[Pflanzgenetische Ressourcen und Genomforschung]

Vorlesung

Prof.Dr.Andreas Börner : Landwirtschaft in Göttingen studiert, 

Praktikum

Dr. Kerstin Neumann

Dr. Benjamin Kilian

- die Niederlassung : branch, 외국의 지점

- die Wiederlegung : Widerlegung der Befunde Lyssenkos, 리센코의 발견(업적)을 논파/논박

- das ist eine konservative Schätzung

- eine optimistische Extrapolation : 외삽법, 추정

- Nachfrage : demand, need

- Leben im Schlaraffenland

- Entitäten

2. Kernfragen : wie Vielfalt, Messung, Veränderung, Nutzbarmachung

3. Kursziele : PGR (Pflanzgenetische Ressourcen), Werkzeug Anwendung, Bewertung Methode

4. Inhaltverzeichnis (Vorlesungsinhalte) 

6. Forschung liegen in Zuständigkeit der Bundesländer : 대학은 Bund hat wenige Zuständigkeit, 즉 Ländersache 였다. 2014년 까지. 2015부터 neue Fassung이 발동됐는데 그 이유는 Finanzbedingung 땜에 많은 과들이 abgebaut 되서. 여기서 바뀐건 Bafög 가 Land zu bezahlen 이 아니라 Bund 가 가능해짐(Ausbildungsförderung). 또한 zusätzliches Geld vom Bund 하는 대학을 몇개 새운다고 (시간은 한정적)

8. Ressortforschung은 ausschließlich finanziert vom Bund 인데 JKI 가 그 예이며 이들의 역할은 Politikberatung 이 주요함.

10. 총정리 : 무엇이 Bund, Landeseinrichtungen인가여. 즉, 어떤 기관이 중립적이고 또 정치적 의도가 함의될 수 있는가

- Max-Plank 는 Glundlagenforschung 아주 absolut Spitze, 50:50, 상대적으로 중립적으로 장기적 관점을 가져간다

- Helmholtz gemeinschaft : Großforschung, Halle 에도 Umweltforschung 하나 있으며 sehr gut finanziert. Bund가 크게 영향을 미치며 Politische Intention 아주 강하게 묻어난다 (또는 묻어날 수 있다), 90:10 

- Leipniz : IPK 도 그 부분, Grundlagen-, angewandte, 50:50

- Fraunhofer : angewandte, 아마 막스플랑크의 반대에 위치한다고 볼 수 있을 듯, 90:10. 여기도 Politik 강하게 영향을 미치나??

- Ressortforschung : 100 Bund, hoheitliche Aufgaben, relativ schnell zut politische Fragen zu antworten, 

* Institut Einschätzung : Publikation, Größe 그리고 Patente

11. Max Plank : 23,500명이고 15,000 은 Wissenschaftler, 84개 정도, 아주 강한 Top-Down 시스템 - zentralistisch. 뮌헨에서 내려온다고

12. Helmholtz Gemeinschaft : 39255직원, 15,196 Wissenschaftler, Beschleuniger, internationale Umweltforschung같은거. 슈퍼컴퓨터도 여기서 주로 사용된다. 여기도 막스플랑크처럼 zentralistisch, Nobel-träger 

13. Fraunhofer gesellschaft : 25,000명 이상 직원, 72개는 독일, 33개는 외국, 대부분 자본이 Drittmittel(third party funds) 에서 온다. Patente 는 위의 둘보다 높다, MP3 특허가 대표적 Geschichte, 

14. Ressortforschung : 40개 있다, 18,043 

- BMEL : JKI 도 그 중 하나, 3120 Mitarbeiter, 920 Wissenschaftler, 

- BMU : Umweltundesmat, 

15. Leipniz Gesellschaft : sehr heterogen, 마구 섞였다 이말이야, Deutsches Museum in München 같은 훌륭한 자연사, 기술 박물관들이 라이프니츠 인스티튜트 소속이라 보면 된다, 19,141 / 9,872. 막스플랑크와 큰 차이는 이들은 Budget이 relativ selbstständig, nicht zentralistisch, 

16. IPK 잠깐 설명 : Leiniz 소속, 1943 gegründet, 유명한 양반들은 

19. Nikolai Vavilov : Genetiker, Gesetz der homologen Reihen, Genzentrentheorie(수업에서 나중에 다룰 예정), genetische Erosion(이로 인한 피해를 최소화하기 위해 Genbank)

