이 주요하게 존재하는지 중요

 - H2A.W, H3.1 : 이건 사일런싱에 주요한 역할, 

 - H3., H3.3 : 프리센트에 존재하는데 중간에는 3.1 에만 존재하고 3.3 은 telomere 에 존재. 이런 specific 한 경우는 epigenetic 에서 매우 제한적, 드물다. 

 - TEs : Transposon Elements 은 페리 랑 비슷하게 있어서 역시 H3.1 이 발견도니다. 

31. Epigenetic 에서는 Chromatin 에서 sequence만 중요하지 않다. Modification 이 더 

 - DNA methylation 은 동물, 식물 공통적인 메틸레이션

33. 3가지 주요 메틸레이션 in A.t : 아래 특징 중요. 빨간 글자. 폴리엔 없다

 - MET : replication dependent

 - CMT3 : interacts with histone mark H3K9me2

 - DRM1, DRM2 : de novo. 앞의 MET, CMT3 와는 가장 큰 차이. 후에 유전되냐 안되냐 형질발현 그런거인듯

35. 메틸레이션 뮤턴트는 A.t에서는 피노타입이 영 약하단다. 반면, 크롭에서는 강하게 발현된다. 36에서 보이는 듯

 - 이유? crop 은 transposon element 가 A.t에 비해 훨씬 많다, 이게 하나의 이유일 수도 있다. transposable element 의 차이는 인간, 아라비돕시스, 크롭 다 다르다. 인간은 반면 Gene 크기 가 큰 반면 대부분의 시퀀스는 repetitive 

41. Demthylation으로 인한 차이 : 아라비돕시스가 중요하긴 한데 Epigenetic 에서는 모든걸 보여줄 순 없다고

66. 이 구조는 끊임없이 중요하다.

70. K4, S10, 이 들의 의미가 뭔지 알것 ex H3K4, H3S10 ...

 - functions mechanism : promoter, 이건 검색해서 이해해놔야 함

 - closed configuration : closed -> no chance to promoter 

72. A 그래픽 : 정확히 반대. 중간 지점에서 피크 위치가 반대. 

 - two methylation react oppositley, 

 - A.t 는 5개 크로모좀을 갖고 있다. 

 - K9me2 은 어디 위치하는지, 발현과 어떠 ㄴ영향이 있는지,

79. SUV 는 protein in A.t (다른 생물은 다른 이름을 갖고 있겠지여)

 - 메틸레이션을 거쳐서 오른쪽과 같이 sillenced

67. 여러 종류가 있다고.  Metylation

 - 

73. repetitive Sequence 는 transposon element로 감안할 수 있다

 - H3K27 와 k9 차이 : 전자는 Gene siliencing, 후자는 transposon silencing (바꼈을 수 도 있다)

 - K27 은 뉴클레오마티드 region 에 더 있다

[다음 폴리인듯]

1. PRC3 core proteins : mammal protein 인데 A.t 에서도 비슷한 P 발견가능

2. plants make multiple PRC2 : 식물은 동물보다 이게 더 이 단백질이 필요하다

 - 식물은 동물과 달리 서로 다른 Development, process 에서 각자 complex 에 PRC 가 필요해서.

* 그럼 동물은 다른가???

3. PRC2 P in representiative plants : Presence is confirmed, not function nor mechanism

4. in animals, H3K27me3 : PRC1 maintain after PCR2 function

5. H3K27 is crucial : 아래 씨앗 차이를 보면 mutant 가 훨씬 작고 히바리가 없으

6. 다시 그 그림 Histone Code : diffrent marker (H3K4...), 

7. H3L4me1, ..me2, me3 accumulate : 67 그림에서 확인할 것 

 - H3 단백질이 있는데 그 끝의 K4 에서 메틸레이션이 되면 한번은 me1, 또되면 그 밑에 me2, 이렇게 계속 메달린다

 - 이 그림에서 전부다 pericentromeric region 에 exclusive 함 을 확인 가능

 - 푸른 것과 associated = associated with genes, not transposon elements

8. Distribution of H3K4me in A.t : 그림에서 밑에서 3번째 Genes 를 보면 5개 있다 (5개 크로모좀)

 - 특이점 : 4, 5번째 gene을 보면 시직은 coding sequence 와 mono, di, tri-methylation 

 - transkription factor 를 살피는 것은 매우 중요하다. modification 은 그 자체로 단지 변화 그 자체. 중요한 것은 그 변화가 구체적으로 gene expression 에 어떻게, 어디에 영향을 시작케하는지가 핵심?

8. H3k4me is crucial for both sporophyte und gametophyte development : 

 - 오른쪽 E : Pollen 이 뮤턴트는 더 크고 infuctional, 

* 제네틱과 에피제네틱은 그렇게 확연히 구분해선 안된다고 생각하시는 듯. 어차피 유효한 변화는 modification (methylation usw) 로 인해 gene 의 TF 가 발현되는지 안되는지에 달려있기 때문이다!

9. H3K36me/ac is associated with : ac는 아세틸레이션.

 - H3K36ac 는 그래픽이 보여주듯 시작지점에 크게 accumulated 

 - 36me3 는 뭔가 시작과 상관없어보임

 - 핵심요소는 h3k36 me, ac 는 genes and gene body와  associated

10. Genome with distribution attern of histone modifications

* 추가질문 : K9 and pe

 - centromere 와 stability 의 연관관계. 

 - condensed transposable marker 가 있어서 predevelopment phase 에서는 TE 가 발현, 즉 튀지않는다고

 - 즉 K9 은 중간에 주로 존재하는 친구인데 왜 한두개를 죽인다고 (motification) 식물에 큰 영향이 없냐면 이건 stability 와 연관이 있다고. 개인적의견으로는 수많은 요소가 repressor 로 관여하고 있어서 한두개 끈다고 영향은 미미

11. Removing histone methylation : 예를 들어 뿌리에 작용하는 Gene 에 관여 modification Protein 이 있다치자. 이녀석은 Root phase 이후에는 사라져주셔야한다. 즉, should be removed!

 - jumonji Protein 라는 친구가 모디피케이션를 떨어뜨리는 듯. 

 - Histone demethlase 가 손을 써서 제거

 - Gene 의 종류 : housekeeping gene ( 너무 중요해서 거의 모든 세포에 다 들어있는 녀석), tissue specifical genes, 

 - 왕중요 : SET domain 은 이 슬라이드의 위에 있는 Histone methyltransferases 를 생성하고(mostly conserved) , jumonji domain 이 아래 의 녀석들로 제거한다. 

12. Removing 표 : 종류가 열라 많구마. 

 - 그럼에도 Public 도 다 믿을 수 없다. 왜냐하면 최근의 생물학 자료는 bioinformatik을 이용, prediction 하는데 그 과정에 당연히 틀릴 수 있다고!

13. function of histone methylation : 여러번 이야기했던 중요 페이지라고. 

14. reading and tranlating the histone code : 여기서 알아ㅑ할 건 이런  도메인들이 히스톤을 읽고 번역한다는 것

15. Writing and reading the histone code : 저자와 독자라 카네 ㅋㅋ

 - Histone Methylation tran.. 가 author, Chromo domain 이 reader (저걸 읽어서 Gene Regulation)

* Ac : Acetylation has many magnitude for modification

16. Recognition : methlated histones recognized by... 예시임미다

17. model of LHP1 : if you compare seq of malmmals to plant, it works sometimes, but not always. LHP1 is one example for this 부적합. seq are similar but different function!

 - compare : find homologues in plant 라 칸다. 

 - HP1(개 중요한 녀석) 동물은 K9me2 중간에 위치하나 이녀석의 homologues LHP1 은 K27me3 위치. 그래서 still works as repressor markers.

18. ADCP1 : 위의 HP1 에 대응되는 식물의 프로틴. accumulated region 이 아주아주 유사하다우

 - DAP1 은 condensation of DNA 를 알기위한 dye molecule?

19. flowchart of Western blot : s - DNA, n - RNA, w - Protein

 - Histone protein research 에 왕왕 중요한 테크닉이라구

 - electrophoresis 할 때 protein 양은 다 같다. modification 이 얼마나 됐냐 안됐냐로 구분

 - Histone 리서치에서 웨스턴블롯할 때는 (modification 정도를 보고 싶으면) 같은 양의 Histone 프로틴을 넣어준다.

 - anti correlation 은 여기서 C - H3K9ac 와 H3K9me1,2 의 관계를 말한다

20. Imminostaining : 웨스턴블롯 처럼 둘 다 specific Antibody 를 사용하는 건 같으나 Immunostaining은 식물의 어디에 얼만큼인지 알 수 있다구. 

 - 어디에 있는지를 웨스턴으로 알기위해선 여러 region 에서 프로틴을 확보해야하는데 이게 힘들것이고 단백질이 부족하면 시그널이 약할 것이다. 

 - A,F 에서 볼 수 있는 

 - K9me2 는 pericentromeric 이며 여긴 condensed DNA 가 있다. C 에서 보듯 Centromeric protein H3 시그널과 매우 겹쳐진다고 오버렙.

21. chromatin Immunoprecipitation High throughput Sequencing : immunostaining 은 어디인지는 알지만 genomic DNA 레벨에서 어느정도인지는 알 수 없다. 이 기술로는 한큐에 그것까지 해결

 - 어떤 antibody 가 어디를 targeting 하는지 알 수 있다.

 - 한번 돌리면 퍼플리케이션 하나씩 튀어나온다고

22. summary - epigenetic marks : dynamic process 이다 . 쓰고, 읽고, 없애고.

23. epigenetic gene regulation : why important?

 - with that you can regulate activation of genes without gene transformation? 질문해보자. Crispr 처럼 without Addition of other gene material

 - 어떻게 antibody 를 생성하지 여기서?

24. A.T 조차 Flowering time regulation gene 은 한 크로모좀에 300개 이상 있다카네

25. Flowering Graphic : 어떻게 이 많은 연관 유전자를 알았을까?

- FLC 는 사실 anti correlated to flowering. 즉, 뮤턴트 되면 꽃을 피게한다고

26. FRI : 처음 발견된 F gene. 세계 각지에서 At를 수집해서 flowering time 다른 녀석들 끼리 비교해봄

  - very strong regulater 

27. natural variation of FRI alleles : Early, Late. 

 - 항상은 아니지만, 아무튼 

28. FRI molecule 의 역할은 놀랍게도 아직도 정확히 모른다. 교짱은 이런 결론 별로 안좋아한다고.

29. Flowering Locus C :  

30. who represses FLC : 2가지. Vernalization, autonomous

31. Vernalization : condition for that

 - transmitted by mitosis but not meisosis : 의미는, it can be remembered. 만약 어릴 때 길게 한번 처리됐으면 커서도 기억. 하지만 다음 세대에 유지되지는 않는다.

32. extra copies of FLC : 

33. who represses FLC? the VRN genes : vrn1, vrn2, vrn3

34. vrn2 mutants : vrn2 는 vernalization 그 자체와는 상관없으나 memory 와 관련있다. 6주째를 보시오.

35. FLC is regulated by epigenetic modification : 굳이 FLC 를 다루는 이유

36. VRN´s are DNA binding proteins : H3K9, H3-K27 등 등장한다우

37. many epigenetic marks are reset during reproduction : maintained during the generation??

 

 - 시험 : 반복해서 말했던 부분들 나올거고, 

[Epigenetics 3]

복습구간

 - Structure of Nucleosome

 - DNA modification 은 대부분 Silencing 연관이지만 Histone modification 은 다르다, 즉 다양하다

 - 컨피규레이션 (오픈, 클로즈) 에 따라 중요한 marker 가 다르다. 

 - 어떤 modification 이 activation, 또는 repress 를 위한것인지 알아야함. H3K9me (TEs)/H3K27me3(genes 근데 siliensing), H3K4me, H3K36me (이것도 gene region, 근데 엑티브. most important activate marker in epigenetic)

 - K9 은 많은경우 세포의 stability 에 연관한다고 믿어지고 있다. 그렇기에 어떤 변화를 추구하는 건 H3K27 메틸레이션이 꽤 중요하다고.

 - PRC2 complex  : 에피제네틱에서 매우매우 중요한 컴플렉스. 요정돈 아셔야..

 - 왜 식물은 multi copies PRC2 를 갖고있는가? regulationi of the ara... by the PRC2 complexex Ö 중간의 4개 FIE 가 피알씨 컴포넌트인데, different stages different positions 에 작용? 식물은 이 유니크한 피알씨 컴포넌트가 각 스테이지에 작용. 컴포넌트는 조금씩 다른데 그 이유는 아마 tissue specipic 해서 뭐 그럴수도 있다고

 - 메틸레이션 region을 찾기위한 방법은 : centromeric region / gene region (euchromatin region) 의 상보적 형태를 보여줌

 - H3K36me/ac is associated with actively transcribed genes and mRNA : TSS는 무슨의미? Translation Starting Site(ATG) - 프로모터는 여기서 약 -500 정도 앞이다.여기 그래프에서 x 축 값은 sequence 위치. 즉 -500 은 프로모터 리젼을 의미. 0은 TSS. TTS는 제일 끝부분 즉 stop codon. 

  + intron 은 사실 여기서 매우 복잡한 통계과정을 통해 감안되었음

  + Transcription 대신 Translation 을 다루는 이유는, 전사는 시작부분을 잡기 매우매우 어렵다 hard to predict. 그러나 트랜슬레이션은 ATG 만 딱 찾으면 된다. 그래서 요렇게 메틸레이션 부분을 찾는다구. 

  + 프리RNA(with intron), mature RNa (without intron)

 - writing and reading : 접때도 말했지만, modification 은 단지 그거일뿐. 이걸 읽고 인식하고 반영해야지요.

 - VRN´s are DNA binding proteins : 

실제 내용

 1. FLC is epigenetically silenced via a polycomb-dependent mechanism : PRC 컴포넌트다 이말이야. Polycomb Repressive complex - Gene repression by compaction of chromatin (H3K27,

https://www.mpipz.mpg.de/turck/project_2

 2. correlating COLDAIR expression : 어떻게 HKT/PRO가 시기적절하게 따시고 차갑고 했을 때 FLC 에 관여할까 가 최근 후성유전학에서 완전 핫한 토픽. 기존 생물학에선 힘들었던 이유가 이 (부분은 굉장히 conserved region 이라서 실험하기 어려웠다는 것 같은데 잘 모르겠음).

 - noncoding RNAs : 이게 실험, 입증이 힘들었던 원인.이게 PRC2 complex 를 구성한다고?? 근데 noncoding인데 어디서 왔지? 식물의 후성유전 아주 좋은 예시

2. the autonomous pathway : 여기서 봐야할 건 deacetylation, demethylation, methylation 모두가 FLC silencing 에 역할. 여기 있는 메틸레이션은 arginin methylation !! - cytosin만 메틸레이션되는게 아니라고

3. the autonomous pathway : epigenetic and post-transcriptional gene regulation in the control of At flowering time

 - 아래

4. ...represses FLC expression : 여기 있는 K4 가 위에서 본 진 엑티브시키는 녀석. 쿨에어, 콜드에어가 최근 가장 중요한 2가지 noncoding RNA . 혹자는 이게 별로 안중요하다고는 하지만 앞으로 점점더 중요해질 것이라고. 

a functional RNAmolecule that is transcribed from DNA but not translated into protein, ncRNAs function to regulate gene expression at the transcriptional and post-transcriptional level

https://www.whatisepigenetics.com/non-coding-rna/

5. dynamics of FLC chromatin : zusammenfassung von FLC

6. CO, FT... : very conservative genes. 

7. major flowering pathway genes of rice : 반대지만 비슷한듯.

8. short day and long day

9. Flowering time and selection for adapted breeding material : 왜 flowering time 을 크롭에 대해서 연구해야되는가 3가지 이유가 있다 이말이ㅑ.

10. Strategies for generating non-flowering vegetative crop genotypes : GMO 를 말하는데 유럽에서는 아직 적용이...

 - RNAi : RNA interference 그때 resistance 에서 나왔던 것.

* Housekeeping / tissue specific : 하우스키핑은 모든 곳에서 프로모터 activated

11. speed breeding : 네이쳐에 실렸던 것. 24시간 햇빛줘서 3달만에 나오는 것.

 

- 왜 식물은 폴리플로이드가 많고 동물은 거의 없지(fisch...)? 이걸 알면 사이언스에 논문낼거라고.

[Epigenetic variation and chromosome dynamics in polyploidy plants and species hybrids] 

1. what is polyploidy? for mammals, it is mostly lethal

2. 쌀은 한개의 유전자만 실험하려면 끄면되는데, 밀은 3개나 꺼야된다고...

3. auto/allo : 같은 organism이냐 다른 애들끼리냐.

 - auto 는 이거 하나만 WGD : whole genome Duplication 

 - allo : WGD * Genome shocking, WGD * Genome C -> strong genome rearrangement

4. 예시 with A.t : 상단중간이 제일 typical 이고 5개 크로모좀. A.aranosa 는 8 크로모좀을 갖는다. 

 - Genome Doubling : 그냥 두배가 되는 것

 - Hybridization : 두개가 쇽 섞인다

5. how often : 여기서 알 건 polyploidization 이 식물에서 생각보다 훨씬 자주있다는 것

 - 대부분의 작물들은 의외로 원래 폴리인데 진화상 디플로이드가 됐다네? deploidzation

6. what ist the frequency of auto- vs allo : 

 - 왜 auto 는 힘든가 : 이유는 meiosis 에서 tetra나 이런 애들은 cell division 하고 다시 붙을 때 확률적으로 깔끔하게 존재하기 힘들기 때문이다. 예를 들어, 같은 크로모좀 4개가 divided 되면 다시 이게 붙어야 할 때 섞인다고... 근데 allo 는 여러개라도 크로모좀이 다르기때문에 막 이상한데 안 달라붙고 잘 meiosis된다고. 근데 사실 잘 이해가 안간다...