21. Trofim Denissowitsch Lyssenko : 멘델과 관련해서 빡시게 연구(뭐 시기가 시기이니 만큼), politisch stark motiviert

- Politik : in guter Gesellschaft gibt´s gute Personen 이 논리를 식물에도 적용하려고, 그리고 바빌로프가 하려하는 Genbank 이런 사상을 우리에게만 적용해야한다고 생각했나봄, 결론적으로 경쟁자를 감옥으로 보내버림, 

22. Erwin Baur : 

23. Fritz von Wettstein

24. Hans Stubbe : Göttingen 공부, 리센코의 명성을 조사버림

2?. Institutsstruktur : Doktoranden 54, Postdocs 113, Studenten 15 (Msc, Bsc), Technische Kräfte 138, Technisch 100, Lehrlinge 22, 

- Betrieb : KWS, Lochow, Saaten-Union, GSA, BASF, Bayer, Dow, De Ruiters, Syngenta, Trait Genetics, Saatzucht...

- Modellpflanzen : AT, Tabacco Nocotiana sp. (약학에서 많이 사용된다)

그 외에, Hordeum vulgare (Barley), Triticu aestivum (Wheat), Maize, Psum sativum Vcia spec (Legumes), Rapeseed,

- Dualer Forschungsansatz : 크게 2가지! Nutzbarmachung natürlicher Diversität 과 grüne Gentechnik. 바로 농업에 적용가능한 Eigenschaft 와 이를 만들어낼 수 있는 유전기술 (z.B Pollenfertil, Pollensteril)

33. Nutzpflanzenforschung in Deutschland - gesellschaftliche Entwicklung und Herausforderung

- Bevölkerungsentwicklung, Energieversorgung, Klimawandel, Nachhaltigkeit

- Nahrungsmitteln

- Landwirtschaft und Biodiversität

35. Weltbevölkerung : geometrisch, exponentieles Wachstum

- 1999. 6 Mrd - 2024. 8 Mrd - 2048. 9Mrd

37. Ernährungsgewohnheiten im Wandel : Fleischkonsum weltweit ständig gestiegen

- 2005년 기준 세계평균은 40kg, 브라질은 82kg, 인도는 5kg, 한국은 51kg, 방글라데시는 2014년 기준 2.1 kg... 

- Weizen Bedürfnis pro Fleisch : 7kg Rind, 4 Kg Schwein, 2 Kg Hühner

37. Erneuerbare Energien

38. Klimawandel

40. Nachhaltigkeitsgrenzen : Planetary Boundaries überschritten. 인터넷에서 볼 수 있다고 봐라캄

- Stickstoffzyklus, Biodiversität

42. Nachfrage nach landwirtschaftlichen Produkten

44. Globale Nahrungsmittelgleichung : 

45. Nachfrageentwicklung : 꾸준히 늘고있다

46. Ackerfläche

- Urbanisierung 이 Ackerfläche Verlust 의 주요 원인. 북아프리카, 중국, 호주, 인도 등에서 줄어듦

- 이 현실로 보자면, Ackerfläche 는 아까 그 공식 상 keine Lösung in Zukunft sein

47. Landwirtschaftlische Nutzfläche (pro Kopf, ha) : in entwickelte Länder stärker abgenommen als entwicklungsländer

- Competing demands? Urbanisierung (대표적 예시는 이집트의 카이로, 2% 손실은 작물로 따지면 2프로 이상의 Verlust), Biofuel, 

Land conservation (Tiere, Biodiversität), Climate change, 

48. Food per capita 인구당 소비 식량 역시 인구증가와 함께 늘었다. 

50. Weizenerträge Steigerung 은 Bevölkerungswachstum 과 함께 zur parallel 

- grüne Revolution

52. Haushalt 당 Ausgabe für Lebensmittel, Getränke, Tabak 등 은 15% 로 2000년부터 거진 고정

- 만약 이 비율로 올라가면 이는 다른 분야에서 돈이 빠진다는 것을 의미

53. Ertragsfortschritt : Pflanzenbau - Pflanzenschutz - Pflanzenzüchtung 각각 1/3 정도 역할을 했다. 지금까지는.

- 앞으로는 Schutz 는 브리딩이나 바우쪽으로 나뉠 것

54. Züchtungsfortschritt

55. 6 zeilig? in der Nodium 하나에서 3 Körner 즉 좌우 6개. 2 zeilig 는 좌우 1개씩

- 6 줄짜리는 2줄 짜리에 비해 Körngewicht 가 적다, 

- 2줄짜리는 Bier 이런거에서는 Assimilation 이 높아 굵은 Korn을 갖고 있어서 훨씬 선호된다는 듯. Braungerste 는 그래서 항상 2 zeilig und weniger Eißeis, Malz 를 위해 비록 Ertrag 이 6 zeilig보다 적어도 퀄리티가 낫다, 

58. 유용작물은 Biodiversität 죽더

- 50 프로 칼로리 : Weizen, Mais, Reis 에서 나옴다

60. Kultur PF in DT : 

- 

61.  Dominanz weniger Sorten : 20프로가 60,70프로 지역에서 자라고 있다구. 

- Top Sorten 위의 20프로가 사실상 대부분에서 핵심적 역할을 하고 있음을 알면 된다우

* 1개의 Saatgut은 60개의 Saatgut 만들 수 있다고 계산하는 듯, 

62. Agrobiodiversität auf sortenebene : 

- 90프로 하얀선이 중요하겠지요. 