 7. advantages to polyploidy : 3가지

 - heterosis

 - gene rebundancy : 사실 3개 다 필요는 없다 . 하나만 발현되도 충분. 그래서 진화상 보험으로 작용. Buffer

 - asexuel reproduction : 

8. duplicate genes are a source of novelty : 

9. disadvantages of polyploidy : produce aneuploid. 이게 유전자 발현 혹은 TE 에 문제를 발생시킬 수도 있다카네

https://terms.naver.com/search.nhn?query=aneuploid&searchType=&dicType=&subject=

10. 브라시카 사이즈를 보면 좌우 곱해서 중간이 엄청 커짐. not just additive, but 

11. 어떻게 플로이드 숫자를 알았지? : centromere 부분은 conservative region 이 있기에 이 구간의 반복을 카운팅한다?

 - ploidy level : Flow cytometry (extract egg, 기계의 피크를 읽는다. 아주 많이 적용하는 기계), 

12. how can polyploidy arise : 이거 Genomforschung - Genomduplikation 참고할 것 

 - Fusion of unreduced gametes (2x * 2x) 는 아마 거의 가능성이 없을것이고 (둘 다 동시에 double haploid 있어야되니까) 2x * 1x -> 3x, 3x * 1x -> 4x 되는게 더 일반적일듯. 이건 triploid bridge. 

13. Production of viable Gametes without Meiosis in Maize : Mutant. 

14. challenges to PP establishment : competition with parents, 

 - 가장 큰 문제는 큰 크로모좀 크기를 유지하기 힘들어서

15. genome of new polyploids : 크게 5가지 복잡한 일들이 벌어집니다.

 - rapid ...

 - sequence elimination : 

  - genomic downsizing : 한 두개 gene removed

 - gene silencing

  - diploidization : 어렵다. 어쩌면 아라비돕시스도 이걸 겪어서 결과적으로 5 크로모좀일지도 모른다고. tetra 였는데 하나가 달라져서 여차저차 5 chromosom

16. the close connections of polyploidization and TE dynamics : 이제서야 Epigenetic 관련

 - 왼쪽 아래부터 시작. 1. 수많은 TE release -> 2. changes Gene expression -> 3. genome unstable된다. 계속 바뀌니까. -> 4. .

 - 에피제네틱에서 FLC가 가장 확실하게 규명된 기작이다. Polyploidization은 FLC 에 비해 덜 구체적으로 규명

17. schema : 메커니즘을 설명하는 건 매우 어렵다.

18. Flowering-time variation correlated with FLC : 예시. FLC 가 후성유전에서 가장 잘 규명된 케이스라서 요걸로 실험

 - 폴리 폴리 섞으니까 자손세대의 flowering time 이 다들 다르더라 

19. sequence changes in the promoter regions : 

20. Expression variation : 여기서 발견한건 H3K4 dimethyl, 등이 연관이 있었다고. 

21. Samll RNA distribution : 또 다른 예시. 

 - 실험에서 제일 아래 As 는 자연상태의 allopoly. 

 - 제일 아래 비교를 보면, All4 는 마크된 부분이 있음에도 F1 은 전혀 나타나지 않는다. 하지만 세대를 거듭하니 저 부분이 새로 발생했고 자연상태와 비교하니 꽤 유사해졌다 결과적으로.

 - 저 부분이 무엇을 하는지는 모른다. 니가 알아내던가.

22. Classification of small RNAs in plants : 

23. Expression diversity of miRNAs and.. : 

24. miRNAs and siRNAs : 앞의 실험 결과를 해석하는 하나의 설명 인듯. 이 부분이 이번 파트의 핵심. 

 - 현재까지 우리가 찾은것은 polyploidization 과 epigenetical modification 의 relation일 뿐, 구체적 기작은 아직 말하기 힘들다. 

 - 특정 부분만 보면 metylation 이 increasing, decreasing 하는지 말할 수는 있지만 (epigenetical regulation), 전체 유전체를 봤을 때는 아직은 기다 아니다 말하긴 힘들다 currently

25. a model for epigenetic changes: 

 

- paternaly

- maternaly

 

[Epigenetic mechanisms governing seed development in plants]

복습

 - what is gene imprinting? 5 or 3 UPR sequence. genomic imprinting is... 다른 정의들이 있을 수도 있다.

 - 식물에서는 gene imprinting은 Endosperm 과 관련. 임프린팅을 끄면 seed사이즈가 바꼈다고 저번 수업에. 

1. origin of imprinting : 왜 임프린티드돼었을까? 

 - igf2 gene, blue is intacter. Matternaliy Expressed Gene. 노란건 아빠로부터 오고 파란건 엄마에서 온다. one is from mother, . 

 - igf2 receptor (blue) mutated 랑 igf2 mutated 했을 때 결과가 뭔가 다른데, 

 - 오 아빠는 자신의 더 나은 형질을 자손에 주고싶어하고, 엄마는 영양을 자신의 생존에 더 쓰길 원한다. (이 가설상) 아빠껄 끄면 자손은 작아진다! 엄마껄 끄면 progeny 가 막 커진다고!

2. imprinting has evolved in mammals and flowering plants : 다른곳은 모르겠고 오직 Endosperm 에서만 이게 영향을 보였다고

3. angiosperm reproduction : microspore는 hetero. 

 - 

4. development of male and female gametophyte : 뒤쪽 내용을 위해 핵심.

 - Arabidopsis t : 2 * 5 Genomes. 

 - meiosis 이후에는 n 마이크로스포어가 된다. 즉, 한쪽의 크로모좀만 가진다 5개. mature pollen 은 대부분 다른 식물들도 3개의 cell 을 가진다. vegetative nucleus + 2 sperm cell. (3 celled male gametophyphyte)

* 특정 식물은 1개의 Vege cell 과 1개의 generative cell 을 가진다. 하지만 Bestäubung 에서 이 gc 가 2개의 sperm cell로 바뀐다.고.

 - materaly 는 좀 다르다. central cell 은 2 nucleus 를 가진다. 이건 근데 센트럴 셀은 2개의 핵을 가졌으나 1개의 cell로 카운팅되기에 이건 7 celled 다. 폴리가 잘못됨

5. double fertilization : 퍼틸라이제이션 되면 Endosperm 은 3n triploid 이다!! 씨앗 seed (zygote)는 2n diploid 이다. 이 엔도스펌의 숫자가 중요

 - Endosperm에서 대부분의 epigenetic activation.

 - PEG : 사일런싱시키는데 엄마껄 사일런싱 시킨다. H3K27. 근데 항상 이녀석이 demethylization 시키진 않음

 - MEG : 모든 엄마가 백프로 사일런싱 시키지는 않는다? 케이스마다 다르다?

6. Summary of genomic imprinting (1) : 아까봤듯이, central cell (2n) + sperm cell

 - PRC2 는 3가지가 있는데 MEA (materal), FIS2 (materal) 이 두개는 엔도스펌 사일런싱에 관여한다.

 - FIS 가 있다고 항상 백퍼 사일런싱되는게 아니다. Dosage 와 관련. 그래서 여기보면 빨간 엄마쪽은 여전히 expressed 

 - 아빠쪽은 사일런싱됐다. 즉, MEG 그런데 좀 특이한 케이스. 하나만 됐으니까. 아빠쪽은 디메틸레이션된거나 

7. summary of genomic imprinting 2 : 이 경우엔 FIS 가 늘었다. 게다가 아빠쪽에도 H3K27이 생겼음에도 사일런싱

8. summary 3 : MEG 여전히. 

9. summary 4 : PEG. 

 - how can we identify imprinted genes? no diffent with sequence! 매핑과 비슷한 전략으로 할 수 있다. embryo, endosperm 이 섞인 시드에서 endosperm만 분리. 이게 왜 가능하냐면 3n 은 엔도스펌만 있으니까. 

 - 구체적으로 하면, A 에서 온 유전형(파란색),  B (노란색) 이 합쳐진 3n 을 비교하면 파랑 노랑 차이를 통해 PEG, MEG 비율을 찾아낼 수 있다? 이게 첫번째 방법 - 이거 로빈한테 다시 물어보기

 - during reproduction epigenome differently activated?

10. Silencing in trags : example of materal Methylation

 - some small rna can demethylate : 

* 3가지 디메틸레이션 : CG, CHH, CHG 이거 시험이라고.

11. paramutaion : rna demethylation 의 한 유형. 

 - 퍼플(female), 그린(male) 중 어느게 발현될까? 어떤 색깔일까 : 멘델 유전학이라면 퍼플이지만 에피에선 그린!!

 - 디테일 : 멘델이라면 섞인 알렐 퍼플+그린 이 F1 allel. 이 두 sequence 는 같다! 단지 male이 디메틸레이티드됐다는 것만 다르다. 그래서 둘 다 사일런싱된다고!!

12. Resetting eh epigenome : vernalization 중 PRC2 에 의해 K27 가 FLC를 사일런싱시켜서 윈터 후에 꽃이 필 수 잇다.

 - 이걸 Epigenetical Resetting or epigenetical reprogramming 이라고 한다.  

13. in animals, imprinted genes are reset during gametogeneis : paternal 은 디메틸 됐으니 zagote 는 imprinted.

 - 오십프로 사일런스, 오십프로 표현되어야 한다. 상식적으론. 에피가 없다면...

 - 근데 어떤 애들은 백프로 발현되거나 어떤애들은 백프로 사일런싱되ㅣㄴ다. 이 구분이 되는걸 resetting or reprogramming

 - 이 과정은 gameto 만들 때

14. the heterochromatin fraction: 시험! 이뮤노스테이닝으로 centrometrical 리젼과 아닌거 구분가능 이거말고 하나더 있는데 

 - condensation of chromatin 은 엔도스펌과 엠브리오 에서 서로 다르다!

15. DNA in endosperm is ... : 위의 증거

 - aerial 은 mature leaf 를 말한다. 즉, 메틸레이티드된 녀석

16. transposons in pollen : 안에 안채워진게 디메틸 안된거.

 - purified 는 그냥 스펌셀만 있는거고 (더 채워져있다 = 더 메틸화됨), total pollen 은 endosperm 까지 포함

 - sperm은 meitosis 를 통해

17. DNA methylation dynamics during : GG, CHH 메틸레이션 각 스테이지별 비교

 - during Pollen development 에서는 연구가 많이 됐는데 그 이유는 Sequence 를 갖고 우린 연구하는데 폴렌은 isolate 하기가 상대적으로 쉽지만 Femail gametes 는 분리하기 어렵기 때문이다

18. the role of small RNAs : 

19. chromatin dynamics : grenn is not condensed, red opposite

20. epigenetic changes during at re : quite different expression

 - dME : dna methylation, cc : central cell

* why, how epigenetical imprinting happen

[epigenetic variations in interspecies and interploidy cross]

post zygotic Hybridization barrie, after fertilization 에 대해서 말을 할 것이다. 

1. reduced hybrid fertility : interspieces hybridization. 

 - mule 은 크로모좀이 한개 더 많아서 sterile

2. hybrid breakdown : heterosis 다음에 개박살나는거

 - 폴리플로이디 방법 2가지 : whole genome dupli

3. double fertilization : sperm 이 tetra 되면서 endosperm이 4n 이 되는거. 그래도 결과는 3n 

 - 

4. seed development in At : 

* 우리가 먹는 크롭은 엔도스펌을 먹는거다. 엔도스펌이 다 달라서 맛이 다른거.

5. interploidy Crosses : 좌상단은 materal ploidy cross , 제일 오른쪽은 아빠

6. Endosperm-based postzygotic hybridization barriers : 각 케이스마다 시간대별 양상

 - crop 이나 At 이나 이 양상은 비슷

 - 이 결과는 genomical imprinting 의 가설과 매우 유사하고 실제로 그러했다

7. Triploid block usually results : 이게 모든 tetra가 diploidy 가 안된건지에 대한 답이다! 이 둘은 매우 매우 비슷하지만 이 3n block(씨앗이 개판되는거) 덕분에 tetra가 diploidy 와 교배되어 다시 2n이 되는 것이 막아지는 것

8. Paternal Excess interploidy crosses : paternal excess 는 더크지만 endosperm 이 제대로 안형성되고 이상한 액체만 남아있는걸 볼 수 있다.

 - spieces specific 하다. 영 다르다

 - Col : 콜럼비아 accesstion 아라비돕시스

 - Ler 라즈버그 아라비돕시스

9. Triploid admetos seeds are viable : 3x wt 는 2n col * 4n col -> 3n col, 90프로가 맛탱이가 감

 - admetos 라는 유전자를 mutate 하니까 3n 도 잘도 살아남더라.

10. Development of admetos seeds : 

11. paternal adm rescue the .. : col * 4n adm 에서 col 이 maternal 이다. 즉 admetos is PEG

 - 즉 ADM 

 - osd1 을 4n Col라고 생각하면 된다.

12. admetos 는 FLC 이런것과 다르게 아직은 function unknown gene 이다. only known as sequence

13. ADM interacts with AHL10 : repressive, 즉 k9 or k27. 실제로는 K9

14. triploid ahl10 : 

15. ADM -AHL10 increase H3K9 : 실제로 3n endosperm 내에서 늘어난 걸 알 수 있다구

 - first example of polyploid eipigenetical modification mechanism

16. CG methylation :  

* 시험 : CHH는 small rna related 즉 . CG 는 propagated during DNA replication 즉 meitosis, meiosis에서도 유지될 수 있다구. 어디 dependant 이런 형태로 답변이 있는 폴리있다고. 이거 시험

17. bypass of Seed Abortion by Hypomethylatioin : 이건 PEG 이 아니고 met1 의 Sperm 의 영향이라는데.

 - AHL10, adem 은 Endosperm 관련이고 met은 sperm related

18. Genome-Wide DNA Methylation changes : 

19. 결론은, 3n kill 하는데 DNA MEthylation 도 histone methy 처럼 큰 역할을 한다는 것이다. 

20. RdDM methylation pathway : only pertanal

 - 위에 까지가 inter ploidy

21. Interspeicies : genetic value 관련은 가설과 관련된 그냥 값을 의미한다. 특별한 의미는 없다.

22. 우리의 가설은 SI 도 epigenetical results 라는 것. 그래서 SI 인 녀석과 다른 SI 아닌 종을 섞어섞어

23. Hybrid seed incompatibility : 

24. Endosperm Balance Number  : post zygotic hybrid barrier

 - 가설이 맞다면, Inbreeding 되는 Arten은 아닌 녀석에 비해 imprinting이 덜 되었을 것이다.

25. imprinted genes associate with : PEG 의 역할을 다시 일깨워주는데, 3n rescue 에 큰역할한다는 것.

26. 

 

[6강]

복습

1. DNA in endosperm : 디메틸레이션 수준 그래프. 

 - endosperm has less demethylation than embryo

2. Transposons : 

 - how many nucleos mature pollen : 여기서도 디메틸레이션 레벨은 다르다. 이 그래프에서 확인가능. vegetative 와 sc 에서 확인가능, 스펌이 more 디메틸레이션 . 훨씬 많이 채워져있다.

 - male Pollen 은 Sperm cell , vegitative 로 나뉘는데 sperm 이 fertilization에 쓰이고 vv는 단지 support.

 - female : cc + ec. 여기서도 마찬가지로 egg cell 도 cc 에 비해 디메틸레이션 높다. 즉, mature tissue에서는 덜 사일런싱 = 더 많은 expression

* DNA메틸레이션은 사일런싱에 관련 (익스프레션이 아님) 

3. Transposons are specifically : 위의 말을 뒷받침한다. 

 - 여기서 초록색 부분은 vegetative 파트다. 성체보다 더 많이 gene 이 발현됨을 알 수 있다

 - 14000 개의 gene 이 At 성체에서 익스프레션되는 반면 

4. Endosperm-based postzygotic : Ploidi barrier 는 pre + post 둘 다 가지긴 한다. 아래 설명은 phenotype

 - post : 엔도스펌 developmet 는 서로 타이밍이 딱 맞아야 한다. 너무 일러도, 너무 늦어도 망함

 - balanced parantel : 2n+2n 

- higer maternal dosage 는 4n + 2n

 - higher parental : 2n + 4n, 엔도스펌이 제데로 못발달 -> collapsed (엄마 케이스에도)

* early stage of At seed : Endosperm nuclear 가 작게 작게 잇다 (이게 커져서 EC). 

5. Expression of imprinted genes : molecular explanation.

 - triploid 에서는 (4n+2n or 2n+4n) 

6. epigenetic regulation in the : 3개 전부다 admetos (silencing) 에 연관

7. endosperm-based postzygotic hybridization barriers : 서로 다른 species (or sub-spiecies) 에서는 이와같이 서로 genetic value 가 maternal, paternal 상이한경우 서로 벨런스되면 hybrid 성공

8. EBN : different genetical dosage 라고 표현한다ㅏ. ebn 이 같아야 된다

 - diploid 2n (same ebn) + diploid 2n (same ebn) 이면 썩쎄스

 - tetraploid 4n (ebn 1) + diploid 2n (ebn 2) 도시지가 맞으니까 요것도 된다고.

 

Small RNAs = sRNA (miRNA, noncoding RNA, SiRNA...)