- 2-3종의 Sommergerste 가 절반의 Fläche 에서 발견된다고

65. Shannon Index : 생태학에서 사용되는 인덱스. 

- Argrobiodiversität 은 뭐 상대적으로 별로라고 할 수 있을 듯. 

- 하지만 어느정도가 좋은건지는 알 수 없다.

66. 계속 쉐넌 인덱스 계산. 더 높을 수록 다양성이 높다

67. Annahme 가 여기서 의미는?

68. früher 는 약 300년전을 의미. 요즘은 당사자들이 완전 분리되었다

- Vielfalt는 요즘은 Genbank 로부터 erhalten

69. 희안하게 대부분의 Kultur PF 생산지는 원산지로부터 꽤 떨어져있다. nicht heimlich

- Genbank의 이유? Kultuf PF sind nicht fit

- Permanente Verfügbarkeit von Saatgut

- Plastid : 

- hinweg

- Lebensspannde

- Evolutionstheorie besagt aber...

- postulieren : postulate 상정하다

- Triebkraft von Evolution - Mutation, Rekombination

- Identifizierung von ;utationen aufgrund phänotypischer Aberrationen (forward screen)

- chiasmata and crossover

- chromatid

- Befund : McClintok´s Befund 

- Sorghum : Hirse, 수수

- bemerkswert

- Endomitose

- Alloploide : 이질배수체, 식물에서 잡종이 생겼을 경우에, 다른 종류의 염색체조가 겹쳐서 염색체 수가 배가 된 염색체를 가진 것을 말함

[?]

2. Geschichte

- vor 400 Mio - erste Landpflanzen

3. Symbiose - Eukaryote, 

- 1. Schritt : Proteobakterium 에서 Mitochondria

- zweiter Schritt : Zellkern, 

- dritter Schritt : Cyanobakterium Fusion, 

- Kern, Mithochondria, Chloroplast 이 3개 Genom 확보가 Pflanzenzelle 구성에 Kernphase. 이들 구성이 막을 갖고 들어왔다는 것이 중요하며 Proteinsynthese 는 Cytoplasma 에서 진행되었으며 mRNA에 3개의 별개 Objekt에서 오고 합성되고 다시 importiert 되는 과정은 aufwendig 하나 lange zeit stabil 

- Pollen은 mitochondria는 없다

4. Video 위에꺼 Erklärung

5. Pflanzenzelle : Vakuole der größte Unterschide vergliechen mit Tierzelle

- Vakuole : Giftstoff 격리가 매우 중요한 역할 중 하나

6. Arten Definition 은 nicht absolut. Manche können mit anderen Arten sexuell fortpflanzen

- andere Versuche vorhanden

7. Evolution : Veränderung in Form und Verhalten von Organismen über Generationen hinweg

- genetische Ausstattung

- b 그림에서 나타난 것은 Evolution 이 아니다. 한 세대에서 그냥 바뀌는 것은 유전이 아님. 인간의 경우 검은 피부가 갈색이 되는 것 같은것. a 이 a´ 가 되는건 아님요. 또 다른 예시는 Lactosetolerant 

- c 도 진화가 아님. Einwanderung, Auswanderung

10. Begründer

- 장 밥티스트 라마르크, 찰스 다윈, 

12. 둘의 차이

11. Alfred Russel Wallace : 

14. Evolutionstheorie : Mendels Veröffentlichung wurde von Darwin ignoriert... 놀람

15. Mutation ist Treibstoff

16. 멘델, 다윈, 월레스의 진화론 스토리 마무리

17. Neodarwinismus

18. 다윈과 멘델 결합

19. Entstehung der Artenvielfalt

- Genommutation : 새로이 크로모좀이 만들어지는 등, 완전 새로운 Arten

- Chromosomenmutation

- DNA-Sequenzmutation : am häufigsten, kleinste Umfang, 

20. 진화의 Ursache Details

- polyplo 마지막게 가장 강한 Triebkraft der Evolution

21. 아미노산 Sequenze 가 바뀌지않기때문에 맨 위에 변이는 진화에 영향을 주지 않는듯

c) frame shift : 트랜스버젼. 읽는 순서가 바뀌는 것

e) Stop Codon 끼어드는 것

Umwandlungen (A 가 T 가 되고 하는 것) : 

23. 풍크뮤테이션의 세부 요소들 : 무엇이 분자레벨에서 변이를 유발하는가 (또는 변이는 어떻게 분자레벨에서 발생하나)

Oxidative Desaminierung : Aminogruppe durch Ketogruppe (C=O) ersetzt

- Guanin 이 Xanthin, S-Methycyto... 이 티민이 되고 이런 4가지 가능성이 있다. 

- 각각의 변이의 실사례 예시가 있으면 좀 좋을 것 같다

24. Fehlpaarung durch Tautomerie : 화합물이 서로 변환가능한 2종의 이성질체로 존재하는 현상. 완전 화학

https://terms.naver.com/entry.nhn?docId=2314798&cid=60227&categoryId=60227

25. 예시. 토토메리~

27. 결과. 신기하다우!!

28. 그 결과가 어떻게 Fix되는가

- DNA Replikation 을 통해 Mutante - Wildtyp separiert

29. Rastermutationen : Verschiebung der Basen. 오 방사능 이런거에 의한 변이가 이녀석인 듯

- 독성 물질에 의해 발생할 수 있는 변이인듯

30. Strahlung : UV, Röntgen, 

- C, T : Pyrimidin 에 의해 발생. 이름은 Cytosin, Tymin 도 둘다 Y 있으니까 그렇게 알도록.

31. Mutagene Substanzen

- Basenanaloga : 5-T, U 어쩌고는 아마 reine Syntesierte Substanzen von Labor

32. Alkylierende Verbindungen

33. Anwendung : TILLING

- 최근 유럽에서 한 프랑스 회사? 가 genetische Veränderung 법을 어겼다고 angeklagt 됐는데 틸링, Bestrahlung 역시 마찬가지로 해당될 가능성이 있다고. 여튼 논란이 되고 있음요

34. 틸링 예시

35. Ergebnisse von Punktmutation

-Nonsense Mutation : Signal

-Missense : 위에랑 이거 둘다 keine Aminosäure Änderung

- Read Through Mutation : 

- Mutationsraten : 바이러스에 비해 박테리아, 식물, 인간은 변이 확률이 훨 낮은데 그 이유는 Doppelstränge 이기에 

36. 이론적인 비율

3?. Rekombination : chiasmata 는 교차점

- Meiose 에서 발생. 교차될 때 각 DNA 방향에 주의할 것.

39. 디엔에이는 5´ 에 PO4 Polarität 이 발생한다.

42. meiotische Rekombination : 가능성이 여러가지. 이제야 조금 알 것 같음

43. 보리의 크로모좀 쉐마 : 아주아주 중요. 크로모좀의 cM , 물리적 gudxo qlrz.

이거는 교수님한테 메일로 물어볼 만함. 항상 궁금해하던거임.

- 안쪽의 원은 유전적 거리와 마커 위치이며 제일 바깥쪽 원은 물리적 형태와 마커 위치. 신기하게 주요한 마커는 다들 바깥쪽에 위치하고 있다는거.

- 어째서 이렇지??

- IBSC. NAture 2012 491.711-16

44. Intragene Rekombination : Speziel Fall. 뭔소리인가?

45. Rekombination kann zu genetischer Variation führen

- 

46. Reparatur von Doppelstrangbrpchen

- somatische Mutation (SDSA) 은 Meiose 만큼 확실히 연구안됐다는 것 같은데...

- 

47. 개 어렵.

- Ausnahme 로부터 발견된 사례 : geringe oder keine Homologie erfordert

48. 쉐마 마무리

- 

49. Spezielle Fälle

50.

51. Mikrosatelliten : eine Sorte Marker

52. Repetitive DNA : 2 Typen

53. Tandem repeats  : 

54. Transposon 은 mikrosatelliten 보단 훨씬 크다

55. 트랜스포존 

- 트랜스포존 역시 크로모좀 위에 존재하는 아미노산으로 이루어진 부분이다

- 이 특정 염기는 durch Transposase herausgeschnitten.