1. DNAm + histon methylation + Chromatin me(이건 너무 어려워서 별로 안했다) + SiRNA (스트레스 반응과 관련. 이번에 할거임)

1. What are small RNAs? 

 - mRNA 에 집중해서 말할거임. 

  과정은 3가지. DND surpress or degrade DNA or Protein

2. Small RNAs are siRNAs, .. 

 - siRNA : dgrade

 - miRNA : have own promoter, post transcriptional gene

 - phasi/tasi RNA : secondary RNA, 이말은 miRNA 가 이들을 만든다.

 - miRNA, phasi, tasi는 펑셔넌ㄹ similar

3. small RNAs can be derived : about structure. 어떻게 이 RNA 만들어지나

 - RNA 에서 reverse  어케해서

 - double stranded RNA : dsRNA. 너무 깊게는 안들어갈거다

 - haripin, ds RNA 이 둘이 small RNA origin

4. history : the discovery of small RNAs : 

5. manipulation of calcone synthase expression : transgene silencing plant 의 first example

6. hypothesis : 

 - sense / antisense : 시작코돈 ATG -> 스탑코돈 TGA 방향으로 가는게 sense. 그반대

7. surprisingly : 

8. silenced tissues : 

9. Co-suppression is : 위의 결과로부터 siRNA 기작 중 하나 밝혔다?

 - sense 가 small RNA 를 만듦 -> 만들어진게 transgenic 과 endogenous 둘다 surpress

 - 이건 paramutation 과 매우 유사하다고.

10. RNA-mediated DNA methylation : transformated PF 로 실험. 

 - Aa, Bb.. 멘델이라면 25% 씩 딱 나눠질텐데 안그렇다고

11. transcriotional gene silencing : 

 - 35S pro (promoter) : 바이러스에서 온 프로모터. 아주 강력해서 거의 모든 생물에서 발현된다. 여전히 많은 베이스 실험에서 쓰인다.

12. Studies of viral resistance in plants : gene for gene hyphothese????

13. viral resistance involves siRNA-mediated silencing : 

 - infection induced RNA silencing : 

14. samll RNAs contribute to viral-induced gene silencing (VIGS) : 

 - this small RNA represses replication of virus

 - VIGS는 아주 유용한데 왜냐하면 만들어진 small RNA 는 다른 잎에서도 발견되는데 그 말은 small RNA가 식물 내에서 생산되어 움직인다는 것이다. 즉, temporary 

15. Studies in C. elegans provided evidence of small RNAs : miRNA 는 mammal에서도 유용하다구

16. C.elegans studies also showed : RNAi (interference) 기술과 관련

17. historical studies : summary

18. the biogenesis of small RNAs in Plants : 모든 small RNA 는 기본적으로 double stranded RNA에서 시작(비록 hairpin 도 있지만서도)

 - MIR gene : micro rna gene

 - process 는 왼쪽에서 오른쪽으로 간다고.

19. Enzymes and proteins involved in small RNA biogenesis and function : 모든 small RNA가 이렇게 진행되지 

 - DC 는 포유류에서 온 dicer 라는 프로틴. DCL 은 식물이 갖는 비슷한거. Dicer Like

 - AGO : like Transporter. 

 - DCL, AGO different 한 녀석들이 small RNA진행을 위해 필수적. 요소 알아놓을 것

20. Plants have additional.. : miRNA, small RNA의 차이를 보여주는 첫번째 폴리

 - RNA plymerase 2 가 miRNA 에 필요한 이유는 miRNA 도 miRNA gene에서 만들어지기 때문

 - RNA plymerase 4 는 upstream이고 5 는 down stream

21. RNA-dependent RNA polymerase : 이말인즉슨 이 polymerase는 DNA 로부터 만들어지는게 아니라 DNA 로부터 만들어진다는 것. 

 - 시작 : single RNA virus 

 - 2번째 : replication 된다. 

 - 3번째 : DCL

 - 4번째 : AGO )Transporter) 가 옮긴다. 

 - 5번째 : RdR(식물에선 보통 이렇게 p없이 부른다) 의 목적은 single stranded -> double stranded

* 각각의 small RNA는 별개의 크기 21, 22, .. 를 갖는데 그 이유는 processed DICER 별로 사이즈가 중요하기 때문이다.

23. DICER and DICER-LIKE : 

24. miRNAs and siRNAs are processed by related but different DCL proteins : 서로 다른 식물은 서로다른 DCL

25. HEN1

- Uridylation은 다른 형태의 Modification : https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28984054

26. Argonaute protein : 그 다음 단계. 문어종류 처럼 생겨서 argo

* 각각의 식물, small RNA는 diferent Polymerase, DCL, RdR, Argo 가 필요하다. 

27. There are several AGOs with diferent fuctions in plants : 

 - AGO4 의 우측하단 설명의 

DNA Methylation 을 의미한다.

 - dNA double stranded break -> AGO2

28. the biogenesis of siRNA, .. : phasi 는 시작단계 구체적으로 설명 안했다. 그냥 넘어감

29. MIR genes are...

30. phased siRNA : tasi, phasi는 꽤 비슷한데

31. several phased siRNAs are derived : 

32. several phased siRNA : 다른 small RNA 와 phasi, tasi RNA 의 가장 큰 차이

 - 다른건 한 gene에서 한개의 rNA 가 생성되지만 phased 는 1 gene 에서 several RNAs가 생성된다.

 - 파지 타시의 차이 : TAS gene 은 다른 곳에 타겟으로 가지만 phasi는 만들어진 후 스스로 다시 silencing 시킨다.

33. viral siRNAs are produced in two ways : 메커니즘

34.  viruses have suppressor proteins : gene for gene hypothesis

35. small RNAs are critical for : AGO2 protein 이 바이러스 저항력에 필요하다는 말

36. a viral suppressor protein in action : suppressor protein이 transgene silencing 도 동반한다는 말씀

37. summary: 앞에서 한거 한번더.

38. biological functions of small RNAs : 

39. samll Rnas maintain transposon silencind 앞에 한거 또한다고

40. 

41. samll RNAs can be mobile and function non-cell autonomously : siRNA or viral siRNA 는 식물 내에서 움직일 수 있다 이말이야.

 - 아래는 dcl mutant (small RNA not produced) 이고 위는 WT. 둘을 접붙이면 뿌리에서도 siRNA가 나중에 발견된다. 즉 siRNA 는 움직인다 이말이야

42. companion cell transposon activation silences TEs in gametes : 

 - vegetative nucleus (Pollen 은 vn 와 sc 갖는데) 에서 small RNA 생성 * dNA 메틸레이션은 반대였지 . sc 에서 dna 메틸레이션이 높고 vege 에서 낮고. 

 - 근데 베지에서 생성된 small rna 는 움직일 수 있어서 sc 로 가서 실제로 여기서 silencing 한다. 즉 목표는 sc

43. similary, TE activation in the central cell : 

44. mobile small RNAs contribute to developmental ptterning : 

 - patterning : differenciation of cells 는 모두 epigenetic 의 영향인데 더 구체적으로는 small RNA 덕분이다 이말이야!! 너무 과장된 것 아닐까 이 설명? 왜 같은 식물 잎에서 유전형은 같은데 다른 구조를 가지냐가 전무 에피제네틱이다? 기존의 시스템적으로 각인된 dna 영향은 여기서 지나치게 축소된 것 아닐까..?

45. miRNA 다 이말이야!!

46. 위의 설명 Leaf polarity  PHB, miR166 : 잎의 형태 (분화의 형태) 가 miRNA 영향이라는 증거

47. in roots : 뿌리의 각 부분을 분석해보면 completely different transcription pattern 이 확인된다.

 - 결론 : miR166 은 PHB(즉, PHB 가 target) degradation 을 regulation하기에 이를 통해 뿌리 분화를 컨트롤한다

48. miRNAs

49. Small rna are involved in the control of vegetative phase change : 아라비돕시스는 juvneil과 어덜트의 형태가 잎의 양 정도밖에 차이없어보이는데 선인장 이런녀석은 완전 다르다고. 그리고 이것도 miRNA 느님이 다 하셨다 이말이야

50. the miRNA miR156 is elevated in juvenile : 시간이 흐름에따라 잎의 miR156 양은 줄어든다

51. miR156 targets SPL genes, promoters of phase change : 성장과 miR156 의 correaltion 을 입증하는 과정

52. miR156 is necessary and sufficient for maintenance of juvenile phase : 

* 이걸 이용해서 항상 어린 녹차만 수확할 수 있도록 조절할 수 있을까?

53. 중요 : miRNA 는 어릴때 존재하고 이게 degraded될 수록 성체 구조로 differnciation 된다.

54. trans-acting siRNAs act in trans : 

55. .. 넘어감

56. reproductive phasiRNAs have been : steril 종자에서 신기하게 특정 phasiRNA 가 연관되어 있는 듯

 - Fertility 와 phasiRNA 가 직접적 연관되있다는 증거는 없지만 연관은 있어보인다.

57. miRNA 에 의한 target (PHB처럼) degradation 막는 여러 방법 : 3가지.

 - 1. mimic : 비슷하게 생겨서 타겟에 붙으나 사일런싱은 안함

 - 2. antisense miR : original miRNa 에 붙어서 없앤다

 - 3. 뭐였지

58. 예시 exogenous miRNA target mimics : 

59. IPS

60. samll RNAs participate : 계속 예시들. 

62. Small RNAs move between plants and pathogens, symbionts, and herbivores : 

 - fungal 이 공격하면 small RNA 는 식물에서 바이러스로, 바이러스에서  식물로 간다. 서로.

 - HIGS (host-induced gene silencing)

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

- Nematode : 선형동물

- etabilieren : 

- Kleegras :

- Wintertriticale

 

[Fruchtfolgeanbau in ÖL]

1. Arten der Brache : Grünbrache

 - schon benutzt für Ackerbetrieb um Stickstoff zu erzeugen

 - Winter-zwischenfruchtanbau : 

 - Sommer-zwischenfruchtanbau : 

 - Einflus auf den Besat mit Nematode : PF , PI, Stickstoffkonservierung, 

 - N pro kg : in konventioneller Landwirt 는 zwischen 5-8 Euro (엄청 비싼거라고!!), bei Zwischenfruchtanbau 로는 6 Euro 정도. 어느정도 의미를 가질 수 있다. 금전적 이득이 발생한다고! 

 - Unkräuter- Funktion : Kartoffel 의 경우 Untersaat 과 Unkraut 썼을 때 Trockenbiomasse 비교. 왜 이게 signifikantes Biomasse?

 - Tonnegetreide 400

2. Fruchtfolgebeispiele im ÖL : Kombinaiton

 - 왜 : Erbse 는 보통 WW 보다 더 Stickstoffinhalt가 높다

 - WW, SW : 차이를 뭘 말했는데...

3. Kleegras, WW 하고 B

 - 여기 나오는 녀석들이 각자 Blattfrucht, Besässerungsfähig,  등에 역할을 하는 듯

4. Fruchtfolgesysme aufzuweichn : konventionelle Betrieb ÖL umstellen 하려면.

 - 바꾸는 동안에는 Futter-Produktion 으로 사용하는 것이 필요하다. 

5. noch Beispiel im leichteren Standort

 - Hafer, Untersaat Leguminosen... 뭔가 다양한 대화가 오갔더랬다..

 -  표에서 - 는 Rückgang 의미. 벌써 끝나버림 ...

 

- Stoppelbearbeitung : 목표는 Kräuter nicht auskeimen

- Umbruch : 

- pflügen : 

- schälen, eggen, pflügen

- Grubber, Stoppelhobel, Rototiller, Kontrolle

- ohne Vieh / mit Vieh 

- Unterkrume

- e Krume : top soil

- Herbst, Frühjahr flach

- Untersaat (US, Weißklee, Erdklee)

- Direktsaat : 

- Mulch, Gewalz, Strohdecke : 

- Saatbeet : 

- Saatstärke : 

 

[Bodenbearbeitung]

1. Systematik der Bodenbearbeitung : 

 - Stoppelbearbeitung : 애들이 어마무시하게 예시 말하는중..

2. Werkzeuge : direktsaat 은 약간 예외상황인듯?

3. spezielle Geräte im ÖL : abtrocknet, ebene Fläche(Bodenfläche) (평평해야한다) 이게 이 기구의 Voraussetzung

 - 빨간 기구 : Ackerfräsen. ganz Flächen schneiden. 돌은 별 문제가 안되고, 문제는 속도가 느리고 kraftaufwendig... nicht gut.

 - Geohobel 크고 펠트 : Spartplattten?  역할은 섞는 것. 

 - Kreiselegge : Ackerfutter 등 흙의 윗부분을 섞어주는 듯 Schneidereffekte. 장점은 Saatwettbereitung 비료랑 같이 쓸만한듯? 

 - Schälpflug, Drehpflugbauweise : 8-10 cm Schnittbreite 를 갖고 섞어주는 ÖL 의 Klassische Maschine. 10cm pflügen kann 어쩌고 다음 사진에서 설명. 이녀석의 또 다른 장점은 sehr sichere Ackerfutter vernichten mit dem Schälpflug

 - Stoppelhobel : Wendeeffekte beschränkt, 왜냐면 사진에 보이듯 Schneider 가 위쪽만 샤샤샥 정리하니께

 - Zweischichtpflug : 

 - Dammkulturgeräte : intensive Bodenbearbeitung / Bodenmischung. mit Kettenelemente, mehrere Arbeitsschichte 를 통해 여러번 

4. Spezielle Geräte : Arbeitstiefe 별로 분류. 

5. Bodenbearbeitung und Verunkrautung : 기계 4개 이용

 - Schälpflug 한 경우가 가장 sauber

 - Wirkung verschiedener Bodenbearbeitungsgeräte : 

6. Reduzierte Bearbeitung im Ökolandbau : Bergmann 실행 실험 über Luftkapazität

 - Luftkapazität 은 기본적으로 8 는 되야되는듯

 - langjährige Versuch 에도 불구하고 integriert 와 strukturelle 차이가 딱히 없다는게 여기서 의미

 - Vieh (Humus) 의 함량과 영향 : 높을때의 장점은 단순, Stickstoff!! 를 토양이 갖고있다는거. 계속 여러 그래프로 나타내는 중. 

 - Unkrautdeckung im dritten Jahr : Schweiz 의 실험. 아래 Deckung gesamt 를 보면 reduzierte Intensität 으로도 실상 큰 차이는 없다는 것을 의미하는 듯. 더욱 ökologisch 하다 이말이야. 꾸준히 비교하는 중. Unkräuter 를 썼을 때와 안썼을 때도 뭐 비슷

 - relativerträge zum ... : frühes Pflug 의 장점 또는 영향? 감자에 대해선 꽤 큰 역할 확인가능

 - Erträge(unten) unter... : 여기서도 Humus (vieh) 유무로 실험을 설계한다. 왜 이 둘의 차이가 유효한가? Kartoffel 을 보면 Mais가 왕 필요한건 sehr viel Wasser. 이게 다른 애들과 가장 큰 차이 . 다른 애들은 vieh함량이 Ertrag에 keine große Rolle. 또한 Wintergerste를 보면 Winterweizen과 Vieh 에 따라 정 반대. 이유는 Pilzkrankheit. 즉, 앞의 상황과 이유가 다르다. 

 - Winterweizenertrag : landwirtschaftliche Betriebe 는 konventionelle Bodenbearbeitung 은 Schmidt, 2010 에 나타냄

 - Zusammenstellung verschidener Versuche mit Differenzen der Druschfruchterträge : 

7. Spezialfall Direksaat : ohne Bodenbearbeitung. 이 생각은 미국서 시작. Sojabohne und Mais Saatzeitpukt 는 Ende April. Unkrautbekämpfung mit Direktsaat

 - Auswirkung von Gerstenstrohmulch auf ... : Stroh 6 Tonne를 추가하면 ohne Beikrautreg 에 비해 확실히 Unkrautdeckung 반정도로 줄기도 함. 하지만 문제가 있는게, ökologischer Landbau 에서는 6톤의 Stroh 를 gesamt Ackerfläsche 에 gleich decken 하는건 너무 어렵다.

 - Abundanz verschiedener Unkrautgruppen : 

8. Aussaat : Saattermin 을 차이를 두고 관찰. 단점도 있는게 Bestand der PF nicht fest 할 수 도.. spät gesääte Weizen 은 nicht konkurrenzfähig 인듯. 안확실

 - Einfluss des Saattermins .. : 이걸로 알 수 있는건 Aussaat 을 건드리는 건 Kulturart, Bedingung을 잘 따져야 한 다는것.

 - Einfluss des Zeitraumes zwischen.. : falsches Saatbeet (Scheinbestellung ) 이유는 잘 모르겠음. 단점은, Wasserverlust, PFschutz, 그리고 Zuckerrübe 를 생각하면 떠오를 수 있는건 Hauptargument 는 verkürze Vegetationszeit. 

 - Einfluss der Saatstärke : 

 - Massenbildung : Konkurrenz 와 뭔가 영향, 

 - Standraumvarianten beim Getreideanbau : Bandsaat 는 nicht so üblich, Weitsaat 는 왕 띄엄띄엄. Erbse 사진은 매우 ideal한 경우라고.