- 

58. 트랜스포존의 유형? Elemente 인듯 

- AC (autonom) : mit Transposase

- DC (nicht Autonom) : selbstständig bewegen ohne Transposase, 

59. 맥클린톡의 트랜스포존 발견 셜명중

60. 트랜스포존 원리 설명 : noch mal als schema

-

61. 위에꺼까지는 Klasse 2 - DNA Transposon. 여기서부터는 Klasse 1 - RNA Transposon

- Retroelement : 

- LRT : Long Terminal Repeats

- Retrotransposon : 트랜스크리피어트 되어 mRNA 가 되어 Cytoplasma 로 나간다. 여기서 Translation 되어 Protein이 되는데(바이러스 같은 성향을 띈다) 이 파티클은 Reverse Transcriptase 가 되어 nucleus 내부로 interation된다. 이 reverse Transcriptase 는 RNA 로부터 doppel strängige DNA 를 만들 수 있는 유일한 효소이다. 여기선 Cut and paste 가 아니고 Copy and Paste 라 부른다. 

62. LRT-Retrotransposons : 

- retrovieren : RNA를 doppel strängige DNA 로 만드는 것. intaktes Virus 의 주요한 능력이다. 

63. ganze Reihe der  Typen : 오른쪽에 Autonom / non Autonom

64. Retrotransposon 은 sehr häufig in PF.

- Retrotransposon transkribiert - Translation - Integration 은 Lebenszyklus innerhalb der Zelle

- Reis - Sorghum - Mais 순으로 Genomgröße 에 따라 Transposon Typen, Anteil 이 다르다

- Retrotransposon 이 많으면 DNA Transposon 이 적다. 그 역도 성립

- Genomgröße 크면 그만큼 (Retro) Transposon 도 많다. 

65. in Gerste (Hordeum ...)

66. wenn DNA sequenziert...

- centromere : 동원체. 크로모좀의 잘록한 허리 부분

- 400 Nukleotide Sequenzen eingebaut.

- 같은 색깔을 가진 녀석들은 같은 그룹이란다. 비슷한 애들. 트랜스포존 처럼

- 여기서 100kb 에 있는 회색 부분이 Virusresistente Gene gegen Gelb mosaic Virus, 

67. LTR-Retroelementen 중 어떤 염색체가 더 최근에 추가된 염색체인가. 

68. Altersbestimmung von LTR-Retroelementen

- Annahme : 가정! keine Selektion, Mutation befindet sich einfach auf ...

- 아래 그림에서 GD 계산은, 위의 뮤테이션과 아래의 뮤테이션 간 간격은 2개. 전체 Anzahl 은 10개. 즉 2/10 = 20%

69. 완전히 유전학 기반의 진화론 연구 Methode

70. jede Menge kaputte Transposons ...

- LTR 회색 하나가 single Transposon

71. 한 스위스 Bioinformatiker 가 이 자료를 갖고 700 mio Transposon 역사를 정리한 거임

- Das Wachstum basierte einfach auf der repetitive DNA Fragmente

72. Größenangaben in 1C-Werten : Pico gram = ungefähr 980 M Basen. 

- Weizen, Hafer : Hexaploide

- Fritillaria : 엄청 크다, 꽃, 

73. Chromosomenmutationen : Centromere 는 유지

- deletion : 

- Inversionen : 

- Duplicationen : 

- Recirocal Translocation : Polyploide Genomen 에서 주로 발생

74. Translokationen : 형광된 녀석은 Backqualität 에서 주요 Rolle spielt 하는 Gen

- E 는 Deletion 되었다 kurze Arm 이 

75. Genomduplikation : Polyploidisierung als treibende Kraft der Evolution von PF.

- 크로모좀 뮤테이션의 한단계 위 이며 neue Artbildung 의 주요한 Triebkraft

76. 제일 아래가 우리가 기르는 Gerste

- Tetraploide Herste 도 있다우 H.jubatum 

- Hexaploide 도 있고 이 duplizierte Arten 의 Genom 은 각각 복잡한 화살표의 종들에서 왔다.

78. Polyploidisierung : 일단 독일에는 Wildtypen Gerste 가 좀 적은 편이다

- 크로모좀수가 7개 인 녀석들이 diploide 니까 다해서 14개 일거다. 이 3종은 homeologue 일거고 Ursprung von Weizen

- 이 세 종의 뮤테이션은 pre history 인간 전이며 Triticale 는 인간이 Kultur 한 뒤로 생겨났다고

79. 현생 밀들의 Domestikation evolutionäre Geschichte 

- Emmer 에서 나오는 T.durum 은 Pasta Weizen 

- 이 엠마와 왼쪽 하단의 야생종이 섞여서 나온게 T.aestivum, 즉 Brotweizen

- 제일 오른쪽의 Einkorn이 Domestiation 되면서 

80. Polyploidisierung in PF

- Endomitose, Kernverschmelzung

- 2가지 가능성

- prämeiotische Chromosomenverdopplung : Fusion zweier Pollenmutterzellen

- postmeiotisch : Kartoffeln, aber sehr selten

- meiotische Restitution : 가장 흔함!

- doppel Haploide (특정 Pollen) 의 경우 이런 가능성이 적다고. nein. 

81. meiotische Restitution : 가장 흔한 경우

- Meiosis 1 : 하얀 건 Zellwand. 나뉘기전에 Rekombination (cross over) 되고 statistisch 보통 크로스오버는 발생한다. 

- Meiosis 2 :  결과적으로 4개, 이걸 무슨 플로이드라고 부르나??

- eine haploide PF keine solche Situation, Diploide PF 은 가능하다. 

- WT 외에 다른 Anomalie (기형) 의 설명. 다들 jeweils diploide

82. 가능성!

- Szenario 1 : 이건 최초 세대에서 Meiose gestört된 경우다. 시나리오2에 비해 unwahrscheinlicher 한데 왜냐면 둘의 가메테가 동시에 gestört 되어어야 하기 때문.  diploide Gamete. F1 으ㅡㄴ amphi diploid인데 왜냐면 부모의 디플로이드 가메테를 둘 다 갖고 있으니까. 그 F1 이 Meiose 를 하면, 

- Szenario 2 : 이건 F1세대에서 gestörte Meiose 가 생긴 경우. haploide Gamete, 그래서 reduzidert Haploide라고 한다. F1 은 부모의 단지 einmal Chromosom 을 갖고 있으니까 amphi haploid. 이 경우 

- 둘 다 최종적으로 F2 PF 은 amphid - Diploid 된다. 

84. 실험적으로 이걸 밝혀보자구

85. 일본에서 실험한 것

- Abhängigkeit der Wachstumszeit

86. 왼쪽은 보다시피 nomale 4 Gamete

- 오른쪽은 Triploide, synthetische Weizen. 젠장 이해 못함...

87. 왼쪽으로 가면 diploide, 오른쪽은 Tetraploide,  그런 쉐마다

88. 

89. 아라비돕시스의 Urvater? 는 Tetraploide 였는데 시간이 지나며 Diploide 가 됐다 이말이야

90. 각자는 별개의 Reis Genom 이며 선은 ähnliche Sequenzen oder Homologue 를 의미

91. 쌀은 70 Mio 때 Genomduplikation 을 통해 발생했으며 

92. 2 typen duplizierter Gene

- A, A´(A Strich라고 부름) 그리고 각 분리된 종 간의 차이를 아래 2 개념으로 구분하고 이를 통해 genomische Unterschiede 를 구분한다.

- innerhalb der Arten durcheinander 

- Orthologe Genen : 

- Paraloge Gene : innerhalb eines Genoms

93. Gerste, Reis 는 gemeinsame Vorfahren을 가진 두 종이며 이 쉐마를 통해 겐듀플리카찌온이 종분화를 이끌어낸 결과 설령 종분화가 났더라도 어쩐 종이 유전적 연관성을 보이는 지를 연구할 수 있다. 

- 아마 목적은 유전적 연관성을 통해 evolutionäre Verwandtschaft 를 관찰하는 것인듯

94. 우측 상단 표의 w/o without 을 의미

95. 살짝 넘어갑시다 여기 파트는!

110. 식물의 Evolution 정리

- Punktmutation, Sequenzduplikation, Homologe Rekombination / nicht homologe, ...

- 이들의 예시 bei Gräsern,  

- sesschaft : settled?

- e Fauna : Pflanzenfresser

- Dormanz : dormancy, 휴면

- Bestockung : 

- Pleistozän

- fruchtbar

- Zähmung : taming

[Domestikation]

2. Domestikation 이 필요했던 이유 : ?

3. 역사적으로 Domestikation 이 어떻게 settled (sesschaft) 를 살펴본다. 기후, 영양적 조건, 생태학적 변화, 

4. eurasischer Mittelmeerraum 은 기후적으로 günstig für Pflanzen

- 56종의 Gras 중 32 Arten entstanden

- 터키 아래 시리아, 그리고 이라크 위쪽

5. 12,000 년 전에 시작

6. Domestikation : 5가지 조건으로 Selektion von Kulturformen

- WT PF 의 Samen 은 기본적으로 sehr höhe Dormanz 를 가진다. 

- Samen 이 작으면 Keimung하는 깊이땜에 

- apikaler Dorminanz : 

- einheiltliche Ernte 를 위해. 토마토를 예를들면 야생종은 가만 놔두면 계속 위로 뻗고 잎을 만드는데 중간에 끊으면 더는 안자라고 에너지를 Reifung 에 쏟는다

- 아래는 추가적으로 Züchter 입장에서 고려할 수 있는 Eigenschaften (Improvements Traits)

7. 완전 역사이야기 

- 그래서 사회 구조도 바뀌고 인구도 늘고 일자리도 분화되고 참 다양한 그런.