 - Erträge (relativ) von konventionell .. : Winterweizen을 심은 거리에 따라 보자면, Lageranfälligkeit 와도 연관. 우선, Auswindwiederständigkeit, Krankheit an Jungphase, 

 - erträge (86%) und Feuchtklebergehalt : kf (keimfähigKörper). wenn ich zu wenig PF habe, 이런경우의 Risiko - 

 

* Winterroggen ist bestockungsfreundlich, 너무 일찍 gesäat 하면 Viren, Blattläuse 등에 위험, 동시에 kann unglücklich sein, 

 

- gezogen, abrollend, senkrecht / horizonral rotierend,

- ZW-Antrieb :  

- klassische Zinkenstriegel

- Wurfbreite : 

- Gänsel Fuß Schar

- Reihenfräse :

 

[mechanische Unkrautbekämpfung]

1. Unkrautbiologie : 

 - Unkrautsamen pro m² : 스위스에서 시행된 아주 유명한 실험. 약 19년간 실행

 - relativer Getreideertrag : Ertrag 과 Unkrautstufe 연관은 사실 좀 의문이 있다. Interpretation 을 좀 하면 로그함수를 그려야된다고 생각해야할 듯. 즉, 초반엔 Ertrag wenig betreffen. 오른쪽 그래픽을 보면 또 알 수 있는 건 Unkraut를 통해 potentielle Krankheit 를 제거하는 효과도 있지만 또 중요한건 Ernte 의 Vorteil (Reinigung anderer Blätter, usw)

 - Hauptkeimzeit und Entwicklungsdauer : 이 Kalender 의 Keimzeitpunkt 를 참조하여 시행

2. Übersicht indirekter Maßnahmen : 

3. Geräte und Verfahren allgemein : 

 - Zinkenstriegel : mit Stahl, Zinken (갈퀴같은 느낌) 으로 oberfläschliche Boden 긁는다, 

 - Rollstriegel : Zinkerädder 로 드르르 긁는다. 이전에 Zinkenstriegel 의 verbesserte Version. selben Wirkungsmechanismus - 3-5 cm obere cm kratzen + verschütten Unkräuter (잡초들은 작기때문에 verschütterung 이 아주 유효하게 작용)

 - Bekämofungsversuche mit einem Unkrautstriegel : 4km/h 에 비해 6 으로 했을 때 훨씬 큰 면적이 작업된다. 

 - Wurfbreite des Bodens beim Striegeln : Anstellwinkel 은 90° 가 최적.  

 - Erfolg der Unkrautbekämpfung in Erbsen : je enger der Strichabstand 이지만 최적은 또 적당한 속도. Stiegel 을 통해 Unkräuter 제거되는 기작은 Wurzelsystem 근

 - Anteil der durch eine ... : Polygonym... 이게 lieblingsUnkräuter라고. Wink knüderlich. 근데 Striegel 의 단점이 여기 나와있듯이 noch Keimenergie 를 갖고 있는 상태일 수 도 있다. 

 - glassische Gänsefußschar : 잡초의 너무 위를 자르면 다시 자랄 수도 있고 너무 아래를 째면 그 다음날 비오거나 하면 개체가 계속 생존하기도. 4cm 가 적절한데 여길 끊으면 아주 죽는다고.-Hackmaschine : 

 - Maschinenhacke mit GPS : 여기에 

* das ist einbisschen differenziert

 - mit speziellen Spurrädern : pro - , contra - Erosion, 

 - Rollhacke mit Dammstriegel : 여기 쓰인 Dammstriegel 은 대표적인 Kartoffel Unkrautarbeitzeug, 그리고 Einsatzgrenze 는 식물 크기

 - Tellerhacken gewährleisten .. : 

 - Bürgelhacke : Gemüsebau 에 유용,

 - BUSA-Rollhacke und Reihenfräse :  

 - Bewertung des Einsatzes von ... : 어디에 어떤 기구가 적절할지에 대한 서술. 나중 Hausarbeit 쓸 때 매우 유용할 듯. 여기서는 전반적인 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

[Hierasch Cluster]

 

[Übung1]

1. cDNA Micro-Array : cDNA Collection -> Array Preperation : 

- Schwierigkeiten, Limitierung(논문에 나와있다고 함) : Fehler bei Positionierung von Roboter (정확하게 이해는 안되지만 그럴 수 있다고함), Bereitstellung der Farbstoff, Expression Grenzewert, DNA가 서로 붙어버려 Farbstoff 가 안붙어서 있음에도 Auswertung 이 안되는 것, 

2. RNA seq : Ilumina 같은 NGS 을 말하는 듯. 

 - 가능한 문제점 : 5 reads 처럼 뭐가 너무 gering 하면 결과가 잘 안나올 수 도 있다는 듯, 

3. 둘의 Gemeinsamkeit : 둘 다 Referenzgenom von Organismen 갖고 있을 때 가능, 로빈이 답함, 

4. 둘의 차이? 하나는 Normalverteilung 어쩌고... 하나는 Fluoreszenz Stärke 로 확인하고, 

Bash Skript-Sprache

https://blog.naver.com/aries84/220338118102

 

 

 

- Zuweisung : 

- r Zugriff : 

 

[Intro_R]

30. Vektoren : c 를 통해 Vektor 표시. R 의 데이터 베이스는 Vektor 라고.

31. 아래는 표현가능한 Variante. 

32. NA 가 나타나지않도록 일찌감치 잘 파악하는게 중요하다는데 뭐라노

33. 0 은 ignoriert werden

35. negative Indizes : 

 - positive / negative Indizes 를 섞는건 안된다.

37. Logical : 알에 많이 익숙해지면 우리가 왕 많이 쓰는게 Logical Vektor 라고.

38. 이 조건을 걸고 찾아내는게 아주 많이쓴다

- wenn zwei Vektoren benutzt wird, die verschiedene Länge haben, dann wird kürzer recycled

- x<-5:10, y<-1:3 이 때 y 은 3 Elemente, x 는 6 Elemente. x+y 하면 y을 두번 반복해서 더한다고.

39. Names : Zuweisung 

 - 없는 Elemente 를 zuweisen 하면 NA 로 나타난다

41. seq und rep : 수열생성

https://m.blog.naver.com/PostView.nhn?blogId=coder1252&logNo=220952289447&proxyReferer=https%3A%2F%2Fwww.google.com%2F

 - seq 는 by 를 쓸 때 반드시 Ganzer Zahl 일 필욘 없다. 0.2 이런것도 가능

42. Vektorarithmetik

 - sqrt : Wurzel

 - ^2 

 - fast alle mathematische Funktion

43. rnorm : 표준정규분포화된 랜덤 숫자 100. 잘 이해가 안감

 - order : das liefert uns sortierte ... 

44. Vektoren von Strings : paste 도 우린 많이 쓴다고. 

[Funktion R] 

1. Max

2. Deklaration : 

3. Defaultwerte : defaults

4. Attribute : Names 랑 별 차이없다는 듯. nicht regelmäßig verwendet werden.

5. Arrays : Vektoren mit Attribut dim

 - Matrix ist Array mit zwei Dimensionen

 - 예시 : matrix(x,nrow=2)

6. Array - Matrizen anlegen

7. Array - Zugriff : Selektion.

 - manchmal praktisch

 - Array mit Indexvektoren

8. Arrays - Kombinaiton

 - Konstruktion mit cbind, rbind. 자주 쓰인다

 - z.B) cbind(4:1, 1:4), rbind(4:1, 1:4)

9. Arrays - Rechnen mit Arrays

10. Arrays - Matrix-Operationen

 - Matrix-Multiplikation : x%*%y

 - Diagonal-Matrix : dig

 - upper.tri()

11. Listen : Übung에서 필요하다캄

#[R3]
#81  1999년 최초의 Bioinformatik mit Micro array 로 시작되었다는 듯. 마이크로 어레이는 생각보다 싸서 아직도 많이들 쓰인다는 듯. 
전제는 mRNA 크기가 유전자 활성에 유의함을 갖고있다는 것. 다양한 Fehlerquelle 가 있다고.  
#84
3_golub<-read.table(3_golub) 
read.table()

plot(golub[[3]])
plot(golub[[3]],t="1")
plot(golub[[3]],t="1",axes=F,xlab="",ylab="expression")
axis(side=1)
axis(side=2)
axis(side=1,at=1:10,labels(gobub[1:10,1]))
# 아래 레이블 각도 조절
axis(side=1,at=1:10,labels(gobub[1:10,1]),las=1)
axis(side=1,at=1:10,labels(gobub[1:10,1]),las=2)
axis(side=1,at=1:10,labels(gobub[1:10,1]),las=3)
#87
par( "mar")
# 기본 입력값이 출력됨
par (mar=c(10,4,4,2))plot(golub[[3]][1:10],t="1",axes = )
#Histogramme
hist( golub[[3]])
par(mar=c(5,4,4,2)+0.1)
hist(golub[[3]],freq = F)
hist(golub[[3]], probability = T)
# 더 자세하게 쪼개려고 하면 브레이크로 간다 근데 항상 정확히 먹진 않아
hist(golub[[3]],freq = F, breaks = 20)
hist(golub[[3]],freq = F, breaks = 30)
hist(golub[[3]],freq = F, breaks = 50)
hist(golub[[3]],freq = F, breaks = 100)
break<-seq(min(golub[[3]]),max(golub[[3]]), length.out = 30)
hist(golub[[3]],freq = F, breaks = breaks)
a<-seq(min(golub[[3]]),max(golub[[3]]), length.out = 30)
lines(a,dnorm(a, mean = mean(golub[[3]])), sd=sd(golub[[3]]), col="red", lwd=3)
hist(golub[[3]],freq=f,breaks=100)
plot(density(golub[[3]]), bw= 1)
plot(density(golub[[3]]), bw= 0.1)
plot(density(golub[[3]]), bw= 0.01)
# 이젠 히스토그램과 굉장히 유사해짐
plot(density(golub[[3]]), bw=0.1)
plot(density(golub[[3]]), bw=2)
plot(density(golub[[3]]))
line(density(golub[[4]]), col="red")
line(density(golub[[5]]), col="blue")
plot(ecdf(golub[[3]]),t="1")
lines(ecdf(golub[[4]]),col="red")
#93
x<-c(2,4,5,7,1)
x
barplot(x)
x<-c(a=2, b=4, c=5, d=7,e=1)
barplot(x)
x<-c(a=2, b=4, c=5, d=7,e=1,las=3)
#las 내꺼에서 안먹는다
x<-c(a=2, b=4, c=5, d=7,e=1,las=3, ..)
# Quantile 은 좀 어렵다칸다, Idee, die Daten zu sortieren. 박스플롯 그릴때 박스 영역. 제일 아래가 1. Quatil, 제일 위에가 3.Quartil, 중간은 당연히 medien
# Whiskers 는 박스 밖의 작대기.
boxplot(golub[[3]]) # 아래 추가하는 걸 파라메터 라 한ㄷ
boxplot(golub[[3]], horiyontal = TRUE)
boxplot(golub[, 3:5])
# 아래 두개 차이 유무 비교
boxplot(golub[, c(-1)],las=3)
boxplot(golub[1:10,3:5]])
plot(golub[[3]],golub[[4]])
pairs(golub[3:6]) #d
pairs(golubüb [3:6])
qqplot(golub[[3]],golub[[4]])
abline(a=0,b=1,col="red",lwd=3)
qqnorm(golub[[3]])
x<-rnorm(10)
x<-rnorm(10000)
qqnorm( x)

par(mfrow=(2.0))
hist([[golub3]])

[R4]
# 클러스터링 설명중. Distanz 계산하는법 각 single linkage 등 이런거 전부. 
d<-dist(golub[,c(-1,-2)])
d
read.table("../uebungen..")
d<-cor.dist(x=t(golub[,c(-1,-2)]))
h<-hclust(d,method = "single")
plot(h)
# 보통 싱글은 안쓰고 complete 를 쓴다고 한다
h<-hclust(d,method = "complete")
plot(h)
h<-hclust(d,method = "average")
kmeans(golub[,c(-1,-2)], centers = 2)
hist(golub[[3]])
postscript("plot.ps")
hist(golub[[3]])
# 뭔가 그래픽으로 뽑아내는 듯
dev.off()
pdf("plot.pdf", width=10, height = 5)
hist(golub[[3]])
hist(golub[[4]])
hist(golub[[5]])
dev.off()
# pdf 와 png 의 차이는 픽셀로 나타내어지냐 아니냐 인데 만약 엄청많은 점이 포함된 자료라면 png 가 나을 수 도 있다. 안그럼 pdf 는 여는데 한오백년이라고. 
png("plot.png")

x<-rnorm(10)
plot(x)
x<-rnorm(10)+3
# logarithmische Skalierung
plot(x, log="y")
# text function : 특별한게 있어서 나타네고 싶을때
# title, mtext,
mtext(text = "ss")
mtext(text = "ss", side = 1)
mtext(text = "ss", side = 1, line = 3)
#  그래픽 옵션 :  pch...
# 그래픽에서 점, 숫자 크기 조절 등
plot(x, main="main lot", cex=2)
plot(x, main="main lot", cex=2, cex.axis=2)
# bioconductor 는 bioinformatische Package 인데 씨퀀싱, 마이크로어레이 등 데이터 분석에 쓰일 것들이 가득
BiocManager::install("affy")
library(affy)
batch

Data<-ReadAffy()
pd <- read.table('covdesc.txt',header=T)
batch<-ReadAffy(phenoData = pd, celfile.path = ".")
data(batch)
fn<-featureNames(batch)
ex<-expras(batch)
# wenn wir zwei Experimente miteinander vergleichen wollen, y-Achse:x-y, x Achse: x+y/2
# 그렇게 표를 그리면 y축의 0을 중심으로 직선 그어지고 그 주변에 두 실험간 차이들이 분포한다.
MAplot(batch)
# 이거하면 부드럽게 픽셀로 차이들이 나타난다.
MAplot(batch, plot.method="smoothScatter")
hist(batch)
# Normalisierung : RMA 는 꽤 잘 작동하고, MAS5 는 영 빠이. 이건 그 이유가 회사가 실제 기술을 nicht publiziert. Reverse Technik 으로 만들었다는 듯.
# RMA 는 자료를 sortieren -> nolw??
eset.rma<-rma(batch)
eset.mas5<-mas5(batch)

hist(exprs(eset.rma))
hist(exprs(eset.mas5))

# wenn man etwas publizieren will, muss man es zeigen, welche Normalisierungsverfahren angewendet wird.
exprs<-exprs(eset.rma)
plotDensity(exprs)
boxplot(exprs)
# 폴리에 없는 예시. oligo 깔아야됨
library(oligo)
MAplot(eset.rma,plot.method="smoothScatter")


# 116. 우리의 목적은 m g,k 값 변화를 보는 것.
# varianz 는 var 함수로. 
# 118. t-Test 의 Null Hypothese 는 익스페리먼트, 테스트 간 차이가 없다는 것. das ist ein Weg, Unterschiede zu bestimmen
# 122. Signifikanz-Niveau : 1프로는 가설이 틀릴 확률
# 124. 완전 정확한 t-Test는 t.test (x,y,var.equal=TRUE) 로 할 수 있다고.
# würfel gezinkt 주사위를 던졌을 때 6이 나올 Haeufigkeit 를 한번 R 로 계산해보자고. empirisch 로 10번 해보자.
?p.adjust

# 128. RNA seq Daten : diskret, binär. negative Binomialverteilung statt Normalverteilung
install.packages("DESeq2")
library("DESeq2")
dds <- DESeqDataSet(se, design = ~ cell + dex)

# wie viele Reads pro Experiment
colSums(counts(dds))

# wie unterscheidet sich die Verteilung der Yaehlwerte
plotDensity(counts(dds))
# -> nicht viel yu sehen
#deswegen, logarithmiert
plotDensity(log(counts(dds)+1))

# boxplots
# 134. 현실에서는 Replikanten은 많지 않기에 이걸 직접 적용할 일이 안많다. 그래서 135 처럼 한다고.
# 실제 이걸 이해하려면 statistic 1 보다는 훨씬 많은 것이 필요합니다.
# die gesamte DESeq/pipeline auf die Daten anwenden
dds <- DESeq(dds)

raw<-counts(dds)
colSums(raw())
norm<-counts(dds, normalized = TRUE)
colSums

# so bekommen wir die Ergebnisse
res<- results(dds)
  head(res)
sum(res$pvalue < 0.05, na.rm = TRUE)

# Multiples Testen!!
sum(res$padj < 0.04, na.rm = TRUE)

# suchen signifikante Gene raus
resSig <- res[!is.na(res$padj) & res$padj <0.05,]
# und ordnen sie nach log2FoldChange, hochreguliert
# head(resSig[ ordner res]) # 다 못씀...
# und runterreguliert
head(resSig[order(resSig$log2Foldchange),])
# rlog/Transformation
rld <- rlog

[R-Aufgaben]

#Aufgabe 1.3
a<- 113:-12
b<- seq(113,-12,-3)
c<- rep(c(TRUE,FALSE),56)
d<- rep(1:7,each=3)

#Aufgabe 1.4
a<- letters[26:1]
b<- letters[seq(1,26,2)]
c<- letters[seq(26,1,-2)]
loesung<- c(b,c)

#Aufgabe 2.1
x<-rep(c("a","c","g","t"),each=4)
y<-rep(c("a","c","g","t"),4)
paste(x,y,".fasta")
paste(x,y,".fasta", sep = "", collapse = NULL)

#Aufgabe 2.2
#Geburtsjahr, Schuhgroesse, Gewicht
#2.2 (a)
a<-sample(1980:2000,10)
a
b<-sample(270:290,10)
b
c<-sample(60:100,10)
c
x <- c(a,b,c)
x<-matrix(x,10)
x

#attr(x,"dim") <- c(10, 3)

#2.2 (b)
a<-paste("student",seq(1:10),collapse = )
a
rownames(x)<-a
colnames(x)<-c("Geburtsjahr","Schuhgroesse","Gewicht")
x
mode(x)


#2.2 (c)
d<-sample(c("w","m"),10,replace = TRUE)
d
df=data.frame(d,x)
colnames(df)<-c("Geschlechte","Geburtsjahr","Schuhgroesse","Gewicht")

# 이건 왜 안되지?? y<-cbind(d,x)
# 벡터의원소에 숫자와 문자가 함께 포함되면 모두 문자로 변환됨.
#여기 그냥 Col name만 추가하고 싶음. 통으로 바꾸는게 아니고.

#2.2(d)

man <-subset(df, Geschlechte=="m")
man
woman <-subset(df, Geschlechte=="w")
woman

#2.2(e)

Kg_Mittel<- mean(df[,4])
Kg_Mittel # mittlere Gewicht
Kg_man<-mean(man[,4])
Kg_man # mittlere Gewicht von Männer
Kg_woman<-mean(woman[,4])
Kg_woman # mittlere Gewicht von Frauen

#Aufgabe 2.3
#2.3 (a)

iris<-read.table("2_iris.txt", header = TRUE, sep = )
iris

#2.3 (b)
SL<-mean(iris[,1]) # mittlere Länge von Sepalen
SB<-mean(iris[,2]) # mittlere Breite von Sepalen
PL<-mean(iris[,3]) # mittlere Länge von Petalen
PB<-mean(iris[,4]) # mittlere Breite von Petalen

#2.3 (c)
# was heißt Verlassen Sie sich dabei nicht auf die Zeilenreihenfolge?
setosa<-subset(iris,Species=="setosa")
setosa
versicolor<-subset(iris,Species=="versicolor")
versicolor
virginica<-subset(iris,Species=="virginica")
virginica

sts1<-mean(setosa[,1])
sts2<-mean(setosa[,2])
sts3<-mean(setosa[,3])
sts4<-mean(setosa[,4])
sts<-matrix(c(sts1,sts2,sts3,sts4),nrow = 1)
colnames(sts)<-c("SepalLength","Sepal.Width","Petal.Length","Petal.Width")
rownames(sts)<-"setosa"
sts

vsc1<-mean(versicolor[,1])
vsc2<-mean(versicolor[,2])
vsc3<-mean(versicolor[,3])
vsc4<-mean(versicolor[,4])
vsc<-matrix(c(vsc1,vsc2,vsc3,vsc4), nrow = 1)
colnames(vsc)<-c("SepalLength","Sepal.Width","Petal.Length","Petal.Width")
rownames(vsc)<-"versinicolar"
vsc

vgn1<-mean(virginica[,1])
vgn2<-mean(virginica[,2])
vgn3<-mean(virginica[,3])
vgn4<-mean(virginica[,4])
vgn<-matrix(c(vgn1,vgn2,vgn3,vgn4),nrow = 1)
colnames(vgn)<-c("SepalLength","Sepal.Width","Petal.Length","Petal.Width")
rownames(vgn)<-"virginica"
vgn

#2.3 (d)
iris<-iris[c(order(-iris$Sepal.Width)),]
iris
# nicht fertig

#2.3 (e)

 

#=====Expressionsdatenanalyse============
#데이터 유형의 우선 순위
#character > numeric > logical
#우선순위가 낮은 타입에서 높은 타입으로 변화는 가능.
#예) numeric을 character로 변경하거나, logical을 numeric으로 변환하는 것은 가능
#우선순위가 높은 타입에서 낮은 타입으로 변경하는 것은 일부만 되고 일부는 안됨. 


#3.1
#dist 함수는 자료의 거리를 계산해준다. 디폴트값은 euclidean이며 method 설정을 통해 바꿔줄 수 있다.
# 연속형 수치로 이루어진 (x=1,2,3... y=4,5,6...) 변수의 관계는 상관관계, 즉 correltion 과 인과관계로 나눈다카네.이건 영향을 주는 관계는 의미하진 않고 단지 이런 관계가 있다는 것만 서술. 양이면 오를때 같이 오르는거. 만약 서로 영향을 주고받는 다면 그건 인과관계 causation.
# 상관관계 분석은 보통 correlation analysis 이며 인과관계는 regression
# Pearson CC 제일 일반적인 것. 두 변수가 모두 연속 형 자료일 때. 
# r=correlation coefficient. spearman CC 는 상관관계를 분석할라 카는 연속형 변수가 normal distribution 을 심각하게 벗어나거나 ordinal scale 순위 척도일때 사용. 예를 들어 성적을 과목별 등수로 매ㅐ긴 후 과목 간 연관관계 분석. 















  

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

- 10.07.2019 시험 : 3명이 각 2개씩, 6문제 출제 예정

 

- zuschreiben : attribute A to B

Experten schreiben das Gedicht einem berühmten Dichter zu.

- r Umstand : fact, circumstance

- e Abbildung : figure, illustration

- e Eingebung : inspiration, intuition

- unerlässig : essential

- unsinnig : absurd, nonsensical

- unterkommen : find a accommodation

- r Ausgang : outcome, exit, end, out put 결과, 출구, 외부단자, 끝

- abgeschwächt : 약화된, 약해진,

- Lohnkosten : wage costs, labour costs, 임금

- e Abstimmung : vote, Wahl 투표

- unauffällig : inconspicuous, 이목을 끌지 못하는, 두드러지지 않는

-  ausgelesen : select (adjektiv) 선별된, 

- Abnehmer : customer, buyer

- e Ausdehnung : extension, extent 확장 확대

- e Argronomie : agronomy 농업경제학

- befindlich : located, 존재하는

- s Vorfeld : run-up, 중요한 일 직전

Im Vorfeld der Wahlen kam es zu Unruhen

- vorrangig : priority, primary, 최우선의

- r Aufwand : expense, cost, 비용

- vertreiben : sell, distribute,

Das Unternehmen vertreibt seine Produkte im Ausland.

- entsprechen : correspond to, comply with, 상응하다, 일치하다, 부합하다

Das Geschäftsjahr unserer Firma entspricht dem Kalenderjahr.

- r Nachbau : replica

- e Indikation : indication, Hinweis, Symtom

- anspruchsvoll : demanding, challenging, 까다로운, 진지한,

Die Arbeit eines Detektivs ist anspruchsvoll und interessant.

- e Mannnigfaltigkeit : diversity, variety

- antreten : compete

Die Mannschaft tritt zum ersten Mal im nationalen Turnier an.

- s Saatgut : seed, r Samen

- dienen : serve. 

- umgehen : bypass

- schwerpunktmäßig : concentrating on certain main points, 고르지 않게

- GefäßPF : 관다발식물, Tracheophyta, auch: vaskuläre Pflanzen 즉 Angiosperm, 겉씨 등 다 포함하는 식물군

- zytologisch : cytological, 세포학적으로

- Thymian ist ein Strauch : bush

 

1, 2강

 

1. 강사는 Quedlinberg 에서 연구중, Genbank 등 뭐가 잘 갖춰진 농림부 직속기관임.

2. Drogen : aus Pflanzen, Tiere,

 - Veterinärmedizin : 앞으로 중요해질 거라고 생각한다.

 1) Pharmakognosie : 생약학, Gesamtheit von pflanzlichen, tierichen Arzneimitteln, Drogen. 약의 

 2) Arzneibuch : gesetzliche Grundlagen. 여기에 기술된 것이 offizielle Droge. 유럽전체의 Drogen 관련 Verordnung망라.

 (* 한약 성분은? 관련 레귤레이션, 키워드 중금속, 아드레날린, )

 3) GACP, EG-GMP : Drogen verarbeit, Herstellung regeln, regulieren,

 4) 간단한 역사 : 근대 Homöopathie, 등

 5) 대마(THZ), Johaniskraut : Anti-deppresiv, 기르기가 힘들며 Tee로 잘 먹는듯 , Rotöl : 광민감성 Anstieg Lichtempfindlichkeit der Haut, Hautkrebs 관련하여 사용하기도, 

2. Pflanzinhaltstoff : Phytochemie 에서 많이 다룰듯.

 1) Ätherisches Öl : 식물 등으로 부터 추출 Wasserdampfdestilation 증기증류, Extraktion, Auspressen 압착 등으로 뽑아낸다.에센셜 오일. durch Dammpf

 keimhemmend (anti biotic), typische --zide.

eicht flüchtige und häufig leicht entzündbare Stoffgemische, die aus verschiedenen ineinander löslichen, organischen Stoffen wie Alkohole, Ester, Ketone oder Terpene bestehen

 2) Glucosinolate : Spaltprodukte (fission product?)

 

3. Arzneimittel, Gewürzelmittel의 Bedeutung 

 : Hoch exportiert (Süßholz 감초가 대표적 예), Rohware am meisten im Wild gesammelt, Anteil des Anbaus 가 느는 중

 - Gesamtumsatz steigt weltweit 

 - Ginseng 은 독일선 영 힘을 못쓴다고...

 

4. Arzneimittel in DT : Lein (flax-,linseed 아마) > Petersilie (parsley 파슬리) > Kamille (camomiile, 캐모마일), 이건 Käfer, Pilze등으로 인해 아직도 Erntetechnik 이 Uralt 하다고 함.  > Schnittlauch (chives, 부추 종류) > Dill > San...(키우는데 손이 마이 간다는데, ) 

Fenchel (fennel, 회향, 미나리과, 생산성이 좋아서 싸다!) > türinger Majoran (majoran, 마저럼, 아시아에서 왔는데 지금은 이집트로 수출한다캄, 엄청싼데 이동이 힘들다고. 뭔가 다른 얘들이랑 접촉하면 문제가 생긴다는데?) > Senf > Kümmel (caraway, 캐러웨이, 향신료, 핀란드에서 무지하게 키운다)...> Koriander

 1)  농지가 늘고 있으나 Mindestlohn 등으로 인해 일자리 구하는게 Arbeitgeber입장에서 힘들어 지고 있음 (inland Bedarf 의 10% 만 국내 수급 중) - Brandenburg 22.1% > Thüringen 18.8% > Bayern 15.4% > Niedersachsen 7.8% 

 2) schwerpunktmäßig, 93.1% kontrollierte integrierte Anbau / 6.9% ökologisch angebaut : 이건 옛날 통계. 더는 이렇진 않다고. 늘었는지는 모르것다...

 3) agronomische Anforderungen : 

 4) Trocknung des Erntegutes : Kaltbelüftungsanlage 에서 말린다. bei ungünsti...

 5) Anforderung an die Droge : sehr wichtig

 

 6) Krankheiten des Thymians : GElbfeckigkeit, Grauschimmel, Graufäule (Botrytis cinera), Rost an Thymian, Alternaria

 7) Sortenwahl : Deutscher Winter 라는 종이 Winterhärte, Inhaltstoffgehalte 덕에 꾸준히 사랑받는 중. 

 8) Sortenzüchtung : positive Selektion, Hybridzüchtung 같은 konventionelle Züchtungsmehoden 이 Arzneimittel 에선 여전히 많이 쓰인다, 

 9) Züchtungsmethoden

 - Hybridzüchtung : 핵심단어는 Majoran

 - Autopolyploidiezüchtung : Tetraroggen, ZierPF, 

 - Mutationszüchtung : 

 - biotechnologische Züchtung durch gezielte Transformation

 10) Sortenwesen : 

 11) Sortenschutz : 4가지 펙터.

 - Neuheit : geht es um Patentschutz (Vor Anmeldung kein Publikum, Öffentlichkeit)

 12) Sortenzulassung : Artischocke, Kerbel, Knoblauch, Petersilie, Schnittlauch 만 Arznei- und GewürzPF 으로 gesetzlich verzeichnet

 - Unterscheidbarkeit, Homogenität, Beständigkeit 의 Kriterien 으로 Prüfung

 13) Patentschutz : natürliche Natur in EU nicht patentbar

 - Sortenschutz vs Patentschutz

 14) Züchterprivileg, Recht auf Nachbau

 

 - Läsionen mit Pyknidin

5. Petersilie 일번타자는 페타질리 (파슬리) : 원래는 의약품으로 쓰였으나 Nebenwirkung 땜에 지금은 코스메틱 등 목적변경. 비타민 C도 들어있으나 요새는 큰 역할은 하지 않음, 

 - Zusammensetzung des ätherischen Blattöles : Ernteterminen 에 따라 

 1) Taxonomie : 분류학

 2) Umfang von Phtopatogenen : phylogenitisch 나열

 - Septoria.Blattfecken : Septoria petroselini, Symptome sind Läsionen mit Pyknidin

 - Alternaria-Blattflecken : Alternaria radincina (Schwarzpilze), Symptione sind Chlorosen, Läsionen. 포자는 Konidiosporen

 - Falscher Mehltau : Plasmopara petroselini, 2005년 이후 새로 발생하는 neue Petersilie Krankheit. 하지만 2019년은 최근 keinen Fall berichtet. 

 - Echter Mehltau : Erysihe heraclei, 감염은 Hautorie in Epidermiszellen, 

 - Virose, chlorotische Zonen, Mosaic-Virus : CeMV, 

 - natürlicher Befall durch Septoria petroselini und Plasmopora petroselini : 아래의 경우 Strärke 9 은 PF tot.

 3) Dendrogramm von Petroselinum crispum, Anfälligkeit gegen Septoria petroselini : PCA 로 volatiles-flüchtige Inhaltstoffe. 

 4) Variabilität 을 우리가 살펴야 하는 이유 :  

 

 - turnip : Rübe, 순무

[Virusresistenz von Kohl] 

1. Verbreitung des TuMV (Turnip Mosaic Virus) 

 - Systematische Stellung : Potyvirus

 - Übertragung : Amphiden 

 - Objekte und denen Symptom : Chinakohl (Krüppelwuchs), Schwarzer Senf (Stauchung), Weißer Senf (Mosaikschekung), Levkoje (Blüttenbrechung)

 - Symptiome an Kohl : Mosaikscheckung, Chlorosen, Nekrosen, Ringnekrosen.

 - Einfluss auf Ertäge : Quedlinburg 에서 실험한 걸 보면 대략 8~18% Einbuße verantwortlich

 - 종 별 증상 추가 묘사 : Brassica oleracea(Kohl) / capitata (양배추, 올레라케아의 재배형태) 에서 Nekrosen 일으켜 Lagerfähigkeit reduziert,  

2. Nutzung der Resistenz innerhalb Art B.oleracea : Gattung Brassica 에서 찾아본다. Brassica Arten들도 Triticum처럼 Polyploidisierung 을 통해 여러 KulturPF 으로 neu entwickelt 된 듯. 

 - Kohl : B.oleracea 넘어갔는데 Raps도 Brassica 에 속한다!

 - somatische Protoplasten Fusion : 앞의 방법은 제대로 성공하지 못했다는 듯. Verschmelzungsphase mit chemische oder genomischer Träger startet. 둘의 핵을 이 방법으로 안에 Fusion

 - Prinzip der Erregervermittelte TuMV-Resistenz : Agrobakterien 으로 하는듯. Gene Silencing 도 나오고 다나옴

 - Zusammenfassung und Ausblick : TuMV 는 B.oleracea 에 왕 큰 위협이며 Resistenz 도 그 안에 들어있다. 그래서 Resistenz 를 얻기위해 일단 homozygote Linien entwickeln 한다. 이 외 Art 에서도 R 획득가능. 마지막은 Erregervermittelnten Resistenz 를 überführen

3. TuMV Symptome an Raps (B.napus) : 알아보기 아주아주 힘들다고 함. 분석하면 TKM, PFhöhe 가 약간 차이나는 듯 하나 실제 Ertrag은 40% 가까이 차이남. 

4. Current status of GM crops in the world : 2016 기준 1

5. Superunkräuter mit R gegen Glyphosat : 미국에서 점점 퍼지고 있다. 

 - kleine Übung (Name - TKg)

 1. Cannabis sativa : 18.40 g 삼, 대마

 2. Foeniculum vulgare : 7.69 g 회향, 미나리과의 다년생. 

 3. Carum carri 4.27 g 캐러웨이 또는 카룸

 4. Petroseliumm crispum 1.39

 5. Saturea hortensis 0.59 einj Bohnenkraut 세이보리

 6. Origanum majorana 0.21 makoran

 7. Hypevicum perforatum 0.12 johanniskraut

 

  - Pyknideien :

  - Alternaria : Blatt-Flecken, Kondiosporen

  - Falscher Mehltau : Luftübertragung, 

  - Echter Mehltau : 

  - Virus, Viren : chöprptosche Zonen, Mosaiksymtom

 

3강. Gemüsezüchtung

 

73. etablierte Systeme der Bestäubungslenkung

 * 73.5 없는 폴리 : Strategie zur Erzeugung von Hybridsaatgut (Einfachhybride mittels CMS)

 - CMS : Cytoplasmatische Mänliche Sterilität

74. Hybridzüchtung : Vor/Nachteil

 - 이 경우에만 Sortenschutz, da Nachbau nicht möglich ist. 이게 사실은 GemüseZüchter 에게 Hybridzüchtung 을 하는 가장 핫한 이유이다! 그래서 교짱생각에는 머잖아 모든 Gemüsearten은 Hybridzüchtung 을 택할 가능성이 높단다.

 - 근데 확실히 Saatgutproduktion 이 비싸다.

76. Einsatz von Zell- und Gewebekulturtechniken : mehr wie Hilfsmittel. Grundlage für gentechnische Ansätze 이 차원에서 이 기술은 핵심적이다

 - 캘러스(Callus, 혹은 유합조직, 창상조직, 유상조직)는 분화되지 않은 부정형의 세포덩어리로 식물체에 상처가 났을 때 상처 주변에 생기는 분열조직이 형성한 종양조직이 대표적이다.