8. fruchtbarer Halbmond : 비옥한 초승달 지대

9. Domestikation der Haustiere

- Zähmung, Training 등 으로 

- Krokodilen ㅋㅋㅋㅋ

10. nicht geeignet zur Domestikation

- Aggression, Ernährung, 사는 지역적 문제, 행동 등

11. geeignet?

12.  50kg 넘는 Habivoren 중 유라시아에 있는 20프로 가 domestitiert

13. 주요 5종

16. Radiokarbon Datierung : 독어 설명이 아주 마음에 든다. 

20. Berechnung des Alters aus 14C Daten

- relativer Anteil : 말그대로 potentielle Anteil.

- 예시에서 왜 7.5 퍼센트가 나오나??

- 

21. 대기중 탄소 동위원소 당연히 nicht konstant, 그래서 나무의 나이테로 Kalibrierung 해야한다

- Dendrochronologie : 나이테연대측정법

22. Einkorn 은 domestiziert 된 최초의 Kulturpflanzen ?

- B, C의 차이를 보고 domestiziert 마테리알인지 아닌지 구분 가능?

23. Spindelbrüchigkeit 의 Entwicklung 에 대한 설명 (우리가 원하는 형질)

- 왜 Selektion이 이렇게 allmählich 한지에 대한 가설이 아래 2가지. 즉, QTL 이거나 quailitative Gens mit hoher Heritabilität und aber geringer Selektionsintensität

25. 유라시아의 horizontale Ausbreitung 은 상대적으로 매우 schneller. 

- 클리마는 주요 원인이 아니고 Photoperiode 가 매인이다.

- 도메스티카티온 이전에 식물에게 wichtigste Voraussetzung은 Photoperiode 이며 이건 온도, 습도 이런 것 보다 훨씬 근본적인 성질이기에 위아래로 퍼지기에는 이 성질을 극복하는 것이 어렵다

26. Langtagpflanzen : 12시간 Licht 가 vegetatives Wachstum zur generativen Phase wechsel Signal 이다. 그래서 

27. Ppd-H1 Gen : Blützeitpunkt Gen , Photo periode H1

- Mutant는 

28. Sequenzdiversität im PpdH-1 Gen

- Haplotyp : Abfolge der einzel Morphio ..

- 1배체형(haplotype)이란 부모의 한쪽으로부터 물려받아 함께 유전하는 한 묶음의 유전자들을 일컫는다. 좀 더 구체적으로 말하자면, 부모의 어느 한쪽으로부터 물려받아 한쪽 염색체 위에 통계적으로 유의하게 함께 연관(association)되어 나타나는 일련의 SNPs을 말한다.

[네이버 지식백과] 1배체형 [haplotype] (생화학백과)

- 1번째 푼크트 : 위의 푸른 녀석들은 진화과정에서 PpdH-1 ausgeschaltet, 즉 Mutation. nur in Kultur Formen

- 2번째 : 이로인해 알 수 있는 것은 Bauer 로 부터 Taglang neutral이 gezielt wurde 됐다는 것이다. 

30. 이번엔 Weizen 이다!

- T.dicoccon (die Emma) - T.aestivum (Hexaploide, eine neue Form, Art. 완전히 새로 만들어진 종)

34. 오른쪽 그림 : Fruchtstände 변화는 꽤 drastisch, 

35. Mais 의 genetische Kartierung

37. ortholog oder ein Verwandtgen

38. Reis 에서도 Spindelbrüche

41. Spelzen 의 변화

- 유럽에서는 안쓰는데 오른쪽 두 종류는 에디오피아나 일본에서는 오른쪽처럼 쓰기도

43. alle genetische Variation

45. Populationsgenetische Konsequenze... 왜 이걸 하는지는 44페이지 아래에 서술

46. Maize 는 한번 걸린 Landrasse, 거기서 한번 더 들어간게 von Züchter

- bottnecks

52. selective Sweeps

- 거리가 길 수록 , 

- Selektionsereignisse, 이거는 내가 봤을 땐 앞에서 말했던 유전자간 거리와 Rekombination, 나이 뭐 이런거랑 연관있는 것 같은데 앞에거 봐야 이해할 수 있을 듯. 

53. 제일 왼쪽에 WT, 

54. Nachweis von Selektion

- bemessen, identifizieren,

55. 우리가 berechnen 할 수 있는 Methode.