 - 목적 : Erhaltung der Gewebe (für Kartoffel wichtig),  아래도 전부 목적

 - Somaklone (The plants produced from any part of the plant by tissue culture or micropropagation are genetically identical to the parent plant from which they are grown, so they are called somaclones.) 은 Züchtung 에는 그닥 별 의미가 없다고 한다.

 - In vitro : 꽤 쓸만함

 - Embryo-Selektion : Kreuzung zu retten. 요것도 쓸만함

 - Protoplastenfusion 

  - Somatische Embryogenese (artificial seeds) : 

 * 76.5  오른쪽 상단 사진 : artificial seeds. 

 - 아래 중간 사진도 인공 seed 인데 아래 초록부분이 Kotyledon 이고 위로 Wurzel wächst. 

 * 77.5. Beispiel - Protoplastenfusion (Cytoplasma) - CMS Ogura : 어떤 중국인 과학자가 Rettich 의 CMS를 발견

 - 중간 heteroplasmic 녀석들은 somatisch (genetisch homogenisch)

 - Cybrid : Kern 은 오른쪽에서 오고 CMS 를 유발하는 

 - 핵심은 이건 유럽에서 Gentechnik 에서 제외된다!

 * 77.5 Embryo rescue : 

77. Gentechnik : 

 - Strategien : 

*77.5 Gentechnik am Beispiel Bt-Mais : alte Technik 이란다. 

* 77.5 Bt-Mais : Bacillus thuringiensi 덕분에 PSM 적게 써도됨

* Flavr.Savr-Tomate : Polygalcturonase für Abbau des Stützgewebes verantwortlich. 덕분에 Lagerfächigkeit 높아짐. 근데 이것도 독일선 안된다는데

* Golden Rice : Beta-Karroten 이것도 유럽선 안돼!

* Innate-Kartoffeln : 폼메스 만들때 더 좋은 녀석. Amplora BASF, Arctic-Äpfel : Polypheol... 잘라놔도 오래 싱싱
78,78. 짧게 지나감.

 - Methode für Züchtung. 이전것과 차이는 Agrobakterium 는 너무 aufwendig 근데 유럽에선 아직 두고봐야됨.

* 78.5 벌써 2016 크리스퍼 적용사례가 등장

80. 중요 : Marker, 랑 뭐 하나는 독일, 유럽에서도 적용가능하기에 그걸 이용한게 이 스마트브리딩

81. Smart Breeding : 

82. Voraussetzung : 마커, 등 근데 아무 쮸히터나 이걸 할 순없다 

 - Saat Union : 같은 회사가 이 마커같은걸 서비스로 돈받고 제공한다. 다만 기술을 오픈하진 않고 있다.

 - 아래 Strategie 도 위의 Voraussetzung zuerst erfüllt werden müssen

83. 이 스마트브리딩은 이미 와있지만 아주 효율적인 기술

 - tradegenetic science : Gastersleben 에 있는 회사인데 Microarray 랑 마커 기술을 이용해서 

* 83.5 Legume 어쩌고에서 검색가능

* 83.5 Genotyping-by-Sequencing GBS : 

85. Verfahren 임요 : Züchtungsforschung 은 대학에서 어느정도 진행될 수 있다. 

 - Genomediting 은 in EU kein Thema...

* 85.5 Recent progress in the use of .. : 이 기술은 상대적으로 jung. 시간은 걸리지만 차차 브리딩에 적용될 것이다. 

87. eingesetze Zuchtverfahren.. : GMO 는 유럽에선 좀 두고봐야한다. 

89. Züchtung von Bohnen : welches Bestäubungssystem 인지 Züchtung을 위해 알아야한다.

90. Zuchtziele : 우리 알던거.

 - Die Schote (Siliqua) ist eine Unterform der Kapselfrucht, die besonders den Kreuzblütengewächsen (Brassicaceae) und einigen anderen Kreuzblütlerartigen (Brassicales) eigen ist. 

91. abiotischer Stress : Närhstoffeffizienz 는 현재 독일에선 크게 문제되지않는 Eigenschaft

92. Biotischer Stress : 

94. 특정 Leguminose 은 키우기 힘들어서 뭐 이런거 필요. 

104. Tomaten은 Züchter에게 일종의 ModellPF 

105. Salat 도 다른 Gemüse와 마찬가지로 Homogenität 이 아주 중요

111. spezielle Themen der Züchtungsforschung : JKI 도 Züchtungsfirmen 과 같이 연구한다고 한다.

115. Colchizinierung : 콜히찐은 일종의 Gift. Polyploidisierung 하는데 사용되는듯

유전학적으로는 배수체를 만들기 위해 자주 이용되고 있다. 배수체가 되는 기구는 콜히친이 세포 분열시에 방추계의 기능을 저해하기 때문에 염색체가 양극으로 잘 나뉘어지지 않는 것과, 세포막의 형성을 저해하기 때문이라고 한

[네이버 지식백과] 콜히친 [colchiceine, Colchicin] (화학대사전, 2001. 5. 20., 세화 편집부)

123. Züchtungsforschung : Spargel (Asparagus officinalis L) Resistenz gegen AV-1 (Asparagus Virus-1)

* 123.5 Möhre Daucus carota L : a

 

4강 Obstzüchtung : 

 

- Einhaltung : compliance, 준수

- vorenthalten : deprive, withhold, 박탈하다, 허용치 않다, 

- Feldaufgang : field ermergence, 필드 출현, 발생

- vorwiegend : predominant, primarily, 주로, 두드러진, 우세ㅑ

- kompatibel : compatible ,  able to exist, live, or worksuccessfully with something or someone else

 

* 유전적, 생물학적 의문보다 실용적 답을 주는데 집중할 예정. 

* 재배 대상 과일 기원, Genetische Ressourcen

 

Hancock 책을  emphelen, Kuckuck 책에서는 Obstzüchtung nd wissenschaftliche Grundlagen : online abrufbar, 20개 정도의 Obstart 기본정보는 알고 있어야 한다, 

 

키워드 : Befruchtungssystem, Ploide, 

1. Obstarten : 크게 3가지로 나뉜다. 

 - Zitrusarten(Mandarine, Clementein..) steht an zweiter Stelle, Apfel an erste Stelle

 - wie viel Prozent die meist abgebaute Apfelsorten aller Ackerfläche abdeckt? 4개 Sorten이 전체 80프로정도 차지. 가너, 골드어쩌고..

 - 사과 브리딩에서는 Mutante 가 대세를 이룬다고. 뮤턴트 말고는 Clupsorten, 예시는 핑크레이디

 - Sortenschutzt : 유럽은 Sortenpatent는 존재하지 않다. SortenPatente 는 미국에만 존재. Heterosis 이용은 technische Methode 이고 법적으로는 유럽은 Inhaltgrenzung 으로 관리. 즉, 어떤 레벨인지로 컨트롤. Produktprozess라고 한다.

 - Quitten 은 독일에선 거의 다뤄지지 않음

 - Beere : Heide, Moos, Jhannes만 거의 다뤄진다

 - Befruchtsystem 어떤 역할을 할까? 아프리코세는 일종의 예외, (Selbstbefruchtung), 보만 Abfel 은 Kompatibilität 이, bestreuber, 왜 보만이 하는가? scheinbar하니까. 이게 사실상 Züchtung 가장 중요한 역할

 - Selbstinkompartibilität : 2가지 종류. Gametophytisch und Sporophytisch 원리는? 

- 압펠은 10 씨앗을 갖는다, 딸기, hinbeere 여러개, 

- 뭔가 씨앗과 자손의 관계를 언급하는데...

- 얼마나 많은 Nachkommen 을 erzeugen할 수 있는가가 그의 주요한 목적. 

- e Selbstinkompatibität : Samenpflanzen 에서 Bestäubung 이후 Befruchtung이 자신의 Pollen 으로 되거나 혹은 유전적으로 비슷한 녀석과 이뤄지면 benachteiligt 한 경향이 발생하는것. vorher verdeckt 한 부정적 형질이 발현된다. als heterozygote rezessive

- völlich neue Genetyp 이 매번 entstehen, durch Züchtung, 크로이쭝을 통해서는 매번 새로운 유전형질이 발생하기에 여기에만 의지할 수 없다, Befruchtung에서는 게노 크로이쭝에서 나오는 아우스비어쿵이 없다, 

- Rückkreuzung ausgeschlossen 왜? 

- Befruchtungssystem : Fremdbefruchter, Insektenbestäuber, sebstinkompatibel

- aufgeteilt : divided, split

 

5. Steinobst : Aprikose(Selbstbestäubung 가능한 종이 있다), 그러서 SI 가 가장 중요한 Faktor 

6. Beerenobst : 윈드배슈토이붕, Insekten 2가지가 중요.

 - Alternanz 가 중요하다구. Ertragsstabilität. 너무 많은 Früchte 가 생기면 잎이 충분치않아 Qualität 이 개발살. 알터난쯔가 중요한건 저 이유. 이게 Steinobst, Kernobst 에서 보다 중요한 이유는 Beerenobst 는 viele viele Bestäuber 가 있어서 überblüten 가능해서.

 - Zuchtprogramm 이 시작하면 뭐가 중요할까? 베프루흐트시스템에서 뭐가 중요하지?? 에어스트말, SElbst로 할꺼냐 fremd로 할 거냐. 그다음은 Umsätze praktisch한가.

* Züchtungsprogramm 과정 : Zuchtziel 만들기 - Eltern suchen (mütterliche Gewebe als Produkt) - 이 과정에서  현실적인 프로그램 만들기 위해 3가지 고려해야함 - 1. Befruchtssystem (마냥 많은건 Beerenobst에서 보듯 의미가 없다) 2. Keimfächigkeit (우리가 갖고 있는 Samen 중 몇이나 살아남아서 그다음 진행할 수 있을까. 옵스트에서는 25프로 이정도라네) 3. Feldlebigkeit (얻은 Samen 이 필드에서 얼마나 살아남나). Züchter로서 관점은 wie viel wir realisieren

* 멘델은 확실히 게나우 하게 볼 수 있는 걸 우연으로 찾아서 땡잡은거지. 

7.  Primär Arten은 (와일드) immer 다양한 Merkmal. sekundär 은 genetische Vielfalt가 아무래도 제한적이다. 

 

5. Pflaume : 여러 설이있다 

10. Kulturerdbeere : künstliche Sorten. 가장 jungste Arten, 왼쪽은 diploid, 오른쪽은 

섞고 나니까 아나나 향도 나고 크고 부분적으로 단단하고. 프랑스 양반이 만든 이 쿨투어플란쩬이 현재 대부분의 에어드베어의 조상 또는 친척. 하지만 우리는 이런 Merkmal 은 쿨투어플란쩬에선 찾을 수 없다. 오직 wild에서만 찾을 수 있다. 그런 것이다!

7. 1920 부터 gezielte Zücht 가 시작됐다 할 수 있겠지. 부모세대와 세대간 고민해서 섞고 이런거. 그 전까진 그냥 좋거나 싫거나. 그걸로 판단해서 솎았음. 결국 100년 정도밖에 우린 방법론적으로 Züchtung 을 설계해왓다. 

8. Herkunft : Ursprungsarten , Korn은 카자흐스탄, 중국 위 여기서 발견됐고 원조를 찾으려면 저기로 가야된다. 카자흐스탄가면 wildwald von Apfelbaum을 많이 발견할 수 있다. Handelsstraße 에서 unbewusst 하게 많은 과실 들이 자란다. 오래된 품종들

 

15. 사진 : 온갖 다양한 종류의 오래된 품종들이 숲에 널려있다. Bundessorten - Neu, beständig, Homo, unterscheinbar, einen Name gekennzeichnet, Samen. 사과보면 zufällig entstande Sorten임에도 크고 gefärbt 된 녀석도 있다.

 

* 과일은 Saatgut 레귤라지온 대상이 아니다. 왜? Fremdfruchtung만 가능하니까! 어짜피 그냥 Saatgut으로는 자라지도 몬한다. 왜 어떤 종들은 Selbst 가 안되징...

 

* Urbarnisierung. 그전엔 각자 가르텐을 갖고 수확 시기가 다른 작물을 기르고 (저장공간이 제한되있으니까). 지금은 도시에 살다보니 저장공간이 없다. 전기를 계속 먹는 냉장고뿐. 쿨투어플란쩬이 진행됨ㅇ ㅔ따라 일단 Qualitätsbedürfnis가 바뀌고 Druckbelastung

 

10. 독일에서 과일을 이렇게 대중적으로 먹은건 그리 오래 안됐다. 인두스트레알리지어울 되고 나서야 지금처럼 먹엇다.

11. Diploide Erdbeerenarten, Polyploide Erdbeeren, Decaploide, 

 : nicht schlecht für Züchtung (Deca), 6이랑 2랑 해서 8되고 뭐 이런식으로 서로 섞을 수 있는 가능성이 커진다. 8이 optimal, 그이상 되면 zurück한다는데 뭔소린지.

 26. Sorten verschiedener Arten : 서로 다른 Chromosome Zahl 가진 Sorten을 fruchten하려면 (unterschiedliche Ploidgrad) 작은 ploidie 와 höhe Ploidie 를 섞을 수 있다. 개중 gewünschte Gene 가진 녀석을 selektieren (aber nicht effektiv) 해서 그걸  Ausgangsmaterial 로 삼는다.

12. Zytologisch Kernobst : 

     Beerenobst : Beern 들은 Ploide가 다 달라서 어떤 조합이 가능한지 Vorsichtig 해야한다. Befruchtungssystem 도 까다롭다. 아마 시험에서도 나올 것이다.

 

13. 우린 멘델의 호모쮸쿠티가 아니 라 헤테로기때문에 Kreuzen 이 또 다르며 상품을 위해선 homoge네 해야되는데, 

 

* 향이 강한 깻잎을 만드려면 어케 해야할까?

 

- angesiedelt : domicile, settled, 거주하는, 정착한

- Gattungspaste ? Gattungsbaster

- Embryosack : 

- Endosperm : 종자의 영양조직. 배젖

- Erhaltung : conservation, preservation 환경 등 보존

- archivieren : (문서나 자료등을 왕창) 모으다

- Vitrokultur : 기존의 멀쩡한 환경을 떠나 시험관에서 배양하는 것

 in Vitro : 유리안에서, in Vivo : 생명체 내에서, 즉 whole, living organism

 

[Genetische Ressourcen bei Obst]

뭐가 유전적 자원인지 누가 이걸 연구하고 관리하고 개발하는지.

* 원생종 사과 Holzapfel은 쓰다. Tanine 이 많이 들었고 진화적 관점에서 Argument 가능

34. genetische Ressourcen 정의 : Nutzbar (= sexuell kompatible) 한 genetische Vielfalt (Diversität). 그렇기 때문에 어떤 Genetechnik 을 akzeptierbar 한지에 달려있다.

 - embryo rescue 라면 거의 모든 PF 이 dazu gehört. 

 Ex-Situ : 자연 외, In-Situ : natürliche Standort

 - Samensammlung : 1. für Fremdbefurchtung, das macht Sinn bei Sammlung, 

1.5 Welche Formen der Erhaltung gibt es? 여유만 있다면 당연히 모든 개체를 Aktiv+Passiv 해버리면 되지만 이상적

 - Aktivesammlung : 필드에서 수집. 장점은 해당 형질을 수집 시 환경에 맞춰 바로 확인할 수 있다. 건조에 강한지, 추위에 약한지.

 - Passiv-sammlung : Kyrokonservierung, In-vitro, Kühllagerung

 - On-Farm Erhaltung

  - 어떻게 하이브리드 (zwischen unterschiedlichen Arten) schaffen : Protoplast(zellwandfreie Zelle) 를 섞으면 탄생

2. Apfel : 유럽에 없는 거면 그 동네에 finazieren 해서라도 erhalten 한다. 

3. Obstgenbank : 중간에 Ursprungsort에 완전 여행갔다옴. Züchtungszweck 이었다.

 

- Einprägung : imprint, 자국

- Endosperm : 식물 꽃 기관 공부 필

- Selbstbefruchtung : sie wiederspigeln Elterngenen

- s Paradebeispiel : prime example, paradigm

- 60% der Bäume eingestuft : classified

- e Absicherung : hedge, 울타리

- Kammer, Kammo Ämte

- beständig : stable, resistant, constant

- geregelt : 법이 만들어진, 규제되는,

- r Aktor : actuator, 작동시키는 것, 작동자,

- e Besonderheit : special feature

- Samendormanz : Samen Keimruhe,  Dormancy, 휴면, 정지

- e Skarifikation : kälterreiz 표토 파헤치기?

- e Nachstellung : adjustment 조정

- erfolgen : keine erneuten Kreuzungen möglich, da keine Blütenibldung erfolgt.

- veredelt, Veredelung : grafting, 접붙이기,  

- e Nachfolge : succession, emulation, 대를 잇다, 계승하다

- r Kältereiz : 추위 선호 정도...?

- Mobilisierung : 동원?

- Knospe : bud, eye 싹, 꽃봉오리, 꽃눈 등 - 식물 꽃 구조

- r Aufbruch : awakening 

- r Griffel : 화주, 암술대 - 식물 꽃 구조

- e Anreicherung : enrichment 번성

- e Besonderheit : feature, 특징, 특성

- Diözie : 

- Embryo : 

- nachlesen : check, read

- Inzucht : inzucht Depressionin : inbreeding, 동계교배, 자식교배(Selbstbefruchtung)은 그 극단적인 예시.

- Deomographie : demography, 인구학

- e Ausbeute : yield

- Phytoplasma : 식물병원성 세균. 퓨토플라스마 GAttung 이 있다! 세포벽이 없다, 이거랑 미코플라스마는 나중 필쩨 내용 다시 볼것

- r Niederschlag : precipitation, rainfall 강수, 비

- salonfähig : acceptable, socially acceptable, 

- die Kulturarten gehen auf Mutationen zurück : stem from, ~에 기인하다, 유래하다

- Mairübe, Zuckerrübe, Steckrübe

 

Obst 2강 - Genetische Ressourcen bei Obst

유전적 리소스를 Erhaltung 하는 여러가지 방법을 배울것임.

왜

Sexuelle Kompatibilität, Kreuzungbar

1. 어떻게 획득하나, 어떻게 획득 가능한가?

 다른 Gattung, 야생종,  또는

 - F2에서 엔도 스펌이 파괴되는가? 그럼 ersatzbar 한가

2. In Situ Sammlung: natürlicher Feld. 장점은 자연에 대한 새로운 데미지가 없다는 것이지만 단점은 이 놈들에 대한 유전적 정보가 없기 때문에 향후 어떤 영향을 미칠지 장기적으로 가져갈 수 있을 지 그런 부분이 불확실하다는것.  

 - 2 Aspekte : evolutionäre (mehr diversität, desto nützlicher), züchterlich (운좋게 Hybrid 생겨나면 매우 유용)

3. Ex-Situ Erhaltung : 정돈된 곳에서.

- 2007 년에 자연적으로 독일에 vorkommt 하는 Obstarten 이 einsammlung, 30개 이상의 야생종들. 

4. Was sind Genbanken

- Internationale Vorträge 2가지 : 1. 각 나라는 자국의 einhiemlnische 유전자원을 보전하고 사용할 수 있따? 아님 보호해야 한다? 또는 둘다?, 2. FAO, ITPGR, 2001에 세계적으로 만약 유전적 Merkmal, genetische Ressource 로 이득을 회사가 취한 경우 그 회사가 해당 종의 보호를 특정구역에 대해 책임지도록 하는 Vortrag 이 행해졌다,

5. Erhaltung von PGR in der Welt : FAO convention on biological diversität 에서 Erhaltung, Landwirtschaft 등에 대한 합의가 이루어진 듯. 

- Europa : Probenationsprojekt, Netzwerk

- Deutschland : die kümmern sich um internationale Abstimmung, PGRDEU 4개의 큰 분데스포어슝스아인리히퉁 : 4 슈츠찔레 (너무 돈이 많이 들고 오래걸릴 것 같아 연구, 보호영역을 effizient gestalten) : Kultur플렌쩬, menschliche Ernährung, 티어게준트하이트, 숲과 어업관련(Pflanzenschutzmittel, - anwendung, ...) / Bundeslandministerium für Agrar und Ernährung 

 : 4 Größte Bundesforschungsinstitute : 놓쳤따...

* Eichenschnitt 끝을 베어내는 장점? Fruchtbildung ?

* Krankenheit 가 관찰되면 일단은 그 지역에 halten 하는게 최우선.

- 독일의 유전자원 획득 : Dresden Genebank (가장 오래됨) , ReiserMuttergarten (무슨 정부와 책임 및 finanzierung땜에 이들이 힘들어한다 그런 얘기인 것 같은데...), *어디서 finanziert되는지가 각 조직의 목적에 직결된다. , Deutsche GEnbank (다른 유전자원 관련 조직들을 netzwerk, organisiert 가 목표)

 

5. Zusammenfassung : 어디서 자원을 수집하는가, 어떤 Methode 를 사용할 것인가, 3가지 Erhaltungsformen (In situ, Ex situ, on farm 의 장단점을 Befruchtungssystem 과 연관하여 숙지할 것), CBD 의 의미(최초의 internationalle Konventionen für ...) 2.internationale Vertrag 은 뭐 있고, 고리아 프로토콜 (Zugang der Benefit sharing geregelt, um benefit zu verteilen 그리고 상업적 사용에 대해 strafbar 법도 있는듯), PF-Schutz Regel, 

 

Obst 3강. Biologische Grundlagen der Obstzüchtung 

Selbtst : 호모찌고트 X 호모찌고트, F1 헤테로 하지만 Uniformitätsregel

 

 1. Einführung  : 옵스트는 3개의 Phase 로 구분된다.

  1) Juvemile, Samenkeimung  : 과일은 과실을 수확할 때까지 오래 걸린다. 그래서 비싸다. 5년, 10년 여튼 쉽지않다.

 - nicht zu verwechseln : 

 - Abikaledominanz : 식물의 성장 끝단, 성장점, 뭐 그런거 같음. 잎 끝, 꽃 끝트머리?

 - Vernalisation : Kälteperiode, Induktion des Blühens

 - Stratifikation : 아직 어떤 Gene이 Im Bezug 인지 모름.

  : Klimawandel이 큰 위험요소다. 10년동안 남부 유럽에 큰 문제가 이로인해 발생했다한다. 유럽의 사과나무들은 향후 Kältebedürfnis 가 untersetzen, 

wir brauch in der nähen Zukunft an Kälte adaptierte Sorte ?

 - Skarifikation :

 - Blütenentwicklung : Generative Knospe (후에 Knosepenaufbruch 를 거쳐 꽃이됨), vegetative Knospe, 여름에 이 분화가 결정됨, 

 : Endodormanz, Ecodormanz : 후자는 아직 Umweltbedingung nicht angemessen 할때라 카는 것 같다.

 - 오른쪽 위 압펠, 왼쪽아래 체리, 

- Apomixis : 이게 있다는건, ?

  2) Transitionsphase : adult, vegetative Phase

 - 

  3) Adulte Phase : Blüten, 

2. Sexualität bei Pflanzen : Bi / Uni

 1) Selbstbefruchter (Autogamie) : 

 2) 

 

3. Gametophytisches SI System (Prunus, Maleae, 

4. S-Allelbestimmung

* 완전 유전학 천지, 유전학 그 자체다...

 

Spross, Nachkommen, Nachwucs?

 

5. Mikrovermehrung : 어떤 식물이 이 방식에 geeignet 한지는 ausprobieren해봐야 한다. 식물의 Teil만 취해서 in vitro 에서 Mikroklima 통해 생장시킴

- Etablierung : establishment

- aseptische Kultur : aseptic culture, 무균 배양

- Apikale Dominanz : apical domiinance, 정점 지배, 잘라내면 ? , 그리고 in Vitro 에서는 어떻게 다루나요? 어렸을 때 조져야된다, Auswahl der Mutterpflanzen  Phase에서 중요하다, 

- Heterosis : 잡종강세, Heterozygote 의 Vorteil als Selbstbefruchtung, e Leistung hybriesierter F1 überlegen sie der Elterngeneration

 

6. Meristemkultur und Virusbereinigung : 분열조직 culture

 - Je kleiner Explantat, umso größer die Chance, Pathogenfreie Pflanzen zu erhalten!

 - klonale Massenvermehrung, 

* Gattungsgrenzen Rückkreuzung : 

* Embryo : 배아, 

* Endosperm : 배젖, 배(胚)와 같이 존재하며 종자를 구성하는 조직. 발아시 배에 양분공급을 담당한다. 겉씨식물에서는 대포자의 한핵이 왕성하게 분열하여 먼저 수백 개의 핵이 된 후에 일시적으로 세포벽이 생기고 다세포의 자성배우체가 되며, 이 중 장란기 외의 부분이 배젖이 된다(1차배젖). 이 부분은 배에 영양을 준다. 이에 비해 속씨식물에서는 중복수정 현상이 있어서 2극핵의 합체에 의해 생긴 중앙핵과 웅핵과의 합으로 된 3n의 핵에 유래하는 배젖체에 해당하므로 2차배젖이라고 한다.

1차배젖, 2차배젖 모두가 배낭에서 발생하기 때문에 배젖이라고 한다. 다핵세포대로 끝나는 형(핵형)과 일시에 세포벽이 생겨서 다세포화하는 형(세포형)이 있다. 또한 속씨식물에는 배낭외 부모의 복상조직, 예를 들어 주심조직이 발달하여 배를 둘러싸고 양분을 축적하는 주유를 볼 수 있다.

 

* Embryosackkern : 

7. Gewebekultur in der Pflanzenzüchtung

 - Embryokultur oder embryo rescue : 

 - Protolastentechnologie und somatische Hybridisierung durch Zellfusion

 - Haploidtechnologie (Gewinnung von homozygoten Pflanzen über Haploidkultur)

 

[4. biotechnologische Methoden] Obst

* Sterilität bei Obst 는 아직 본적없다고 한다 맞나..? Gewebekultur 로 만들기 힘들다는 듯... - 리나인가 한테 물어볼것

1. Voraussetzungden der In vitro kultur

 - Nährmedien+...

 2. Klonale Mikrovermehrung über apikale laterrale Knospen

  - 어떤 상황에 유용한가? 바나나, Hinbeeren 등 Virus Infektion große Rolle spielt 하는곳

 -그림 b 는 partial apikale dominance, 그림c는 Indol säure 로 Apikale dominanz induzieren

3. Phasen der mikrovermehrung

 - Überführung in das Gewächshaus : 가장 중요한 단계.

4. Meristemkultur und Virusbereinigung : einfach Virus-freie Gewebe Meristem. 이유는 아직 모르나 한 이론은 meristem hat keine Vaskuläre System 즉 keine Kontakt. 다른 이론은 Meristem 은 Infektion 되는 것 보다 빠르게 wachsen해서라고. 

5. Adventivbildungen an Explantaten : Bildung von Organen aus nicht meristematischem Gewebe(Entwicklung noch nicht festgelegt ist) = Adventivbildungen

  - 잎에서 Spross 만들게 하거나. 다른

 - induktion 에는 GA, Auxin 같은걸로 

시험 중요 : Rolle der BSA, wie schutzt Sorten (- Zulassung...), Marketschutz, wie neue Sorte anerkannt wird? neue Namen, Merkmale, ein Landeskulturelle ...,  

 

- Reiser, Edelreiser :

 

[Obstzüchtung am Beispiel Apfel]

1. Meilsteine der PFzüchtung : Kreuzung, Linien, Population, Hybird 이렇게 4가지로 나뉜다

 - Kreuzungszüchtung : 제일 고전적인 형태.

 - Clonzüchtung : Obstzücbtung에서 특히 중요하다! Edelsorte über , Erhaltung 에도 매우 편하다 

2. 라이저? 접붙임?

3. die Entwicklung der Obstzüchtung : 미국서 시작했고 그다음 독일. 

 - 이 독일 양반들이 유명한 Erdbeere (Mitze?) 만듦.

4. Der Weg in der Obstzücbtung : 

 - Wegschmeißen 은 기본적으로 künstlich durchgeführt

 1) Bestäubung : mit Tüte abdecken. 다행이도 Apfel은 SI PF. 즉, Kastration nicht notwendig. Biene 이런거만 막으면 된다. 

* Bestäubung 과 Befruchtung 의 차이 : 전자는 Pollen , Narbe treffen, 후자는 Pollen mit Egg treffen? 사과는 전자는 되도 후자가 발생치 않는 SI 이다. (반대인가? 찾아볼 것)

 2) Stratifikation : 80 Tage im Kühlschrank -> Keimruhe gebrochen. 정상적으로는 12년까지도 걸리기 때문에 이 기간을 짧게 하려고 빛을 끄고 + 

 - Transitionsphase 는 88 Nodes 가 지나면 (즉 Höhe abhängig) 가능 - als Adult. 1, 2년 후 Versuchsfeld 에 가능하다.

 - 결론적으 4, 5년 nach Kreuzung zum ersten Frucht 걸린다!

5. Arbeitbereiche der Apfelzüchtung : Alternanz (die Schwankung des Fruchtertrages im zweijährlichen Rhythmus an Obstbäumen)

 - Resistenzzüchtung : weniger Anwendung der PSM

 - Feuerbrand 

 - Phytoplasma : 한 종류의 Krankheit

 - Columnare : sehr populär. 이건 위로 잘 자라서 Topf 에서 기르기 좋은 녀석인듯

 - Befuchtungsbiologie : S-Allel 두개 만나면 nicht befruchtbar. 이거 관련해서 연구. 

 - Zieräpfel : 꽃이 이쁘고 작고 

[Genetische Variabilität]

1. Elternwahl : 여러 Eigenschaft 를 고려해야함

 - Qualität : Nicoter(칸지), Honeycrunch (미국 미네소타, 크고 씹는맛 좋고), Pinklady(Lageäpfel)

 - Fruchtgröße : man darf nicht unterschätzen. 플라스틱없이 작은 사과는 들고 다니기 좋다? Verpackung 의 Kosten을 고려한 것. 

 - 핑크레이디는 Clubsorten 인데 의미는 정해진 퀄리티 (색깔, 형태 등) 을 만족한 제품만 auf Markt 팔릴 수 있다는 의미.  

2. new Traits : Baumschule - 여러 Population 을 기르는 곳. Mu

3. Elternwahl - nutzung des Zuchtfortschrittes : 

 - Vf : Resistenztyp gegen Schorf (Fusicladium, Schorfkrankheit) 을 의미한다

4. Elternwahl - Eineung der genetischen Variabilität : 대부분의 Sorten 에서 Golden Delicious 가 발견된다. 예외는 정말 예외적으로 적다

 - Golden Delicious : Eltern으로서 제일 중요한 녀석.

5. Selektion - Einschränkung dererzeugten genetischen Variabilität : 

- Merkmale bewertet umweltabhängig!

 - 몇가지 Methode 가 개발되어 있어야 한다.

6. Qualität assesment : 몇가지 Index 가 있다 - Stärke Abbau, Größe, Gewicht, Säure, Vitamine, Festigkeit, Verkostung (Tasting)

 - Rotfleischigkeit : 사과에서 특히 중요한 요소 중 하나. 아래 종은 Schale, Fleisch, sogar Blatt 이 rot 이다.

7. MYB10 Promotorallen : 

 - BVIII 16,9 : 맨 아래 하얀 과육은 말하자면 잘못 교배된거. 실험상 오류

8. Aroma : 

9. Vitamin C : 

10. Resistenztests - Mehltau : 겉으로 봐도 확실히 Qualitätseinbuße

 - Feuerbrand : 대상으로 할 때 LNA 사용한다. 

 - Inokulieren und Infizieren : 아까 Bestäubung, Befruchtung 과 같다. 

11. Evaluierung der genetischen Ressourcen : 몇가지 문제가 있다

 - 베를린의 컨퍼런스에서 5명의 전문가가 한 종을 갖고도 6개의 의견이 나올 정도로 formologisch Untersuchung 은 어렵다. 지금은 molakulare Untersuchung 덕분에 좀 낫다.

 - Sortenanmeldung : 뮤턴트 (일찍 Reif, 늦게 등 온갖 Variante) 덕에 구분이 쉽지않다. 즉 새 종이 아닐 수도 있고 새로운데 사실은 Mutant 이고 같아비는데 사실은 신종일 수 도 있고.

 - Sortenschutzanmeldung : 이건 또 다른 이야기

12. Resistenztest - Schorf : 

13. new diesease 

 - Marssonina coronaria : 

14. Limits of phenotypic selekction : 

* Phyramidisierung : 다른 병들에 대한 Resistenz 를 한큐에 담는 것 뿐만 아니라 한 병에 대한 여러 Resistenzgen 을 담는 것도 가능하다. Resistenz gegen Schorf (Rvi6, Rvi6...) 들도 이 예시

* Transgene를 이용해 저항성이 없는 종을 Donor 로 했는데 자손은 Resistenz 가졌다. 이게 의미하는건? 최소 2개 이상의 유전자가 이 저항성에 연관되어 있다는 것. 

* 전제 : DNA Isolation, DNA Marker entwicklet (MAS marker assisted selection 마커를 이용해서 필요한 재료를 바르고 그것들을 이용해서 Selection)

15. Neues Testersortiment : 이 종들은 각각 Schorf Resistenzgen 을 하나씩 갖고 있다. 

16. Use of markers in scab resistance breeding : 우리의 마커가 각각 다른 크로모좀에 존재하는 것이 Kreuzung에 유리하다! 

 - size of population : 이걸 극복하는 건 개빡시다. 뭐 Homozygote 를 만드는게 한 방법이지만 8개 유전자를 한큐에 Homozygote 만드는건 또 개 빡시다.

 - 그 다음 세대에서는 Rekombination이 발생치 않은 이상 다시금 Resistenzgene getrennt. 하지만 마커가 Zielgen과 충분히 가깝게 gekoppelt 되면 마커를 이용해 딱딱 Nachkommen Selektion가능. 그래도 만약 마커가진애가 저항성 안보인다는 건 두번 rekombination 됐다는거라서 마커를 여러개 쓰자. 

17. Bonitur der Tester : 9는 완전 감염, 7은 50프로, 1 은 resistent. (Schorf - scab disease)

18. Effektivität : MAS 의 장점. 일찍 Selektion가능하고 

 

[Grundlagen der Markergesttützten Selektion in der Obstzüchtung]

 - Stand der Sortenzüchtung, Anforderungen an eine moderne Sorten, Grenzen der phänotypischen Selektion...

1. Kopplung und Rekombination : Kopplung은 zusammen vererbt, Rekombination은 getrennt vererbt

2. wie wurden neue Sorten gezüchtet : 아직까지도 Vf-Sorten (Schorf resistent für Apfel) 는 없다.