56. 계산 설명

- 제일 왼쪽거를 보면 6개 포지션 중 1줄만 4개 다 entscheiden können, 나머지 11개 위치는 구분 불가하니까 *0

- 다시, 6점인 이유는 제일 왼쪽꺼- A C G T 이면 A C 1점 A G 1점 A T 1점, 계속해서 C G, C T, G T 각 1점해서 결국 다해서 6점

- 반면 아래 식은 A C C C 이니까 각 1개식 해서 3점!

62. Haplotypen : 

아래 내용을 읽어보면 좀 나을 듯. 

https://terms.naver.com/entry.nhn?docId=5141387&cid=60266&categoryId=60266

64. 굉장히 중요한 포인트라고!

- schmeißen : throw

- zurückgreifen : 

- 

- Ploidestufe : 

- Linkage Disequilibrium : 연관비평형, 서로 다른 Loci 위의 Allele 의 무작위적이지 않은(?) association 을 의미. 두 Loci 가 독립적이고 연관되어 있지 않다는 가정에서 얻어지는 빈도와 비교해서!! 통계적으로 유의하게 높거나 낮은 빈도에서 나타나는 현상. 어떻게 사용하냐면, 만약 2개의 Allele 이 크로모좀 상에 가까이 위치해서 Rekombination 에 의해 나눠질 가능성이 적어 같이 유전된다면 한 종에서 세대를 거쳐 항상 나타나는 LD Block 으로 분류해서 계통상 위치를 가늠할 수 있다. Association Analysis 를 하고 싶다면 Block 내 모든 Allele 을 분석하는게 아닌 블록 내 하나의 SNP 만 분석하면 되며 이걸 TagSNP 라 칸다. 

https://terms.naver.com/entry.nhn?docId=5141541&cid=60266&categoryId=60266

- Haplotype :  group of alleles in an organism that are inherited together from a single parent. 근데 2가지 용법으로 사용되는데, 하나는 a collection of specific alleles(DNA Sequences) 인데 크로모좀에서 가까이 붙어있어서 conserved as a sequence 로 zusammen vererbt되는 녀석들. 다른 하나는  a set of SNP 으로 tent to always occur together. 요약하면, 같은 부모 또는 같은 조상에서 받아서 Population 내에서 서로 다른 개체 사이에 같이 발생하는 Sequence (Allele) 를 말한다. 

https://en.wikipedia.org/wiki/Haplotype

- Assoziationskartierung : Assoziationskartierung, 

- bi-parentaler Population : 부모가 둘. 즉, Selbstbefruchter 는 이거 아님요.

- GWAS Genome Wide Association Studies : 의학에서는 컨트롤과 케이스(환자) 의 LD Block 내 SNP 를 비교해서 표현형(질병) 을 발현하는 Allele 을 찾는 것. 그렇기에 Manhattan plot 처럼 schmale hoch Spitze 가 나타남. 

https://2wordspm.wordpress.com/2017/09/29/%EC%A0%84%EC%9E%A5-%EC%9C%A0%EC%A0%84%EC%B2%B4-%EC%97%B0%EA%B4%80-%EB%B6%84%EC%84%9D-gwas%EB%9E%80-%EB%AC%B4%EC%97%87%EC%9D%B8%EA%B0%80/

- QTL-Kartierung : 

- Principal Component Analysis PCA : 주성분 분석. Variabel 사이에 상관관계가 있는 다차원의 데이터를 저차원의 데이터로 요약하는 방법. 아래 그림처럼 2차원을 1차원으로. 과정은 중요변수를 구분, 계산을 단순화, 시각화. 그래서 x, y축의 데이터를 행렬로 치환해서 여차저차(...) 한계점은 최소화하는 벡터를 찾기위한 계산 비용이 아주 높다는 것. 또한 단순화하는 과정에서 노이즈로 인식된 변화가 실은 중요한 의미를 갖는 변수일 수도 있다고.

https://terms.naver.com/entry.nhn?docId=5141765&cid=60266&categoryId=60266

- Multiple testing problem :

- Bonferroni Korrektur : 

- Q-Matrix : älteste, weit verbreitete Methode, 

- MLM : 

- Sanger Sequenzierung : 

- Transition : 

- sequence alignment : 서열 정렬, sequence 간의 상관관계를 알기 위해 상호 유사한 구간을 찾는 것. Homologe 가 높은 지역을 찾즉, 그저 나열된 시퀀스를 비교여러 알고리즘이 있는데

https://terms.naver.com/entry.nhn?docId=5141775&cid=60266&categoryId=60266

http://www.dbguide.net/upload/data/report/0110-206.pdf

- indel : 

- exon, intron

- stop codon

[Praktikum]