3. Zuchtwege werden zunehmend komplexer : 요 80년간 Obstzüchtung은 크게 엄청난 Verbesserungd이 없었는데 (Zufallssämling)  여기엔 크게 2가지 이유가 있다. 하나는 zufällige Sämlinge 이 꽤 hoch qualifiziert,  한편으로는 Obstzüchtung이 굉장히 konservativ (konservative Haltung) 하기 때문. 

 - 3 Sorten 이 거의 육 칠십프로 Markt 를 차지 : Weltsorten이라 부른다. 

 - konservativ : 새 종을 개발하기 보다, 기존의 종을 갖고 계속 한다. 질병이 발생해도 새 종을 개발하기 보다 PSM 등을 통해 기존의 종으로 싸운다.

4. Zuchtweg am Beispiel von Pinova : 독일에는 2500종의 사과가 있다. 

 - sehr wenige Privateunternehmen : zu lang dauert und nicht sicher

 - fast völlig stattlich : 새로운 종을 그럼에도 (몇몇 종이 다 독점하다시피 해도) 만드는 이유는 Profit zu maximieren! stattlich finanziert 되니까 당연히 이익도 그들이 가져간다. 

 - 시장이 결정한다 : 사과 색깔 (요 십수년간은 그냥 빨간색이 대세), Ernährungsinhalt (Vitamin...), 

5. Ansprüche werden komplexer : 크게 3가지 Fruchtqualität, Resistenz, Ertrag 각 10가지 이상 하위분류

 - neue Sorten : mindestens oberen drittel 의 기준정도는 충족시켜야 한다!

* Züchtung ist immer Kompromise

6. Grenzen der phänotypischen Selektion : Merkmale가 뚜렷(ausgeprägt)하고 phänotypisch unterscheidbar, 그리고 Testverfahren schon entwickelt.

 - 이 관점에서 Resistenz 테스트하려면 1년은 걸린다고. 

 - Reife bei Obst : 2가지. Erntereife (수확할 수 있도록 Früchte 크는것), Genussreife (bei der Lagerung Aroma 등 맛이 발달하는 것)

7. Vf Schorfresistenzgen : neue Rasse 7

 - Versuchsfeld : gemischte Rassen auftretten  

8. Ausweg eins : Rassetests

 - aufwendige Testverfahren : 

9. Ausweg zwei : Markern zur Erleichterung der Selektion 

 - 어떤 경우에 Marker가 gekoppelt, nicht 인가?

10. Kopplung und Rekombination als Basis zur Erstellung genetischer Karten : 중ㅇㅅ

 - physikalisch / genetisch : wie oft gemeinsam vererbt werden, wie häufig getrennt - näher oder entfernt

 - 예시 : Merkmal 1 는 in 100 Individuen vorkommt. 여기서 부터 Merkmal2 99 -> 1cM, Merkmal 3 95 -> 5cM

 - 물리적 카르테는 만들기는 어려울 것이다. 다 시퀀싱해야되고 뭐 나열하고. 그렇지만 있다면 우리는 마커의 정확한 위치를  갖고 작업할 수 있기에 유용할 것이다. 하지만 물리적 카르테가 있더라도 genetische karte는 여전히 필요하다. 씨퀀스는 씨퀀스일뿐, 어떤 유전자, 마커가 entscheidend 한지 알기 위해선 결국 genetische Karte개념이 필요하기 때문이다.

11. genetische Karten : 

12. morphologische Marker zur Erleichterung der Selektion : 신기하네. Stachel 처럼 겉으로 바로 구분가능한 Marker

13. Vergleich Markergestützte und phänotypische Selektion : Rutenkrankheit를 예시로 

 - MAS 의 경우는 비슷

14. Welche Vorteile bietet eine MAS : 크게 6가지

 - Sämling 부터 선별가능, geringe Kosten, Zielorgen 기다릴 필요 ㅇ벗다, Umwelt / Testbedingung unabhängig, Test auf mehrere Gene für das gleiche Merkmal möglich, viele Merkmale können in kurzer Zeit evaluiert werden

15. 여러가지 Marker : zytogenetische Marker, chemi...

 - 결국은 genetische Marker다 이말이야

16. molekulare Marker zum Herkunftsnachweis : 어디서들 왔냐 이말이야

17. molekularer Marker in der Resistenzzüchtung : Electrophoresis 로 비교하는 표 만든걸 Muster 라 카네.

18. wie effektiv kan eine solche Selektion sein : 4개의 저항성을 다 갖춰야된다고 생각하면 1개 빼고 다 wegschmeißen. 그래도 3개정도면 나쁘지않지 하면 대충 20개 정도 확보가능. 

 - 결국 Züchter 의 결정에 달려있다ㅏ. 

19. Nutzung von Markern in der Schorfresistenzzüchtung : 

20. wie groß muss eine Population sein : 얼마나 길러야되능가

21. Lösung : rekombinante Genotypen

 - Rekombination 으로 인한 오류를 피하기 위해 2개를 다른 크로모좀에 섞어서 확실히 하자우. 

22. wie realistisch ist eine MAS für QTL : routinnemäßige Anwendung in der Züchtung noch nicht möglich, in der Zukunft wahrscheinlich denkbar!

23. Zusammenfassung : 

 

in der Prüfung 파텐트는 어디서 해당되는가 어떻게 genetische Ressource 만드나 누가 만드나 어떻게. 어디서 오나. Folie 있는 걸 달달 외우는걸 요구하는 건 아니고 제대로 이해하는지 물을거라고. Kreuzungsystem, Befruchtungsystem,  

 

[Klonzüchtung bei Obst und Zuchtziele]

1. 4 Sortentypen : 아주아주 기본이고 왕 중요.

2. Fortpflanzungssystem, Vermehrungsweise, Sortentyp : in der Prüfung wichtig 잘 봐라 이말이야. 

3. Klonzüchtung : F1 stark Aufspaltung. wie realistisch! = schnell, einfach, Kosten reduziert

 - Hellrot, Größe, gesunde Aussehen : 다큰 식물을 Selektion 하는 데 오직 이 겉보기만 중요하다. 수많은 Früchte를 Gewichte, Geschmack 이런거로 구분해서 바르는건 zu viele Arbeit, Kosten erforderlich

 - 위의 방법도 있고 또는 Pfeile 들고 가면서 흥미로운 거 보이면 꽂고 뒤에 Assistenten 이 그거 dokumentieren

 - 첫 세대는 저렇게 바르지만 그 다음 세대로 갈수록 Gewicht wiegen, Ertrag, Verkostung 등 다른 Merkmale testen 

 - 네덜란드에 Erdbeere Unternehmen있는데 Züchtung하는데 선별을 기계로 한다고. 오직 겉보기. 보고 안좋으면 그냥 바로 wegschmeißen!

4. Bewertung von Zuchtklonen : 그냥 딱 봐서 gesund 하냐고

5. Der Weg in der Obstzüchtung 

6. Zuchtziele : 

 - 시장에서 독일서 가장 영향력있는 자들 : 리들, 카우프란트 같은 Kette!! 그들에게는 맛은 사실 중요한 요소가 아니다. 일단 시장에 낼 수 있어야되기 때문에 gesund 해야되고 소비자가 사가면 거기서 끝. 실망하더라도 포장을 바꾸거나 하면 어차피 또 같은 곳으로 올 것이기에 소비자의 실망은 큰 문제가 아니라고. 사실상 Monopol

 - 여기에 Patent unterschiede 가 영향이 있을까?? 

https://www.transgen.de/recht/1523.patente-tiere-pflanzen.html

7. Resistenzzüchtung : Viren은 chemisch nicht bekämpfbar

8. Wechselwirkung Wirt - Pathogen

9. 왜 Polygene Resistenz 가 우리는 필요한가. 

10. Terminologie für Resistenz : 

11. Zuchtmethodik : Erfassung der Resistenz, 

 - Gewächshaus 에서는 Erreger Druck 이 너무 높아서 Resistente 가 infiziert되기도 (Mehltau)

 - stadienspezifisch : 

 - Hypersensitivität 은 모노겐 Resistenz이라구. 

12. Selektion auf den Phänotyp

13. StressToleranz : Trockenheit는 Obst in DT 에는 사실 큰 문제가 없다고. 

 - UV - Stahlung : 이게 사실 가장 큰 문제다. 햇볕 데임 현상

 

7강. Model Züchtzuing von Gemüse, Obst ---

* 독일은 genuge Plätze 가 있어서 Vertikale Landwirtschaft 는 상대적으로 약하다.

1. Entstehung v7.on Gemüsearten : Domestikation (Wildform > Primitivform > Kulturform)

 - Zeitskala : 전반적으로 볼 수 있다. 참고로 좋을듯!!!

 1) Bohne : Phaseolus vulgaris L & P.sp. 5종이 10000 v.Chr domestiziert 그리고 칠레등으로 verbreitung

 2) Spargel : Asparagus officinalis L. 50 AD 로마애들이 A. Officinalis 사용하기 시작, Ruhm von Braunschweig 는 1910에 쭈게라센됐는데 사실상 모든 슈파겔의 조상격이다. 엄마든 아빠든 어떻게든 현재 쿨투어아튼 betreffen

 - 순서 : Taxonomische Einordnung > Nutzungsorgane (Gemüse) > Entwicklungs- und Blütenbiologie

 - Nutzungsorgane : 자멘, Frucht, Blüte, Blattspreite, Petiole...

 - 몇년생인지도 역시 중요하다, 쿨투어플란을 세우기 위해. 

Züchtungsforschung > Zuchtverfahren > Zuchtziel > Erhaltungszüchtung und Saatgutproduktion

 - Größenverhältnis von Einzelblüten bei ausgewählter Gemüsearten 왜? 게뮤제 쥬히퉁에 특히 중요하다고 한다, 

 - 그리고 Blütenaufbau 그림도 여기서 나온다! 그리고 스포어 형성과정도 있다

 - Befruchtung und Samenentwicklung : doppele BFCT 이부분이 entscheidend als Standardbiologie auch, 

 - Befruchtungssystem

 1) obligat selbstbefruchtende Arten : Erbse, Bohen, Linse, Erdnuss, 토마토,

 2) Hermaphrodite fremdbefruchtende : Möhren, 

 

* 여기서 Selbstinkompatibilität, Gametophytisch, sporophtisch 설명이 나온다, Gam SI, Spo Si 등.

 - SI는  multipler S-Allele 로 인해 bestimmt werde, 좀 복잡하단다.

 - Spo-SI Dorminanz / Co-Dorminanz

* Männnliche Sterlität : CMS(원형질에 있는 Chondriom, 즉 mtDNA 미토콘드리아 게놈에 위치, 이걸 어케하면 100프로 크로이쭝나흐코맨 männlich steril)  GCMS, Unfähigkeit der Pflanze befruchtungsfähigen Pollen zu bilden !! (

 - SI 처리된 폴렌 사진 비교중. 아래 Gestörte Pollenentwicklung 사진에서는 동그란 폴렌들이 제대로 발달되지 못함을 알아볼 수 있다. 그 다음 Möhren 사진에서도 아래는 Anthere 도 제대로 안발달했고 폴렌도 생긴건 그 형태인데 기능ㅇㄴ 아닌듯

 3) Getrenntgeschlechtlich monözische Arten : Gurke, Melone, Kürbis, Mais, Spinat, Cassava (Maniok)

 4) Getrenntgeschlechtlich diözische Arten : 슈파겔, Spinat, Yams (Süskartoffel)

* 쭈토플라즈마는 무터에게서만 온다? 그래서 Züchtungplan 할 때 어떤 형질을 엄마, 아빠에서 취할지를 생각하고 골라라고 말하고 잇는듯

 5) Apomiktische Arten und vegetativ vermehrte Arten : relativ kompliziert, Parthenogenese (auch Jungfernzeugung oder Jungferngeburt genannt, ist eine Form der eingeschlechtlichen Fortpflanzung. Dabei entstehen die Nachkommen aus unbefruchteten Eizellen)

 

- Zuchtziel : 언제나 복잡한 특성들을 내재해야 한다?, 예시는 뭐 ERtrag, Qualität, Toleranz (biotic/abiotic), Technologische Merkmale, 세계시장의 트렌드에 맞춘 특성들 (Erweitung der Angebotspaltete)

- Züchtung 에는 Einflussfaktor 가 여러가지다, 클리마 Demographie, 전통, 라이프스타일, kentnissstand in der jeweiligen Kulturart (Züchtungshistorie), 안바우프락시스의 요구들(빠른성장, 안정성, 적은 압팔, 할티히카이트), 

 

- Merkmale : 

 1) Ertrag : Photoperiodische Reaktionsnorm (Kurztag, Langtagpflanzen) 게뮤제에 특히 중요하단다.

 2) Qualität : Aussehen (Homogenität), Sensorische Q(맛, 향, Textur), Gehalt, Verarbeitungseignung(이걸 테히놀로기쉐 Qualität 이라 부르네), Nutzungsdauer, Markt-, Lagerfahigkeit (채소는 막시말 7일정도. 슈파겔은 더 짧고. 이건 기술적 영역에 많이 abhängig, 

 3) Toleranz, Resistenz gegen biotische Stressfaktoren : 

 4) gegen abiotische : Hitze, Dürre, 

 5) technologi : 못들음

 6) globale Marktentwicklung : 지역만 대상으로 하는게 아니니까. 시대마다 다르다! 예를들어, 70년대 Brokkoli, Radicio, 80년대 Nüsslisalat, zucchini, spargel, cherry -tomate 90년대 Eisbergsalat, Rucola, Kürbis, Bärlauch 2010년대 Avocado, Sprosse (새싹)

* 새로운 트랜드 후보들 : 청경채 Pak choi, Dörrbohnen 말린콩, Schnittsalate 잎상추 등. 

* 채소는 이제 Beilage라기보다 식사의 중심에 더 가까워졌다. 그래서 Qualität 에 있서 höhe Anforderung를 직면하고 있으며 Snack pack 과 같이 달고 작고 애들한테도 접근성이 좋은 채소류도 수요가 발생하고 있다. 

 - 시대별 쮸히퉁 테크닉 연표 설명중. 1800년대 멘델 genetIk 이 사실상 Wendepunkt. Smart Breeding 은 Marker 테크닉에 기반한다.

 : Hybrid, Mutation, Kombination, Auslesezüchtung 까지는 klassische Züchtungsmethode 고 그 다음부터는 Biotechnologie

2. Züchtungtechnik und Geschichte

 1) Auslesezüchtung : Zentripe, Massenauslese / Individualauslese (이녀석의 문제는 선별하더라도 겐이 여전히 들어있다는것)

 2) Kombination : basiert auf mendelsche REgeln 근데 유전적으로 완전 새로운 콤비는 eingeschränkt (genkopplung, mulptiple alle, 

  - 여기서 멘델 레겔 설명중 우니폼 - 분리 - 운압헹기히 등. 

  - Linienzüchtung : 2가지 방법이 있다 Stammbaumethode(pedigry), Ramschmethode(bulk population)

* 여기서 온갖 육종법을 그림과 함께 다 설명중 Rückkreuzung (isolieren negative Allel durch wiederholte Kreuzung mit einer Eltergeneration)

 

 3) Art- und Gattungskreuzungen bei Gemüse : 

 - Schwierigkeit : Kreuzungsbarrieren, Störung der Embryonalentwicklung, Meiosestörung, 여튼 뭐가 힘든점이 많다. 무슨 Cytoplasma 랑 핵간의 문제가 있어서 클로로를 적게 포함해 제대로 못써먹는 애가 되는등...

 - 예시 : Kartoffel mit solanum acuale, S. demissum 등, Tomate 랑 Solanum 등, Spargel mit Asparagus acutifolia, Poree mit A. Commutaum (아스파라거스 시리즈), Zwiebel mit A. fistulosum (좋은 예다. 뭐시 많이 좋아졌다.)  

 4) Mutationszüchtung : zufällige und nicht zielgerechtete (?) 가능성은 뉴트럴, 개판(schädlich, letal), 또는 vorteilhaft

  - Genmutation, Chromosomenmutation, Genommutation(Allopolzploidisierung) : 뭐임???

  - Auslösung : spontan, Strahleninduzierte, Mutagene Agenzien (EMS, NMH, Natriumazid NaN3, Colchizin)

* Tilling (Target Induced Local Lesions in GEnome) : 돌연변이 육종과 분자생물학적 기술의 합작, inwieweit ein für die Zucht relevantes GEn mutiert ist. 비싸서 큰 대학같은데서나 가능하다. 

 5) Hybridzüchtung : heterozygote einheitliche Hybridsorten die im Nachbau genetisch nit stabil, 

  - Uniformitätsregel 응용, übersteigt Hererosis 이 부분이 아주 중요. F1 Saatgut 이 판매된다!

  - 장단점 : 헤테로시스, 단일 특성의 경우 빠르게 콤비니어바카이트, 그리고 프램트배프루흐트일 때 호모게니텟하고 QTL 에서는 더 빠르게 Zuchtfortschritt 된다... 문제는 Linienentwicklung 이 aufwendig 하고(부모를 매번 아는게 힘들다?), Inzuchtdepression을 ü´berwinden해야하고(Eigenleistung), LEbensdauer der Sorte hängt von Stabilität der Linien ab!, teurer Saatgutproduktion (엘턴이 아이그눙한지를 확인해야되기에 종자생산이 상대적으로 비싸다)

  다음 시간에는 Hybridsorte 를 어케 만드는지 4단계로 나누어 마구 설명하려고 한다. Bestäubungslenkung, Erstellung von Inzuchtlinien mit möglichst guter...